当李由校穿越成为明朝天启皇帝朱由校后，他在第一时间就想到了改革。经过后世无数网文和史料的狂轰滥炸，朱由校很想采取大刀阔斧的方式进行改革，却发现如果真这么做了，大刀阔斧就会落在自己脑袋上，先被别人把自己的命给革了。
自己的后妃被人无端囚禁，表面上看是因为张裕妃个性太直得罪了客氏，实际原因则是张嫣张皇后没有儿子。万一张裕妃生下了皇子，那么明朝皇室又将陷入皇位的嫡庶之争，于是保皇派下手了，为的就是保持住‘道义’这一重要筹码，为自己谋取更多利益；
保皇派尚且如此，还能指望那些所谓的东林和齐楚浙三党？而且这些朝廷的政治势力，似乎对于谋害皇上的性命，根本没有心理负担。在他们眼中，皇上就是用来谋取利益的挡箭牌，一旦这个挡箭牌碍事了，他们有的是办法让皇上非正常归天，然后再选一个皇上了事；
因此朱由校根本不敢相信宫中的任何一个太监宫女，就算皇后做的饭难吃到极点，他也坚持不吃宫中的任何东西。为了给自己找到合适的侍卫，他不惜得罪锦衣卫撤换所有护卫，并另外迎娶张凤仪为后妃，进而得到实权武将的支持。
这算是朱由校初步改革中较为成功的一步，也不太被朝中大臣所重视。但好歹自己的命能保住了，不然鬼才知道自己会不会死于什么乱七八糟的事情。而这件事能成功的原因，在于成本低，影响小，利益牵扯不大。但是朝堂的人事、经济、施政等改革，困难重重。
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朱由校虽然掌握了吏部，户部和工部的尚书之位，却根本得不到其余官员的支持。三部的任何事宜，到最后都会变成扯皮。不胜其扰的朱由校，干脆在科学院成立了秘书部，专门负责处理这些破事，相当于变相与朝臣达成妥协，大家继续混着日子过。
既然朝堂上得不到支持，朱由校便决定通过科学院来施展自己的计划。他不惜动用一切力量，将科学院建设成一个世界最顶尖的存在，以此达到对于人才和资源的虹吸效应，间接改变明朝原有的经济与朝堂格局。
但这个改变不仅需要时间，更需要科学院能有拿得出手的成果。这个成果并非是什么跨时代的科学技术，而是最简单的粮食和钢铁。这是明朝南方的经济和政治势力，控制北方朝政的根本所在。
有了足够的粮食，北方就能摆脱对于南方的依赖；有了足够的钢铁，京城军队就能不再被南方豪强所挟持。有了兵精粮足的军队作为支撑，北方就能彻底对南方说不，也为日后北方产品在南方进行倾销保驾护航。很多时候，刀剑比道理更加实用。
为了这个目标，朱由校不惜冒着生命危险御驾亲征，就是为了得到河套之地。与其和南方商人讨价还价，不如开辟新的粮食产区，从根本上断了南方土老肥的念想。
当然，朱由校为此付出的成本，就是将蒙古人放进关内，并且还要祈祷蒙古人不要趁机捣乱，后金不也会趁机攻城略地。而且他也知道，等他回到京城，没有从中捞到好处的朝廷官员会是如何愤怒，必定采取各种方式反对，到时候头疼的事还多。
这些官员敢于明目张胆地威胁皇上，所依仗的就是两点。其一，自从明武宗以后，明朝皇帝再无战争功勋，可以作为压制群臣的手段；其二，明朝军队的私兵化，实际让皇帝与将领的关系，进入到了一个很微妙的阶段。皇上实际成了一个空头司令。
朱由校作为后来者自然明白，一个帝国的皇帝不能掌握军队意味着什么；朝廷将领无法指挥地方军队意味着什么。而一个帝国，如果过于依赖某几个大将，那帝国离崩溃也就不远了。因此朱由校又开始了对于明朝军制的改革。
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站在后世的角度来看，明朝现行军制的弊端太多，朱由校想要改革的想法也由来已久。他曾经写了无数方案，但后来都揉成了一团废纸。不是不想改，而是不能改。不能改的原因很简单，没钱。
朱由校穿越后，曾计划组建彪悍的龙骑兵部队，重现成祖时期大汉骑兵的辉煌。狂热的骑兵达人猛如虎，对皇上的英明决策高举双手赞成，于是迫不及待地扳着手指头，给朱由校算过一笔账，可怜的大明天子当时就晕菜了：
一匹军马的价格是八十两，便宜；伺候一匹军马每年所需是三十两白银，不贵；一个骑手全身的装备，价值白银一百五十两，不多。算下来，一个骑兵每年才花费二百六十两银子，太值了。组建一个万人骑兵队，按照一人三马计算，初期也就花费四百二十万两银子，以后每年也就是再花百十万两银子的小事。
皇上您刚才说的十万人骑兵计划，小的认为极有魄力，应该立刻实施…额对了，小的还没给您算马夫和随行仆从的钱，俺再算算啊，好像还忘记了草场的事。哎，皇上，您憋走啊…
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组建大规模骑兵的道路被封死后，朱由校又想到了组建纯火枪部队。既然骑兵部队是个烧钱的东西，弄个几十万人的火枪队还是可以的吧。想想都激动，几十万只火枪一起开火的场景，必定惊天动地遮蔽日月。
可后来找到兵器局的账本一翻，朱由校又傻眼了。单纯制作一只火枪的成本确实不高，不到五两银子。但一只新枪用于作战，最多两个月就需要更换枪管，否则就会炸膛。因此明军火枪部队的战斗力，一直以来都让人扼腕，无他，根本没钱进行太多的训练。
当然，解决枪管制造的问题也不是没有办法，那就是出大价钱铸造精钢枪管。结果就是，一只原本价格不到五两的火枪，价格会直线蹿升到十五两银子甚至更高。如果再算上后期的训练和保养费用，又是一笔天文数字。况且，明朝根本没有那么多精钢用来造枪。
戚继光的部队，算是明军精锐中的精锐，其热兵器装备占比高达五成以上，在整个明军队伍中只有神机营可以媲美。可是，连国库都无法养活这样的军队，因此戚继光的部队人数，一直不多。被定义为戚家军丝毫没错，因为那是戚大帅拿出自己的血本养活的…
就算有了巨额资金用来造枪，明朝的精钢产量也足以支撑。那么明朝低劣的枪支保管水平，以及黑火药对于枪管的严重腐蚀问题，依然是火枪队的重大隐患。另外，明朝小作坊工业体系下，全国工匠就算累成狗，都无法满足大量火枪的维护修理与天量的火药需求。
现在的热兵器，不仅发展太慢攻击威力有限，而且受制于后勤保障等多重因素，一直无法大面积推广，不足以从根本上颠覆冷兵器的统治地位。而冷兵器在目前依然能占据统治地位，靠的就六个字：便宜简单实用。
骑兵耗费巨额资金，给国家财政带来沉重负担，而且轻易还不敢使用，没有战事之时就只能白养着，这让向来精明的明军将领很是痛心，军马不能耕地啊…；
火枪的威力巨大，但是高企的炸膛率、布朗运动+5的射击精度和相对专业的保养要求，让火枪兵几乎沦为一个鸡肋兵种，兵书和影视剧上的描写的情节，朱由校从来没见过。
相比之下，步兵就简单多了，一个士兵每年消耗最多五两银子，这还不包括被军官克扣的部分。遇见打仗了，每人发一把价值白银几钱的破烂军刀了事。至于训练，基本没有的事。士兵死光了也无所谓，重新招募便是，没见两条腿的人，在大明都泛滥成灾了…
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正是因为骑兵和火枪兵所费巨大，但是产生的实际效用有限，因此明军之中步兵的比例，一直以来都保持相当高的水准。而冷兵器作战时代，步兵中的猛将及精锐部队的作用不言而喻，这也为成为明军各级将领，肆无忌惮发展私兵的基础和依仗。
将领发展私兵的传统，可以追溯至三国时期甚至更早。其中，关二爷的五百校刀手和高顺的八百陷阵营，一直是私兵中神一般的存在。因此，历代封建王朝对于私兵一直持包容态度，对于拥有强悍私兵的将领，王朝统治者的忍耐度极高，历史上的诸多悲剧皆由此而起。
对于朱由校来说，私兵这件事必须处理，那怕触及军队高层的核心利益，他也必须强硬推行改革，他绝对不允许自己麾下的将领拥有私兵。军队只能属于明朝国家所有，听命于皇帝一人。他坚决奉行枪杆子里出政权，这一亘古不变的真理。他必须有自己的强军。
只是朱由校根本没有想到，任何一个封建王朝，其一支万人强军的形成，付出的代价之高昂，远非他想象的那么简单。有时候，高成本并不一定带来高回报。
（本书，并非一本爽文。很多时候，推进的甚至有些慢。原因在于主角的身份，不是一个人吃饱全家人不饿。很多时候主角所考虑的事情，也不是三下五除二就能搞定。皇帝这一看起来风光的特殊生物，实际上也很悲催。他必须通盘考虑，因为他做的每一个决定，都关系到亿万百姓的生命。
本章和下一章主要是讲述朱由校变革之艰难，实际也是讲述晚明的政治，经济，军事中，很多令人啼笑皆非之事。把一件事的前因后果讲清楚，而不是总故弄玄虚，这也是我一直以来的风格。这两章完毕后，今后将基本不再描写朱由校的变革原因等事情。全心描写主角的王八时代。）