扬州南门的城门被打开后，中华军水手和民兵分两路，沿着城墙直扑西门瓮城和东关利津门。由城南营房逃出来的明军溃兵，在南门街口遭到中华军步军排枪轰击，其中还有一架雷击蜂窝枪架在了南门城楼上，不断扫射明军官兵。轰然散开的明军溃兵向城北逃跑，少数几支能够保持建制打算坚持抵抗的明军部队，因此被溃兵冲乱。
民兵团练武装拿的还是正规军淘汰的火绳枪，但是刘香给他们不少手雷。因此他们冲到东关利津门时，不管不顾对着在东门守卫的明军狠狠乱扔了一通手雷。
把守利津门的明军官兵本来就已经被大炮声惊得六神无主，这一下立刻被手雷炸散了伙，扬州城东关被中华军控制，另一股沿着运河过来的中华海军水手由此进入扬州城内，开始向城中心进攻。
在西门瓮城，水手陆战队与一股打着凤阳丁字旗号的明军进行了肉搏战，然后靠着凶悍的海盗作风将明军打下城墙，不少明军官兵急于逃命，直接从城墙上向居民房屋顶跳去，大多摔下房顶。
很快，扬州城内再无一名抵抗的明军官兵，所有的明军都在向城北面逃跑。
其实，刘香手头的兵力根本不足以在短时间内控制整个扬州城。
如果有一支明军部队能坚决抵抗，只要能把混战局面维持到天亮，刘香兵力空虚的真相就会被暴露。
但是，事实不存在如果，扬州城明军在这一夜略作抵抗，就彻底崩溃了。新任淮阳总兵丁耀民从温柔乡中惊醒后，连自己的老营都没回去，关防大印都不管了，带着几十名亲兵直接逃向北门，打开北门后逃之夭夭。大部分明军军官都和他一样表现，倒还是扬州知府领着一队明军在府衙前街进行了一番抵抗，后来被中华军的大炮发射霰弹击毙，所部几乎全灭。
到了第二天中午，中华军基本控制了全扬州城。从小就做海盗的刘香，此时带着人已经开始搬运扬州府库的东西了。扬州原先就作为漕运的重要基地，此时又是长江下游明军的重要后勤基地。拥有大量为明军官兵准备的粮食、火药、仗甲器械、服装布匹等等。另外，东关内外有着大量囤积的货物，都是因为战争而无法转运的各家商户的物品。刘香不管三七二十一，统统下令搬走。
他人手不够，只抢运那些火药和质地较好的官军器械，以及贵重的物品，其余粮食等物品，包括官府衙门内的各种东西，他就直接发布命令：无偿发放给全城百姓，扬州城内无论何人，都可以来府库、官仓搬运任何东西。这个命令被中华军士兵押着本地衙役、地保，满大街敲锣打鼓地、扯着嗓门宣布出去。
扬州城内所有官署衙门都被大开大门，任何人都可以进进出出。中华军士兵为了搬运东西方便，把各衙门门槛都拆开了，大门也卸下来了，从而使得这些官署府衙完全失去了威严感。一开始是一些胆大的地痞流氓跟着中华军士兵进入官仓府库，接着那些被中华军抓差的本地人也开始大胆动手，很快，到了晚间，这场抢劫官府物资的犯罪活动成了一场全城参与的狂欢。
同时，刘香手痒痒了，带着陆战队水手顺手还把几家名声极差的劣绅抄了家，其家产全部扔在大街上，仍由市民们处置。
这场狂欢在当天夜里达到**：无数丝织机户冲入税关衙门，将此地洗劫一空之后，一把火烧成白地；东关码头的苦力，一把火烧了此地的税卡，杀死了税吏。然后，一些本地黑帮“打行”的打手冲入大狱，救出自己的同伙后，一把火将扬州监狱烧成废墟。
火光照耀着扬州城，一些乘火打劫的人开始冲上街头，肆意烧杀抢劫。只是，应当有人在竖着蓝底中字旗的店家、商号门口被中华军当场击毙后，所有的抢劫犯都绕开那些打着中华公司旗帜、受到中华军保护的商户。这些商户和店铺，都是属于中华公司地下分店，或者属于公司的秘密股东所有。
当晚，中华军完全撤离了扬州城，满载而归。刘香留下了无数揭帖，宣布此次攻占扬州，就是报复官兵一月前对瓜洲的偷袭，警告明军上下不要再做无谓地挑衅。
本来老实本分的扬州百姓，此时有很多人都冲上了街头，肆无忌惮地从府衙官署、府库官仓内往外搬运东西。他们什么东西都要，连战死的那位知府的后宅中，衣物、鞋袜甚至枕头也被老百姓洗劫一空。最后，那些府衙、差役都开始加入搬运政府资产的行列。
到了扬州破城的第二天早上。刘香带着中华军已经开始撤离，力所能及地将能搬的东西基本都搬到了东关利津门外的运河上，各种各样征集收缴来的船只上都被堆得满满的，船舷吃水线都已经到了极限位置。
而城内百姓的狂欢还没停止，原先中华军也仅仅只能维持城内部分地区的秩序，现在整个扬州城几乎都已经处在无政府状态。
扬州城原先的官僚并未全部被杀，刘香只是把他们抓住后关入大牢。但是，扬州“打行”的帮会分子冲入大牢救人后，一把火烧了大牢，结果把那些扬州官员也基本烧死在内了。因而，当中华军完全撤离扬州后，扬州城内基本没有了能代表明帝国权威的人物存在了。
那些被中华军保护的店铺、商户，有的已经跟着刘香暂时撤离扬州，随着中华军离开城市去乡下避难。中华军还招收了一些工匠，连他们全家一齐搬上船带走。
整个扬州城的老实百姓都眼红了，越来越多的人冲上街头，去府库官仓抢运任何东西：粮食可以吃、铁器可以用、布匹丝绢都可以用来量体裁衣，……那些一开始胆小怕事躲在家中的人看到有人满载而归，开始后悔不及，以更疯狂的姿态加入到抢劫行列，各家官署衙门的门窗都被拆走，官府内的桌椅板凳都开始有人搬了。当然，在抢劫中死亡的人也多起来，各家商户被杀的也有不少人。那些有钱人和士绅都闭门不出，聚族死守大门，不时和各路抢劫人马发生冲突。有好几片街区，被抢劫者放火烧毁，城中数千人无家可归。
徐光启等人来到扬州城北时，遇到的就是一座完全处在无政府状态的城市。
徐光启的招抚行动，一开始就很不顺利。他们在扬州城北斑竹园提心吊胆等了两天，才等到京营士兵赶到。然后，京营部队出发去“收复”扬州城，结果和同样去“收复”扬州的淮扬总兵丁耀民所部明军发生“误会”，差一点就自己人之间干了仗。
丁耀民急于以“收复”扬州的功绩，来洗雪自己弃城而逃的死罪。他逃出扬州城后，没过多久就从陆续逃出来的部下那里得知了一些详情，开始清醒过来。于是，他在宝应收拢了逃散的溃兵，集中了5000余人后，向扬州城进发，几乎和京营士兵同时进城。
两军为了抢夺“收复”的头功，在府衙门口迎面相撞，几乎立刻就互相刀枪相对。
此时，扬州城内的动乱还没有停止，但是明军官兵并没有去维持秩序，而是也加入到了抢劫放火的行列，他们还有了更加确凿的借口：协助海寇、资敌。
不少反应迟顿的扬州人被进城的明军抓住当场砍头，不少在前几天没招来劫匪的商家，如今则被大明帝国政府军公开抢劫。
徐光启不得不出面了。他以朝廷二品高官的身份、江南总督的职权命令京营进城维持秩序，丁耀民所部退出扬州城，在南门外扎营以防御瓜洲方向的中华军。同时，他临时任命了一些扬州地方官，下令再有抢劫杀人者，无论是兵还是民立即正法。
这时，朝廷派来的各路援军也陆续到来，大明王朝使出最大努力，将山陕边兵及山东兵南调扬州，还将贵州、湖南南部的蛮兵北调武昌。这时，朝廷已经发布诏令，加重了海饷、辽饷的份额和征收范围。已经疲惫以极的大明农村社会，再次将承受整个帝国的重担。
徐光启不待扬州城内局势完全稳定，就打算继续南下，去执行自己的招抚使命。
招抚副使、南京兵部尚书、都御使盛以弘，以及使团卫队首领锦衣卫千户都劝说他不要以身犯险：瓜洲周边中华海寇依旧在四处活动，路途并不安全。此次招抚，朝廷并没有在邸报上明发上谕，也就是说，此次招抚海寇的行动，还处在保密的状态。
打从北京出发后，游文辉一直很低调地站在徐光启身后。他在此时站了出来，声称自己与海商中的天主信徒有来往，可以替招抚大使们去瓜洲打探消息。
此前，游文辉一直穿着儒服长袍、脖子上挂着银质十字架，与徐光启一起作祷告礼拜。那些朝廷官员一直以为此人是徐光启的教友或者学生，都没有注意他。
在这个时候，招抚大使的队伍中没有一个人敢于冒险前往海寇营地内联络，大家只好都指望游文辉能替他们跑一趟。
于是，大明帝国对于本国沿海实力最大的造反海寇之第二次招安行动，终于借助于一位中国籍天主教徒的大胆行动，拉开了序幕。