荷兰人靠着数万土著士兵和千余荷兰士兵、水手，拼死守卫着由虎壕、雄狮壕和阿姆斯特丹壕围绕起来的巴达维亚内城。沿壕河的街路两旁原先排列成行的椰子树，如今全部砍倒变成了栅栏屏障。荷兰市政当局在占领巴达维亚之后，一直奖励居民建筑石造住屋，如今内城区的石头屋全成了堡垒。
那万余土著兵都是从当地土著中招揽来的，在半年多的战争期间，土著兵对中国人下手最恨、抢掠最多，荷兰人就吓唬他们说中国人必定会报复而杀光他们，因此这帮土著现在作战依旧非常拼命。
同时，尹峰也并不想让自己的中华军在巴达维亚付出太大的代价：南洋大局已经基本稳定，区区一个巴达维亚做垂死挣扎，在他看来毫无意义。尹峰想了想就知道：荷兰人在等着欧洲的援军。荷兰人守城的韧性是在反西班牙的尼德兰革命时代锻炼出来的，原先的历史时空中，荷兰人在郑成功攻打台湾时，在非常困难的条件下还硬是守了九个月的城才投降。
在中华军陆续调集来大批军队之时，东印度公司爪哇评议会在市政厅召开了会议，商讨如何应对危机。
荷兰爪哇总督彼得逊.昆并未在巴达维亚市政厅，他正在巴达维亚西区东印度公司爪哇商馆堡垒内指挥战斗。荷兰商馆是荷兰人初来雅加达时就建立起来的，是荷兰人占据巴达维亚全城以前的重要堡垒据点。
在商馆城墙以西的地方还是一片荒芜的矿野。在第二次爪哇战争之前，那里出没着被驱逐的雅加达土著和反对荷兰人的万丹土著。他们常常试着狙击到郊外探险的外国人。那些接近山林的地区，还常常有老虎和猛兽出没。这一切，使巴达维亚的荷兰人不敢外出，因之他们就被局限于巴达维亚的市区内，对外间发生的事，也毫无所知。
中华军的力量已经如此强大，能够同时对南洋所有的战略要点发起攻击，这是荷兰人没有预料到的。
荷兰总督昆现在很后悔，他曾经采取“以华治华”的政策，通过任命华人甲必丹，对华侨社会进行控制和间接统治。但是，他从心底里看不起这些黄皮肤异教徒，也不相信卫戍司令官范.莱顿上校关于中华公司力量的情报。万丹、马达兰人刚刚开始进行反华侨战争，他就对自己辖区华人下手，枪杀、抢夺、驱逐无所不用其极。他自己扶植起来的华人甲必丹苏鸣岗，也被他抄家后关入了东印度公司商馆地牢。
现在，他身边一个华侨华人都没有，对面的中华军根本就不愿意和他联系，只管每日发起攻击。
彼得逊.昆总督在堡垒顶端向东面瞭望，在芝利翁河东面，一群群中国人正在推拉着几门重型攻城炮，几头大象在那里担当着拖拉机的角色。无数的黑衣中华军士兵正在虎壕东岸集结，似乎正打算要发动攻击。从芝利翁河东中华军炮兵阵地不断地发射着各种炮弹，将巴达维亚内城区打得烟雾弥漫、不断有火光冒起。
“总督阁下，西边森林里有动静！”
商馆堡垒西部的丛林中，隐隐约约地出现了一大群人。在大象和水牛的推拉下，大片大片的木材被拖出丛林区域，无数人出现在丛林边缘。彼得逊.昆大吃一惊：“这一片热带丛林根本无法通过大部队，这些人是谁？”
他拿过鹿特丹产的的长筒望远镜，仔细观察了片刻，脸色铁灰地叹了一口气：“我们被彻底包围了！”
无数的爪哇土著战俘-主要是马达兰战俘正在充当苦力，在中华军士兵监督砍伐巴达维亚西部的热带丛林。同时，也有数千倭人苦力、西班牙战俘、马六甲土著战俘在苦力队伍中，在中华军战士监督下，拼命地在密林中开出一条路来。这条路是为运送五门攻城重炮、三门重型臼炮而建设的。无数战俘陷入沼泽、泥潭中送命，中华军战士奉了尹峰的严令，不顾一切地让战俘们日以继夜地干活，一定要赶在三、四月雨季来临前攻下巴达维亚城。
中华军现在手头战俘足足有十万，苦力的资源来自不绝；颜思齐重新回到第五师任职后，在爪哇全岛展开了追杀马达兰贵族、将军的行动，不断地在各地制造灭门惨案，将整个村寨的人丁都押送到巴达维亚前线做苦力。
第一师的一个团、第三师主力以及南洋旅主力都已经集中在巴达维亚周围，对巴达维亚形成了完整的包围圈。大批重炮已经运上岸，依靠无数马来人苦力、倭人苦力以及西班牙战俘，迅速运到了四周围的炮兵阵地上。特别是巴达维亚西部丛林地带，中华军硬是靠人力开辟出了道路，把大炮直接瞄准了荷兰商馆。
半个月后，十门攻城重炮、十门重型臼炮“震天雷”、十门中型臼炮“轰天雷”以及其他各种口径野战炮一百八十多门全部就位。
巴达维亚海港外，定远、镇远号战列舰打开炮窗，中华水军炮击舰队的三百门大炮也已就位。这些大炮从四面八方包围着巴达维亚内城，荷兰人现在立脚的地方，每一寸地方都将是炮弹打击点。
这一天早晨，尹峰站立在定远号船头，看着荷兰市政厅上的奥兰治旗，冷笑一声。他转身看着身后的诸将，见他们都是满脸兴奋之色，各个跃跃欲试，笑着点点头，对叶华、李星、李魁奇下令道：“所有大炮开火，急速射，然后只有射击，目标没有任何限制！”
定远号忽然间在船舷一侧喷发出密集的火焰和硝烟，然后传来滚雷般的巨响……整个巴达维亚内城的四周，紧跟着响起了密集的大炮的轰鸣。这炮声很快响成一片，已经无法分别发炮的方向和种类。海面上的中华军战舰越来越多的加入炮击，同时开火的大炮大约已经超过一千门了。
太子街以西的市政厅被炮弹爆炸的烟雾笼罩了，紧接着广场以西的荷兰人教堂塔顶被炮弹击毁成碎片……荷兰人守卫的巴达维亚内城区域在一分钟后全部陷入到了硝烟和火光中去了。不久，无数的霹雳火箭从巴达维亚东西南北四个方向腾空而起，扑向荷兰人据守的内城，将死亡的火焰散布得更广更多。霹雳火箭的啸声响彻天地，和炮声、爆炸声混合成一种惊心动魄的音乐，使得所有的观战的中华军士兵、马来人土著战俘、爪哇同盟土邦的代表、各国商人都象是发呆一样，一声不吭地看着眼前的场景。
炮击持续了整整一天，巴达维亚的荷兰人感觉是世界未日到来时的感觉：实心弹、榴霰弹、爆炸榴弹密集地落在城中，霹雳火箭中的油燃烧弹更是将城区变成了一片火海,虎壕、阿姆斯塔丹壕的木栅栏被引燃，正在熊熊燃烧……市政厅在烈火和爆炸声中坍塌，大教堂倒了一半。所有的荷兰人建筑都挨着了炮弹，荷兰守军、土著兵大片大片地被打死打伤，士气跌落到了低谷。
尹峰看看身后一大群观战的各国商人、国内各商帮的代表、公司股东，见他们个个就被这种密集炮击的场面惊呆了，不由地暗地里好笑。徐鸿基脸色也有点苍白，凑上前笑着说：“……船主，这是杀鸡给猴看吧？不过，这样的炮击可真是前所未有，……”
尹峰冷笑：“我就是要用这样的手段来震慑南洋，大不了把巴达维亚打平了，了不起我们再重建就是了！”
范.莱顿焦头烂额、跌跌撞撞地在荷兰商馆堡垒最内部的房间内找到了彼得逊.昆总督：“总督大人，投降吧！再不投降，我们就全完了！市政厅、教堂、工场、火药库全都完蛋了！”
彼得逊.昆呆呆地抬起头，满脸都是死人一般地灰色：“中国人已经有了这样的武器，……”
“总督阁下，再耽搁下去，我们都会死在这里的，谁也回不了欧洲了。”
昆总督低下头，满头都是炮击震落的墙灰：“中国人有这么多，再加上这样的武器，我们这一走，欧洲人可能就永远回不来了。”他满脸萧索地抬起头，苦笑一下：“十年的心血啊！上帝保佑我们！范莱顿上校，打白旗投降，向你的中国朋友投降吧！我们回家，永远地离开这里！”
……
万历四十七年农历二月，在中华军炮击一整天后，红毛夷在巴达维亚城投降，中华公司宣布巴达维亚为公司直属区，改回原先的名称“雅加达”。爪哇岛设立爪哇镇守府，分西爪哇县（首府雅加达）、中爪哇县（首府三宝垄），同时，中华公司宣布马六甲海峡以东、海南岛、吕宋岛以南的南洋地区的所有海外商业贸易，全部划归中华公司垄断经营，正式成立南洋省，其下暂时设立马六甲镇守府和爪哇镇守府。
南洋的战争结束了，最大的轰动性的消息在东亚沿海到处传播：尹峰在雅加达称王，自封为靖海王。
在雅加达的荷兰人投降仪式后，中华军入城仪式轰轰烈烈举办的同时，尹峰在众人簇拥下进城，在满地碎片瓦砾的广场上接受了南洋各大华人家族、华人公司以及中华公司全体股东、中华军全体将士的拥戴，自称为靖海王。
在场的国内各大商帮代表也向尹峰跪拜，几个月后，这则消息就由这些商人带回了国内。