在米国的中部小城镇——浣熊市附近，最近接二连三地发生了多起市民被野兽袭击、以及被变态杀人狂咬死的奇特凶案。前去调查此事的特殊部队 S.T.A.R.S的布拉瓦小队突然与外界失去了联系。待命的阿尔法小队为了解救战友而来到丛林，但却突然遭到杀人犬的攻击，队员吉尔和克里斯等人只好逃进一间位于丛林深处的公馆之中。但他们身处的这间大屋里竟到处都是因为秘密实验失败而被神秘病毒变成恐怖丧尸的研究人员。为了能活着走出这个人间地狱，两位主人公以及其他幸存的同伴都毅然举起了手中的武器。
经历了在斯宾塞别墅中发生的一系列惊奇、恐惧、愤怒之后，瑞贝卡和其他幸存的同伴逃出生天，回到浣熊市后立刻开始了揭发安布雷拉的行动。但令所有人都意外的是，安布雷拉的势力已经渗透到了这个城市的各个领域，甚至连S.T.A.R.S的总部似乎也已经受到侵蚀……在这种情况下，缅因州S.T.A.R.S埃克塞特支部的大卫·特拉普来到浣熊市，邀请在生化方面有一定专业知识的瑞贝卡·查姆博丝与他一同前往位于缅因州的小城镇卡利班海湾，那里似乎有一处安布雷拉的研究设施。大卫的计划是从里面盗出安布雷拉进行生化实验的证据，然后将之公诸于众……
从警校毕业不久的年轻警官里昂刚来到了他被分配的地方——浣熊市，但在那里，迎接他的却是数以万计的恐怖丧尸……在这个没有一丝活人气息的小城里，到处都徘徊着疯狂追逐猎物的吃人魔鬼、凶悍猛兽，从死亡深渊中苏醒的亡者们挪动着缓慢的脚步，一点一点地将这座城市变成废墟。尽管里昂奋力逃进了警察局，并幸运地遇到美丽的女美术投资人艾达·王，与她一同寻找逃出这个地狱的道路。但这位充满魅力的同伴真的只是一名普通投资者吗？还是说……她隐瞒了什么不可告人的目的？
在得知有一部密码本能让反抗安布雷拉的人侵入其核心系统之后，前S.T.A.R.S的成员大卫、约翰、瑞贝卡以及新同伴里昂、克莱尔决心潜入安布雷拉建在犹他州荒漠地下的大型实验设施。但狡猾的敌人将整支队伍分成了两个部分，两边都陷入了出乎意料的险境——一边是与残忍、凶暴的合成怪物战斗，另一边则要面对隶属于安布雷拉的精英攻击小队。他们究竟能否顺利拿到至关重要的密码本，然后再安全地与同伴们汇合呢？而另一方面，神秘男子特兰特的真实目的也昭然若揭。
安布雷拉向被死者包围的浣熊市派出了生化危机处理部队，但这支部队很快便因为成群的丧尸和内部成员的背叛而瓦解。侥幸活下来的卡洛斯不久后遇到了从机密研究设施中逃出来的生还者吉尔，两人决定一起找寻出路，离开这个人间地狱。但狂暴且强大的生化怪物追踪者却执着地跟在他们后面伺机而动。在两人逃出生天的路上，除了拥有压倒性破坏力的追踪者以外，还有狡猾的安布雷拉精心设下的一个个圈套，他们最后究竟能否成功逃亡呢？
到处寻找克里斯的克莱尔不幸成为安布雷拉的阶下囚，被带到位于地球南端的孤岛上。但小岛很快便遭到一支神秘部队的轰炸，这次袭击将她、T病毒、安布雷拉最强的生物兵器全都解放了出来。侥幸逃出牢房的克莱尔与少年史蒂夫的相遇，一开始相互怀疑的两人很快便消除了误会，决定携手逃出已被死亡占领的孤岛。而安布雷拉创始者的后代——疯狂的亚西福特兄妹则为他们布下了一个又一个可怕的陷阱。
为了搜捕近来发生在浣熊市周围的一系列疯狂凶杀案的凶手，S.T.A.R.S的布拉瓦小队被派往位于市郊的阿克雷森林调查，但小队搭乘的直升机在前往调查地点的途中失事坠毁。虽然全体成员无一伤亡，但他们紧接着便发现了一件蹊跷的事：一辆军用运输车神秘地翻倒在路边——而这只不过是他们噩梦的开始。
克里斯一个侧滚翻，使怪物的利爪攻击落到了墙壁上，而那堵七八厘米厚的墙竟然被击穿了一个大洞！他迅速起身，用枪瞄准了怪物。发觉攻击落空后，怪物发出了愤怒的嚎叫，转身又一次向克里斯扑了过来。但它看到的，是黑洞洞的枪口。
就连火力强大的霰弹枪也必须耗费三四发子弹才能将其击毙，更让克里斯头疼的是，这种怪物已经充斥了整间洋馆。
至于怪物的名字——Hunter，则是他不久之后在一份档案中才知道的。
“超过半数的研究员已感染了T病毒后而死亡，同时据报告指出，此事件中几乎其余所有的幸存者也都出现了被T病毒感染的先兆。”
“所内实验物种有极大可能已陷入失控状态，预计伤亡将进一步扩大。但与其相比，研究数据更为重要，必须采取行动以避免研究成果被公开。据信市政府将派出警察及S.T.A.R.S.进入干涉，强烈呼吁针对此事采取相关的应对措施。”
这是克里斯从洋馆的地下研究所处发现的一份报告书。而在此前，他还找到了另外几封的研究员的遗书。其实说遗书其实还不太妥当，因为这些研究员仍然活着。不过他们已经变成了另一种生命形式——丧尸……
值得一提的是，在这些遗书中有一封是名叫约翰的主任研究员写给其女友的，而现在的克里斯，当然不可能知道女子的名字——艾达究竟意味着什么。
在经过数小时的搜索后，克里斯的脑中已经整理出了这起事件的两个重要关键词。
B.O.W（有机生物兵器）、T病毒。
而无论是B.O.W还是T病毒，连接起它们的最关键词只有一个——安布雷拉。所有的生物研究都出自这个表面上从事普通制药的集团之手。各方面的资料都告诉了克里斯这一点。
这个超大型跨国制药集团的经济影响力就像天罗地网般覆盖着世界的每个角落，其分公司也控制着浣熊市——这个俄勒冈州小镇的经济命脉，就算说它是城市的实际主宰也不为过。可却极少有人知道走私军火以及开发生物兵器才是他们的真正工作。
在查看资料时，克里斯突然产生了一种好象有人站在自己身后的感觉。他猛然转身，但就在那一瞬间，枪托重重击在了他的后脑上。
在失去知觉之前，克里斯看清了袭击者的脸。
那是一张熟悉的面孔，虽然很少有人见过他摘下墨镜的样子。