在联盟尚未建立之初。
人类把宝可梦称为魔兽，把那些和宝可梦结伴而行的人类统称为御魔师。
各国为争夺有限的资源，纷争不断。
而那些强大的御魔使却是可以决定战争走向的战略级武器。
同一时期，气候宜人的关都地区，因为柑果球（原始精灵球）的出现，诞生了一种名为训练家的职业，与只能操纵一到两只宝可梦的御魔使不同，训练家可以操纵多只宝可梦，实力自然也就更加强大。
百年后，关都地区的训练家数量暴增，这股势力逐渐壮大起来。
无法忍受战争的训练家们决定联合起来，建立名为石英联盟的政权，扫平乱世。
而后，随着大量训练有素的训练家登上战场，不到百年时间，石英联盟就先后消灭城都、丰缘、神奥、合众等地区的国家，并在各地建立了对应的子联盟。
但此时，多年征战也使得联盟内部也迎来了最虚弱的时期，加之，联盟一方面要维护统治，防止旧势力卷土重来，另一方面，又要探索野外，直面野生宝可梦对城市的进攻。
所以，训练家的人数骤降。
在这样的大背景下，联盟不得不通过了《十岁成年法案》，试图以这样的方式，为各地的战场输送新鲜血液。
直到本书故事开始的50年前，联盟才稳住了局面，成为了当今世界独一档的庞然大物。
但是，人类与宝可梦应该保持怎样的关系，人类该如何处理自然环境和城市建设之间的矛盾，仍是联盟学者争论不休、联盟内部有待探索的世纪难题。
直到故事开始的30年前。
联盟建立了国际刑警部、监察部、医疗部、警局、精灵中心、道馆等机构。
此时，盘踞在各地的旧势力已被国际刑警部的各级搜查官、国际刑警连根拔除，甚至连灰都没有留下。
联盟终于可以把所有的注意力集中在处理野生宝可梦的问题上了。
同一时期，主角的姥爷恩接受理事会（联盟内部最高权力机构）的指派，前往阿罗拉地区调查一种奇特的宝可梦（究极异兽），失踪。（究极大都市，存活。）
也就是说，主角母亲雅歌女士，在很小的时候就失去了父亲。
十几年后，雅歌又在叔叔的介绍下，和同为国际刑警的苏行结婚，一年后，苏行在雅歌怀孕期间，接到任务离去。
（原本，苏行已经完成了任务，但是在离开前遇到了雅歌父亲恩的队友，得知恩在掩护战友撤退时，不慎落入了究极之洞，随后，苏行决定追查恩的下落，却不幸遇到了成群的究极异兽，被它们逼入了究极之洞，来到了核污染严重的时空，死亡。）
就这样，苏行也一去不返。
眼瞅着自己的孩子越长越大，雅歌担心自己最后的希望儿子也像父亲和丈夫那样，也像那些在旅途中失去生命的孩子一样，一去不返。
于是，她将儿子交给邻居照顾，她自己一个人则前往玉虹大学求学，试图通过系统化的学习，寻找提高训练家野外生存能力的方法。
进入学校后，雅歌发现自己的学习天赋并不是很好，但她没有忘记她是母亲，为了自己的孩子可以活着，从那以后，她每天只睡四个小时，每当闹铃响起的时候，她就像听到了战歌一样，起床，前往教室听课，去图书馆查阅资料、在讲座中与宝可梦博士交流。
雅歌就像是一块海绵，吸收着学术氛围最好的玉虹大学的先进知识。
（现代精灵球，就是这所学校教授的发明，同时，精英阶层很多都是这座学校的校友。）
两年后，终于，她找到了解决的办法，那就是通过研究、记录宝可梦的习性，系统化地编写一部告诉孩子们哪些精灵危险、那些精灵友善的宝可梦图鉴。
她相信随着图鉴的诞生，随着孩子们对宝可梦习性熟悉，他们在野外的生存率一定会大大提高。
但这无疑是一个浩大的工程。
恰好，时任冠军（各地最强训练家）的大木雪成因为儿子的死亡痛苦不已，他也决心寻找一种能保证训练家野外安全的方法。
二者在某次讲座上，相见恨晚，一拍即合。
这之后，大木雪成放弃了冠军之位，带雅歌回到了他的家乡真新镇，并在这里建立了大木研究所。
冠军的人脉是恐怖的。
源源不断的宝可梦资料，从各地传来。
大木博士、雅歌以及他们的助手没日没夜地整合着各种毫无关联的情报，以期早点使图鉴投入使用。
在雅歌看来，一切都在朝着好的方向发展。
但她不知道的是，邻居并不像他们表现得那样热情、善良，年幼的主角苏白住进他们家中后，被他们强迫劳动、殴打虐待，吃不饱，穿不暖，过着无比绝望的日子。
再加上，通讯不便，使用信件权力又被邻居牢牢握在了手中。
年幼的苏白几乎看不到任何希望。
终于，又是一次无情的毒打后，9岁的主角穿着单薄的衣服，趁着男主人酒醉之际，逃离了这里。
在他跑到树林中，即将昏倒的时候，被刚好路过的火箭队成员救下，而后，苏白加入了火箭队。
尽管火箭队是关都地区近几年刚崛起的地下势力之一，尽管火箭队的首领板木似乎有着不可告人的秘密，但在这里，苏白可以吃饱，可以穿暖，可以与同龄的伙伴一起玩耍，他体会到了前所未有的温暖，所以，他并不在意自己现在正在做什么。
但是，好景不长。
在某次和盗猎团的火拼中，苏白不幸死亡。
几天后，雅歌得到了火箭队的通知，犹如五雷轰顶，强行振作起来后，她匆匆告别了大木博士，前往火箭队所在的常青市，去见儿子。
从火箭队手中得到被冰封的儿子遗体后，她带着儿子来到了紫苑镇。
这里住着雅歌在玉虹大学读书时认识的同学，富士博士，这个男人现在主要从事思维数据化，以及克隆方面的研究。
思维走向极端的雅歌，将最后的希望寄托在了他身上
但遗憾的是，死而复生这种事，富士博士目前根本做不到。
但是家境优渥、学识过人的富士博士，却给雅歌指了另一条路，他说，某些传说宝可梦拥有让人死而复生的能力，希望雅歌可以去尝试一下。
于是，走投无路的雅歌听信富士博士的话，在将儿子的遗体交给富士博士保存后，她离开了，踏上了找回儿子的旅途。
（关联事件：常青森林的雪拉比、世界树的梦幻、卡洛斯地区的哲尔尼亚斯，反转世界的骑拉帝纳。）
（骑拉帝纳事件中，雅歌为了保护被银河团毁掉白金宝珠骑拉帝纳，避免反转世界破碎从而影响到现实世界，甘愿献出自己的生命，成为了第二颗白金宝珠，帮助骑拉帝纳赶走了银河团。）
……
多年后。
现实世界。
一个婴儿在深红区D市的孤儿院门口凭空诞生。
（世界观参考了污白大大的全职艺术家，是一个高度统一的多民族国家，现在正致力于研究如何探索外太空、创造新能源等事宜，七大区的顺序按照彩虹色排列。）
几年后，这个孩子被一对善良的夫妻收养，悉心照顾，抚养成人。
某一天，精灵世界，贪玩的梦幻突然想起，多年前，它受一位母亲的帮助，恢复了元气，事后，它决定帮对方实现一个心愿，只是那时的它处于虚弱状态，超能力不够，导致那个孩子出现了异世界。
现在是时候将，那个孩子接回来了。
………………
开篇，蹭宝可梦25周年发布会的热度，简单描述现实世界，穿越。
穿越的节点，是宝可梦剧场版《超梦的逆袭》的开篇，地点在火箭队位于新岛的研究所，以富士博士为首的研究员正在进行一项计划——最强兵器计划（即通过梦幻的睫毛化石克隆超梦。）
而这个时候，主角在宝可梦世界的身体，刚好被富士博士带到了这里，这个男人试图用梦幻的基因影响主角，帮助他回复生机。
随后，主角穿越，直面被超梦“核爆”的危险。
新岛事件后，主角被迫加入了闻讯赶来的火箭队。
与此同时，现实世界中的人类被抹去了所有与宝可梦相关的记忆。
当天夜里，一家名为宝可梦联社的游戏公司悄然注册。
（起因是，神兽们对精灵世界人类将它们视作工具、武器的行为不满，决定连通两个世界，一边让现实世界的人类以玩游戏的方式体验宝可梦世界，树立和宝可梦和谐共存的意识，一边让现实世界的人类见证宝可梦世界人类因无视宝可梦的感受和宝可梦对立而走向毁灭，为将来宝可梦们进入现实世界埋下引子。）
几个月后，游戏先导PV发布。
引起了社会的广泛关注和热议。
年底，关都资料片发布，在深红地区，率先开启删档测试。
……
反派线：
板木出身于商贾人家。
母亲是一家跨地区公司的社长。
玉虹大学毕业后，训练家天赋千年难遇的板木响应老师橘子婆婆的号召，加入了国际刑警队，成为了一名国际警察。
尽管工作后，他经历了很多事，也深切体会到了现实的残酷，但身为斗士的他，依旧斗志昂扬，对创造一个好美世界的追求保有无限热情。
某一天，他的队长恩接到调查究极异兽的任务，暂时退出了小队（因为恩不想带着这些前途光明的年轻人冒险）。
两个月后，传来噩耗，恩失踪了。
在往日的生活工作中，恩宛如慈父，于是板木带着其他队员广美、阿桔、凯特找到了理事会会长，请求他们前去搜寻恩的下落，但是会长拒绝了他们，并下令他们赶忙狩猎园区，支援当地的护林员，营救要员。
虽然很不甘心，但是他们也没有办法，只能前往狩猎园区支援
事后，四人这才知道，所谓的要员不过是会长一无是处的儿子罢了。
被理事会假公济私地摆了一道，他们已然失去了最佳的救援时间。
板木对此怀恨在心，第一次动摇了自己的意志。
多年后，板木晋升为搜查官。
负责追踪一伙专门买卖宝可梦的盗猎团的踪迹，历经波折，板木小队为对方设好了局。
盗猎团溃逃之际，板木让广美、阿桔、凯特、刚加入的马志士追踪那些小喽喽，而他自己则去追踪盗猎团首领特洛斯。
以他的实力，对方根本没有反抗的可能。
但是，赶巧的是，追击的过程中，特洛斯派出纽拉，残忍地杀害了一名女性护林员和她的宝可梦毒粉蛾，见护林员的小女儿（朵迷诺）缩在一旁的灌木丛中瑟瑟发抖，刚有了孩子的板木放弃了追击，决定先安置这个孩子，防止意外的发生。
特洛斯得以顺利逃脱。
多年后，依靠贩卖宝可梦器官赚得盆满钵满的特洛斯决定改头换面，迎接新的生活。
但是在做整容手术之前，他还有恩怨了结。
于是，他花钱雇佣记者从国际刑警部要来了板木的小队资料。
随后他以自己的替身和自己所在的整个盗猎团成员为诱饵，布置了陷阱，引诱板木小队前来，而他则偷偷来到了板木家中，残忍的杀害了板木的妻子，并将板木的儿子带走，扔到了城都地区犯罪率最高的小镇，只有被板木妻子藏在在床底下的朵迷诺躲过了一劫。
总之那一晚过后。
怀揣梦想的斗士，失去了斗志。（板木）
热爱生活的母亲，失去了生命。（广美，主角同伴富林多的母亲）
喜欢微笑的年长者，失去了表情管理能力。（凯特，娜姿的父亲，而娜姿也因为小时候，无论做什么都看不到父亲的笑容，变得格外恐怖。）
保守传统的忍者，失去了生育能力。（阿桔，阿桔只有一个女儿，但是他想要一个儿子，特洛斯事件后，他迁怒于自己的女儿，对她不再关心。）
只有刚加入的马志士，逃过一劫。
一个月后，板木等人相继退出了国际刑警队。
意识到酿成悲剧不只是邪恶狡猾的敌人，更是这个逼人太甚的时代，板木决心将世界推倒重来。
（百年前，十岁成年法案通过后，意味着十岁的孩子就要承担法律责任和沉重的税务，所以，很多走投无路的穷苦人只能选择加入当地的盗猎组织，通过捕杀、贩卖宝可梦，谋利缴税。）
于是，他来到常青市，建立了地面系道馆，同时接过了火箭队（Team Rocket）的大权，将火箭队的性质从“帮助员工致富”变成了“ Raid Oy（袭击城市） Knock out（打垮他们），Evil Tusks（邪恶獠牙）”。
并在暗中积蓄力量。
终有一天，他要让这个世界变得像新生儿一样，如他失踪的孩子那样干净纯粹。
最终战被主角击败后，坂木认同了主角的羁绊决定、并会改变人生的理念，最后解散了火箭队。
主角人设：
是一个经常把“我一直承受着我这个年龄不该有的帅气，心好累”、“我也曾和你一样苦恼，直到我坦然接受了自己的帅”之类自恋的话挂在嘴边，但是却长着一张无法让人反驳的帅脸的大学生。
主角在现实世界是，宝可梦系列游戏的高玩，世界赛常年前八的选手。
拥有现实记忆，在常青森林事件后，从富士博士那里得到了原本的记忆，对比温柔耐心的养父母，他对不负责任的父母本能地感受到了厌恶。
因为梦幻基因的缘故，他的体质格外夸张，在拉姆达（重要角色）的魔鬼特训下，成为了没有弱点的顶级特工。
“既然无法解决敌人的宝可梦，那就率先解决敌人本身。”
中期，被玩家戏称，人形宝可梦。
核心卖点：
主角穿越到宝可梦游戏世界（只是他以为的），成为了NPC，起初，抱着玩游戏的想法，被旁人视作克隆体的他忽视了很多，也很自私自利，但是后来随着和同伴、宝可梦之间羁绊的增加，逐渐变成了一个有担当的青年领袖。
利用人设制造对立面。
之后再通过宝可梦联社发布的人物传记，在玩家面前，进行反转洗白，或者加深恨意、或者加深喜爱程度，让玩家更加认同宝可梦世界。
金手指：
主角穿越的节点，精灵世界还没有图鉴，凭借丰富的游戏知识，主角在选择精灵时，在进行宝可梦研究时，拥有得天独厚的优势，获得了许多人的赏识。
游戏面板：每日任务（价值不高的道具），限时任务（精良的道具），主线任务（专长），氪金商店（宝可梦食物）
主线推进的动力：
母亲线和冠军线。
主角的性格变化：
从自私到富有正义，从傲慢（玩家带来的）到温和（意识到了这个世界的真实），从对父母的恨，到明白他们的苦衷。
主角的身份变化：
火箭队特工——宝可梦初级搜查官（火箭队安插在联盟的卧底）、研究员、战斗工厂知识胸章的守擂者——宝可梦高级搜查官、联盟冠军、宝可梦博士。
主角的宝可梦：
坚果哑铃（草钢）：
明明是个肉盾，最开始却是一个非常怕疼的爱哭鬼，后来在主角的教导下，变成了“阳光大男孩”（老荫庇）喜欢布置陷阱，对敌。
一开始，是火箭队内部没有人要的宝可梦（因为火箭队会向正式成员提供拉达、超音蝠、臭臭泥等宝可梦的训练方法，面对陌生的种子铁球，没有愿意担风险。）后来，被主角选中，捡了大漏。
为了回报主角的认可，是队伍中最努力的存在，是基石，万年守护在苏白身前。
大嘴娃：
事业心。
继承了祖辈风速狗和纽拉的火系天赋、冰系天赋，但是自身却因为这两股互相冲突的能量变得格外脆弱，性格独立，十分要强。
帮助火箭队整合地下势力后，从板木那里获得了最后一份梦幻的基因培养液，打破了自身种族值的限制。
卡洛斯无限能源事件后，拥有了超级进化石。
究极大都市事件后，拥有了超进化的能力，依靠多长出来的嘴，彻底解决火冰属性能力冲突的问题，实力突飞猛进，一跃成为主角队伍中的核心。
帝王拿波：
身体对比其他同类，显得特别娇小，也因此和它们格格不入，喜欢读书，文化人儿。
无限能源事件中，为救主角，被死亡之翼打中，石化。
后来，主角带着石化的小企鹅游历卡洛斯地区，半年后，他在一片密林中遇到了哲尔尼亚斯，因为主角的母亲曾有恩于哲尔尼亚斯，再加上，主角一路上帮助宝可梦的行为，它为主角恢复了小企鹅的活力。
小企鹅和主角一行在黄昏下，深情相拥。
路卡利欧：
喜欢用特殊招式进行远程进攻的它，在拳拳到肉的家族中倍受冷遇。
当时，苏白被板木（当时还是关都地区的道馆馆主，并未和联盟撕破脸皮）举荐，成为宝可梦搜查官（卧底），为了监督他，联盟的议员亚玄，将这个利欧路送到了苏白身边。
但是没多久，被苏白的理念（支持它走远程路线，还美其名曰，不想当法师的利欧路不是好战士）和正义之心影响，成了用来大狗的肉包子，一去不返。
因为被同类经常鄙视，产生了心魔，无法进化，但是再战反转世界事件中，为了保护主角，愤然进化，打破了僵局。
席多蓝恩：
天生三只脚，残缺的身体，让它在席多蓝恩的群体中，倍受宠爱。
休闲区火山事件后，经历了一场恶战的它决定告别同伴，走去舒适区，和苏白看看外面的世界。
坚韧的性格，喜欢晒太阳，带幼体宝可梦，但是战斗时，会变得格外凶悍。
洛托姆：
森之洋馆事件中，主角帮助护林员击败银河团，入队。
有礼貌的话唠。
和图鉴融合。