本年（万历四十六年）三月，八旗兵首先突袭抚顺。
抚顺城是属于沈阳中卫所属的千户所，洪武十七年(1384年)建城，周围仅三里，但它是当时辽东城(辽阳)以东的边防重镇，朝廷与建州三卫往来的要冲。城东二十里的马市是建州女真与明朝直接统治下的汉人互市贸易的场地。抚顺城西距沈阳八十里，西南距辽阳，西北距开原，均约二百余里，在防守与进攻上与这些地方都可构成特角之势。其东即为女真之地，尤其是沿苏子河溯流而上，水陆两路可直达努尔哈赤的老营赫图阿拉。明朝廷与女真后金任何一方想之战守，皆不能舍弃此地。
努尔哈赤出兵前，祭祀天地、毫无创意地宣告七大恨-尹峰开创了个先例，现在有人模仿了。
关内局势一片混乱，辽东军精锐抽调入关作战，对于这个六十岁的奸雄来说，是一个绝好的机会。因此，他汇合了蒙古部落骑兵，以八旗兵为前锋，蒙古族卖马人为内应，一举袭占抚顺，抚顺游击李永芳投降。
然后，防御兵力空虚的开原、沈阳陆续被八旗兵攻占。在京师城东吃了败仗的辽东总兵张承胤带兵紧急出山海关援救沈阳。明军一万人，偏偏还要分三路追击，结果列阵迎敌时明兵连放火器，犯了老毛病，敌人在射程外就开始乱放火器，伤害不到敌人，却使自家兵手忙脚乱。后金八旗兵奋勇射击，充分发挥他们的骑射长技，一举冲垮了明军三个方阵。
与中华军作战，由于中华军也是步军为主，一旦战败明军腿脚快还能逃出生天。可是在抚顺边墙外，由于八旗主力为骑兵，明军溃败后连跑也来不及，结果总兵张承胤、副将蒲世芳皆战死，将士死者上万人，生还者百无一二。
八旗兵连战连捷，乘着辽东边军兵力空虚，一直抄掠道辽阳才返回。
建州女真正式扯旗造反，这近在咫尺的反叛势力已经在直接威胁辽东都司辖区，辽东的后方就是京师。这一下大明朝廷上上下下彻底地感到了危机感。相比之下，中华军基地远在东南海上，虽然能够打到两京城下，但一直要求和谈的，现在看来已经不是什么心腹大患了。
在六部九卿紧急会商后，首辅方从哲向万历皇帝递交奏折，要求适当地答应海寇的条件，迅速集结兵力出关，平定女真部叛乱。
万历皇帝朱笔批准，并派太监发中旨，以最快速度去南京通知徐光启一行人。早先，徐光启一到南京，就向北京发出奏章，报告说海寇谈判条件实在是太离谱，谈判可能会旷日持久。现在，朝廷催促他尽快完成议和，只要能让中华军撤离两京，相应的条件都可答应；例外的有三条：封王绝对不许、海禁可以开但商民绝对不许有权议政、割让江南绝对不许。
八旗兵占领抚顺后，过了两个月，徐光启一行人通过淮阳明军的塘报才知道了此事。同时，万历帝派出的钦差特使以八百里快马赶到扬州，通过中华军的防线后来到南京城。这样，徐光启等人就接到了万历帝关于处置谈判事宜的中旨。他大为失望：这三不许，除了同意开海禁外，基本上就否定了中华公司的主要谈判条件。这让他拿什么去谈判？他已经在南京待了一个多月，谈判一直没有实质性进展。
而中华军对江南的控制更加稳定，甚至开始在南京城内开办纺织工厂、丝织作坊，公开设立学校，公开教授西学、杂学。虽然在徐光启看来，教授国人西方传来的几何数学、天文科技等东西是好事，但是这应该是朝廷做的事，一个反叛的商民团体做这些事，算是怎么回事？
虽然正式的停战命令还未下达，中华军和官军在各地现在都平安无事，和平相处。这样的和平局面显得非常的诡异，因为中华军是有实力进一步拓展控制区的，而官军则也是有能力骚扰中华军统治区的，但是双方基本上全线停战，连小规模的冲突都很少了。
根本原因在于，现在的战争前线已经变成了贸易场所。湖广的大米、木材、山西的煤等运往长江下游，由于战争这航路已经中断。如今，在两军控制区交界处，成了这些货物的交易场所。在太湖沿岸、湖州城北，就在官军眼皮子底下，无数百姓、商人自发形成了几处贸易市场，每天南来北往无数民众，在这临时篱笆墙围起来的市场内交易丝绢、蚕茧、茶叶、粮食米麦、猪鸭鱼肉以及铁器、铜器、金器等各种手工艺品，中华公司银号钱庄也在此开设临时分号，中华公司的银票和刻了印的银子是通用货币。
参与交易的有明军官兵，他们脱了兵衣就成了商贩。常常有官军军官把军粮和军中铁器拿来与中华公司商人交易，换回白花花的银子。市场篱笆墙北端由中华军士兵把守，南端出口常常是明军官兵守卫，两边互不干扰。
中华军士兵不能经商，但是他们有责任保护自家商人经商，这是中华军成立的宗旨之一。
而在两军交界处，本来那些属于官军控制区的民众，听说了中华军三年免税的政策，纷纷举家迁往中华军控制区。明军一开始还向控制一下这种倾向，结果很快兵营中出现了逃兵，士兵们也想冒险逃亡中华军控制区，然后再把家人迁去。两军交界的千余里地，哪里都是空隙，官军无力全面封锁，最后那些领兵军官也就睁一只眼闭一只眼，防备中华军进攻还来不及呢，这些流民就随他去吧。
中华公司以商业为主要收入，对农业主要是扶持管理；而明朝政府收税对象主要是农民，对于官商把持的商业贸易，不想也无力征收赋税。两厢一比较，虽然中华公司治下的农民也是穷人，但是至少吃穿不愁，明显获得了较多的中下层明朝民众的拥护。
徐光启不能离开南京城，但是从陆陆续续来拜访他的乡亲故交这里，多少知道了这些情况。和谈迟迟不能达成，而中华公司深入人心的政策正在获得民众的好感，这是对明朝极为不利的局面。在徐光启看来，他不认为辽东边疆的叛乱比中华军叛乱更重要。
徐光启正在苦恼的时候，朝廷由内阁签发的正式诏令，由户科给事中姚宗文、司礼监太监马原携带者，通过扬州中华军占领区来到了南京。
姚宗文为万历三十五年（1607年）丁未科二甲三十九名进士，由庶吉士授户科给事中。此人为慈溪人，为人圆滑狡诈，是方从哲的亲信。中华军攻至京师时他被方从哲派去保定检阅勤王兵马。他不知军务，只知索贿，人品极差，因为克扣军粮差一点引起兵变，多亏方从哲力保他才无事。他属于浙党一派，如今奉命出使南京，是方从哲照顾他，让其出京躲开言官们的弹劾。
朝中诸大臣中，徐光启比较看不起此人，但如今也是没办法，只好打起精神迎接姚宗文。
在听了徐光启的一番抱怨后，姚宗文只是冷笑：“徐大人，你难道忘了出京前，首辅方大人的话？”
“什么话？”徐光启肃然，沉下脸问道。
“许你便宜行事。”
“有圣上的三不许在，如何便宜行事？”
“徐大人为人方正，在下敬佩。凡事有缓急，可从权议论。”姚宗文是奉了方从哲的秘密命令而来，因此显得很有把握：“方相国嘱咐在下转告徐大人，朝廷开海禁已是在所难免，而其他条款大可含糊过去，先把停战和退还两京一事定下，徐大人就已经是大功一件了。”
徐光启皱着眉头，摇摇头。他是典型的实干家务实派，实际上并不适应传统的官僚官场作风，也不太会政治谋略。他连连摇头道：“中华公司及尹峰其人，这些天一口咬定非要割地称王，而且要以他们的六大誓约与朝廷律法平起平坐，不搭理这些条件，恐怕没法谈判下去……”
姚宗文挪动椅子靠近徐光启，耐下心说道：“许封王及割地一事，实际上并非要务。依我看不过是尹峰其人漫天要价的伎俩。如今江南之地在他们的掌握中，不许割地又能如何？官军如今要对付辽东女真之乱，根本再无力与中华军作战。称王一事也是如此，朝廷不许其称王，他们就能乖乖听从了吗？”
徐光启心中一动：“难道，这尹峰……”
姚宗文说道：“徐大人不是有十年练成新军的计划吗，如今方相国许你五年的时间练兵，以东南财赋为练兵费用，只要你能与中华军谈成退还两京，就任命你为闽浙赣总督，练新军以抗海寇。再说了，只要在公开的和谈条款中只说明中华军退还两京，撤离天津卫及山东、辽东，朝中各位言官也不会出来找麻烦。至于江南之地，可答应他们延期撤离。”
“延期撤离？”
“你不知道吗，中华军答应民众三年免税粮，时间还有两年。如果此时朝廷收复江南，势必得重新征收赋税，这岂不是在与民争利，平白无故给这帮海寇收买人心营造条件吗？况且朝廷收复江南，起码也得有几年时间稳定局势，实际也收不到说明赋税了。还不就此让中华军去折腾两年，若大一个江南、几百万人口，看他们怎么养得活！”
从根本上说，明朝廷这些官员把中华公司在江南的施政情况看做一种临时性的恩惠政策，他们从自己的经验判断，没有人能仅仅以工商业来维持政权的。他们希望看着中华公司背着江南这个大包袱，然后自取灭亡。
……