天启二年九月初，在在苏门答腊岛西北端的亚齐河两岸，盛产稻米、甘薯、薯蓣和豆类的肥沃田地上，已经看不到任何硕果累累的收获景象。所以的庄稼不是被一把火烧光，就是被人抢收走了。在亚齐河两岸，黑烟弥漫，沿河岸足足延绵了上百里，到处是被践踏成泥泞一片的田梗和被捣毁推平的大小领主庄园，无数的村寨、城镇冒着黑烟，尸横遍野。
由马六甲要塞对岸的廖内开始，沿着北苏门答腊的主要交通要道，到处可见这样的景象。在不同颜色不同底纹的“中”字旗帜下，黑色（步军）、蓝色（水军陆战队）及褐色、白色等（华人民兵）各种颜色的军队构成的洪流，像是搅拌颜料的大染缸一般，将各种肤色的人类生命，统统搅拌成一种浓重的血红色。
沿途无数的马来人小领主连同自己的家徽及城镇村庄，消失在烈火硝烟之中。无数的生命，无论其身份高贵还是卑贱，头颅都被砍下来，被嗜血的华人民兵兴高采烈插在沿途的树桩上。无数原属马来土著的牛、羊甚至大象，都被驱赶着在军队两边慢慢行进，它们或者拖拉着大炮、军火弹药，或者在沿途的宿营地中变成士兵军官们肚子中的食物。
中华军最初建立期间，就与西洋人及台湾土著、明朝官军进行你死我活的战斗，习惯了这种彻底的全民战争形式。从某种程度上说，马来人这些封建邦国之间的战争，只是领主争夺土地的冲突，有时披着温情脉脉的虚伪面纱，一般不会赶净杀绝—对方领主属下百姓，可能马上就是自己的属民，何必要杀了呢？
但是，中华军带来的战争形式是彻底毁灭性的，被后人称为种族清洗。
这是中华军第二次进攻亚齐国，规模比上一次南洋大战大得多。尹峰给赵宣明的命令是很明确的：必须彻底打痛亚齐，最好能将亚齐打成个傀儡小国。
哥打拉查在亚齐河口南岸，中世纪时是阿拉伯商人收购黄金、象牙、樟脑的商站，十六世纪荷兰人来此后成为东南亚胡椒贸易中心。这里也是***教传入马来人世界的第一个据点，被后世马来人***称为“通往麦加的路”。1511年葡萄牙人占领马六甲后，许多***商人被迫迁往亚齐等地。各国商船为躲开葡萄牙人的垄断，另沿苏门答腊西岸经巽他海峡进入印尼群岛。因此，位于这条航线北端的亚齐开始繁荣。
亚齐在此后发动一连串“圣战”，以图赶走葡萄牙殖民者，控制胡椒产地。1547年亚齐对葡萄牙人发动强大进攻，几乎攻陷马六甲城。亚齐同葡萄牙人的战争一直持续到1575年。1564年亚齐曾经进攻柔佛王国，掳走苏丹，摧毁柔佛城。
现任苏丹伊斯坎达尔.幕达--亚齐王国的一代雄主，华人按照译音简称他为阿拉坦苏丹。他已经两次主动攻击中华公司及中华军。五年前，中华军协助葡萄牙人守住了马六甲，在马六甲城下击败了亚齐军，苏丹伊斯坎达尔最后和中华军达成了和平协议，允许中华公司再亚齐建立商馆。
在这一次马来人反华战争初期，亚齐人一直等到爪哇岛全面陷入混乱，巨港的华人与马来人打成一片之后，才出兵马六甲。同时，哥达拉查的中华商馆被攻陷，十余名华人被杀，几十名华人被关入大牢。亚齐境内所有未被杀的华人都被抓到了哥达拉查苏丹王宫附近的大牢中，在长达五个月的马六甲战役中，这些被关入大牢的华人陆续被折磨而死。
这个消息由一名亲眼目睹事实的荷兰商人由亚齐带出，惹恼了赵宣明等中华军将领。 赵宣明上校是个严守军纪的军人，但是他认为这里的人们不是大明国的属民，在他们身上遵守军纪是浪费时间。他管束自己的正规军部队，为得是在作战中要随时保持纪律，并非是他不愿多杀人。
但是，他对民兵的军纪就没办法严格执行，大多数时候只能放手不管了。华人民兵都是各家大商人组建的，他们无所谓能留下多少土著为自己干活，在大明国内有着成千上万的饥民，正在等着成为这片土地上的劳动力。按新的开拓地法，开拓团打下的土地，可以优先拥有。于是，在中华军正规部队两翼，民兵部队展开了很长的战线，弄得随后的后勤部队及各家商人队伍，不得不在到处浓烟滚滚的无人地带中行走。在亚齐华人基本被杀绝的消息传出后，华人民兵这一路上的暴虐举动，多半还带着报复性质，因此更加无情而且血腥。
赵宣明指挥的中华军第六师主力8000人，由陆路沿廖内至亚齐的大道北上。爪哇旅一个团的3000援军、南苏门答腊各家华人民兵联合部队3000余人，以及一部分爪哇土著盟军，在爪哇旅旅长祖光鲜统领下由巨港北上，经占碑到达苏门答腊岛的西海岸，印度洋边的巴东小城。然后西路中华军沿着苏门答腊西岸北上，准备在哥打拉查与东路的赵宣明第六师会师。
在海面上，两艘飞字号战列舰为首的南洋舰队主力排开50多艘各种战舰及辅助船的阵势，由马六甲海峡北上，直扑亚齐苏丹国的中心，被称作“拜都拉赫曼”的亚齐首都哥打拉查(今班达亚齐)。
在中华军大部队身后，尾随着无数中国商人，还有葡萄牙、荷兰、英国等商人、冒险家，甚至不少新到南洋的华人移民卷着铺盖跟着部队。他们来到北苏门答腊，为中华军输送物资或是出售各种物资给民兵组织，然后拿着中华钱号出具的银票或者大笔银币，从沿途新设置的中华商馆据点的管理人员手中，换成沿途抢掠来的钱币、香料、宝石奢侈品，乃至军队淘汰的剩余物资，或是廉价的战利品和马来人奴隶，回程时卖给各家种植园再赚一笔利润。
马六甲战役失败后，苏丹伊斯坎达尔丢下自己的大军只带着十几名侍卫渡海逃跑。此举实际是很明智的，在中华军南洋舰队主力从爪哇返回马六甲海峡后，亚齐军已经不可能渡过海峡撤退。最后结果是：苏丹伊斯坎达尔带到马六甲周边的五万大军，只有一万余人逃回北苏门答腊，其余的不是被杀就是作了中华军的俘虏。
不过伊斯坎达尔此举使得跟随他作战的各封建领主寒心。在他回到北苏门答腊后，再次发出召集令时，带兵前来听从指挥的各土邦领主屈指可数。
中华军第六师登陆苏门答腊后，几乎未经大战，一路势如破竹地北上。大多数在他们面前的马来人土邦领主都选择了投降，付出了大量财宝及粮食的代价后，得以在中华军军威下喘息。而苏丹伊斯坎达尔的王室直属领地，都毫无例外遭到了中华军及华人民兵的彻底洗劫。
赵宣明大军在亚齐河中游山谷地带遭到了抵抗。数万装备混乱、组织也很混乱的亚齐军在河谷两岸的田地上列阵，中华军仅仅以一阵炮击和一轮火枪射击就将这支部队打垮。事后从俘虏口中得知，这里是苏丹伊斯坎达尔的兄弟王子伊普拉辛的领地，再往北就接近哥打拉查城了。此时，南洋舰队的战列舰已经在亚齐河口将亚齐舰队残余舰只一一点名，毁灭了有几百年历史的亚齐港口。紧接着，数十艘吃水较浅的纵帆炮舰进入亚齐河，在河面上炮击了哥打拉查城。
九月底，哥打拉查城被中华军从海陆两面严密包围起来。
有着低矮城墙的哥打拉查城在中华军炮兵眼中不堪一击。不过城内聚集着六万余忠于苏丹伊斯坎达尔的亚齐武装分子，苏丹伊斯坎达尔本人也在城内指挥死守。城内有从早先的葡萄牙人那里抢来的大炮十余门，还有从荷兰人这里买来的新式大炮五六门，还有一部分北苏门答腊个土邦坚持抵抗的武装人员。这是北苏门答腊、也是亚齐国最后的抵抗中心了。其余的地方，都已经被蜂拥而来的华人民兵变成了血与火的地狱。未能进入哥打拉查的亚齐人，都逃入深山密林中去了。
祖光献带领的西路中华军沿着苏门答腊西海岸北上，遇到的抵抗不较多。不是因为别的，是因为他的部队有太多的民兵，军纪很糟糕，一路烧杀抢掠，无论对面的马来人土邦主是否举手投降，一律用火与刀来说话。因此，直到哥打拉查被全面包围后，祖光献的部队才到达亚齐河中游地带。
赵宣明不想等西路军会师后再攻打哥打拉查了，他等不及了。亚齐人不断从城内出击，一开始企图大股部队突围，后来发现第六师到处挖掘了壕沟，严密把守各个道口，大队亚齐军根本无法突围。
突围不成，亚齐人开始小股出击，暗夜里渗透偷袭，小手段层出不穷，搞得赵宣明一夜数惊，睡不好觉。
也有的时候，突然一大队亚齐人在长袍***教士带领下，高喊着“阿拉哈阿克巴！”（真主伟大！），挥舞巴冷刀往中华军阵地发起自杀式冲锋。他们没有火器掩护，也没有任何盔甲，迎着中华军的弹雨而上，悍不畏死，躺下一地尸体后，还能有几个人冲上阵地与中华军肉搏。
为此赵宣明带来的三架手动连发速射枪都因为连续射击时间过长，在激烈的战斗中打坏了。因为没有维修人员跟来，这些手动机枪暂时报废。
赵宣明实在烦不过，在后勤部队带来了足够的弹药后，决定不再等西路军部队了。他联络了海军南洋舰队，决定就他们两家一起发起对哥打拉查的总攻。