尹峰明确了将正式建立政府机构，在场的众人立刻明白了他的意思：这就是说，中华联合公司正式走出了建立一个国家的第一步。
曾棋站起来说道：“我们大家的目的是一致的，我们辛苦打下的江山，赚下的万贯家财，没理由拱手交给朝廷那帮子只会闹党争、贪污受贿、读死书的书呆子的。古人云蛇无头不行，无论是镇守府还是公司，我们都得有一个头领，我想这个头领只能是尹大东家，大家没有异议吧？”
大家伙都把头摇得象拨浪鼓，一致地说：“尹大东家就是我们的领头人……”
通过这一次会议，尹峰将公司对占领区地方行政管理部分的决定权基本上掌握在了自己一个人手中，不再需要走董事会的形式了。
同时，他还在德川家康身上赚了一大笔钱：德川家康终于在上一年年底开始了消灭丰臣氏的大阪之战。尹峰乘机提高价格，把卖给幕府的大炮提高了五倍价格。同时，他也偷偷地卖给丰臣家一些小型火炮和火绳枪，价格也是不菲。
尹峰在幕府和丰臣家两方总共赚了百万两白银，而且，这些钱是中华军出面赚下得，完全可以有尹峰一人来支配。
手头有了余钱，不需要公司董事会的同意，他立刻开始对中华联合公司进行机构大改组，将要成立台湾、吕宋两个镇守府，同时在吕宋下设五个县，台湾设立四个县（台北、台中、台南、台东），琉球和西婆罗洲各成立一个县，其余南洋殖民地依旧是由公司和中华军实行军事化管辖。
这样，大量的公司商务部、商情部、农垦部人员就得转为政府行政人员。由于尹峰规定行政管理人员必须在自己管辖区最起码连续待三年，这对那些在公司有大量股份、精于生意之道的伙计和职员非常不利，因此很多人选择继续待在公司内任职干活。
这样，在中华公司统治区，出现了地方行政官吏缺乏的现象。
万历四十三年五月，中华联合公司通过自己的商业网络和在商业政治上的人脉，向整个明朝统治区发出了一个信息：台湾即将公开招考官吏了。
这简直就是公然造反之举，但是却真的有不少读书人去了台湾参加考试。
明朝科举考试使得所有读书人要想得到出路就只有做官这么唯一一条路。整个中国，似乎除了做官，就没有其他值得读书的目标了。因此，那些久考不中的童生、无法进学家境困顿的书生，那些手无缚鸡之力除了读书一无所长的书呆子们，真的从各地陆陆续续赶来了一百号人，他们都想着在台湾做个官也是好的：至少，这里名义上还是大明属地，而且听说在此地做官不用刮地皮也能拿到高薪。
尹峰把如何招考这些读书人、以及如何把他们培训成为中华公司体制下的行政干部等等麻烦事全交给了曾老爷子和曾山。他自己来到水军军港魍港，为出征广东的叶华送行。
福建沿海已经不存在任何海盗海匪了，几百处海湾已经成为了中华联合公司控制下的海港。而在浙江和广东沿海，还有一些不属于中华联合公司的海上武装存在。
浙江沿海的舟山群岛和台州外海的三蒜岛、温州外海的南麂列岛等地，明朝初年都有一些居民常住。洪武年间开始禁海，汤和巡海后将这些外海岛屿居民强行迁入内地，甚至只给一天限期，否则就充军流放，导致几万岛民抛家弃产、连船只都来不及准备，划着门板做的木筏渡海迁往内地，饿死淹死无数民众。这些岛屿因此就成了无人荒岛，后来就成了倭寇和海盗们的乐土。
眼下这些岛上还有一些小打小闹的海盗武装，靠走私一些货物给中华公司过活，或者就是打劫一下没有悬挂中华联合公司蓝底中字旗的商船。
对于这些小股海盗武装，尹峰只是派出了飞龙号主力舰带着十艘三桅炮舰，在浙江沿海巡游一番后，召集了那些小股武装势力的头目在三蒜岛上集会。
三蒜岛后世人称海盗岛，不知它究竟是因岛型似蒜而得名，还是旧时岛上长满胡蒜，渔家常取之为食而得名。这小岛地形险要，海岛周边暗礁丛生，岛中天然洞穴贯穿，向来是浙江沿海海盗聚会之处。这一次来到三蒜岛聚会的海盗帮派大约有十几股，基本上包括了浙江沿海的所有海盗帮派。嘉靖大倭寇时期，浙江沿海海盗势力遭受重大打击，再也出不了王直这样的枭雄人物了，从此一蹶不振。来到岛上的海盗团伙虽然有十几股，但是所代表的海盗总数不超过2000。
飞龙号庞大的身躯在一群小帆船之中显得非常不协调。陈衷纪作为尹峰的全权代表，正在从飞龙号上攀着绳网下到海面上的摆渡小艇上去。三蒜岛海岸边地势陡峭，不用小艇根本无法靠岸，而这种小艇是当地海盗常用的摇橹木船，可以在礁石险滩间来回穿梭，躲避官兵水师的追捕，当地人叫“咕嘎船”。
为什么叫这个名字？陈衷纪问了一下当地水手：一说是“过街船”的谐音。理由是，海上如同陆地，也有船儿行走的街巷。跨海摆渡，可不就是过街。
一说是“咕嘎船”。摆渡的小船儿，都是摇橹的木质船。木橹一摇，“咕嘎”作响，渔民们便简称之为“咕嘎船”。“咕嘎”，“咕嘎”，陈衷纪觉得叫“咕嘎船”更有意思。
陈衷纪在一百名水手火枪队员的簇拥下，划着十几条“咕嘎船”登上了岛。早有几名皮肤黝黑的渔民在此迎候，说是请中华公司的大爷去砾石滩开会。走了一段山路，然后沿一条石子堆积的小路而下，穿过一条形如“一线天”的岩堑狭道，即进入砾石滩。滩面积不大， 但周围危岩怒礁，礁岩间显露洞穴，海景开阔，波浪掠滩，滩声鸣鸣。砾石滩面对着的就是一望无际的东海海面，而开会的各路海盗头目就在岩石洞中等着陈衷纪。
“什么叫收编？”
“你们这是以大欺小，不给我们活路！”
“尹船主在哪里？我们要找他说话！你们总得给我们一顿饭吃啊！”
“别他妈仗着船大炮大就欺负人！大不了我们去投官兵！”
陈衷纪刚刚说完自己的来意，这十几股海盗头目就闹翻了天，乱哄哄地叫着。
这个岩洞在涨潮时会被海水淹没大半，大白天也得用火把照明，此时陈衷纪脚下依旧是被海水冲刷着。他冷冷地在火把光线下看着这些浙江海盗的反应，面无表情地靠在一块礁石上。
渐渐地人声低落下来，大家都看着陈衷纪，这位中华联合公司的年轻人。
陈衷纪站起身，拱手转了一圈，大声道：“诸位都是在海上讨生活这一行的前辈，小子奉命前来收编诸位的队伍，本来就没打算动粗。只要诸位加入中华联合公司，一切都好谈；否则，我也爱莫能助。并非我中华公司持强凌弱，而是我家船主大人本着仁义之心，为大家着想。”他缓步走到浙江沿海一带最大的一帮海盗头目面前：“台州林岩石林老大，你和我家船主已经做了八年的交易了，你运出陆地的货，我家船主何尝少给过你一两银子？”
陈衷纪不待林老大说话，又走到另一名海盗头目面前说：“这位前辈是海上蛟张大哥吧？我们公司的鲁石头鲁大哥托我给您问好。你家侄儿被官府抓去，是我们通过宁绍参将罗庆的关系把他救出来的，对吧？”
他转身背对洞口，语气变得阴冷：“这些年来，你们其实是在官府和我们呢中华军水军之间的夹缝里过日子。没有我们中华公司帮你们销售走私货，帮你们疏通官府，你们能有几个人撑到现在？”
洞中顿时一片沉默。其实那帮海盗刚才的鼓噪，也是例行公事一般的讨价还价手段。大家都知道，中华公司的力量有多大，与之对抗那是自寻死路。
陈衷纪继续说道：“你们只要交出手中的人马，你们各人立刻可以得到中华公司五万两白银的股份，家眷都可以移居台湾、吕宋。你们手下的弟兄，尹船主将全部接手：愿意务农的可以在台湾、吕宋、琉球三地任选一处田地；愿意继续在海上跑生活的，尹船主将经过选拔，分别安排他们去商船队或水军舰队干活，有稳定的饷银、立功后还能得到份地。”
……
浙江的海盗们很快就接受了这些条件，大部分海盗团伙中的骨干加入了水军。
在广东沿海，扫荡当地海盗团伙的工作，其实早在尹峰还在内地考察时就开始了。当时袁进、李忠再次投降朝廷，依旧未受重用，朝廷鉴于两人反复无常的作风，仅仅给了两人巡检司弓手头目的职位，根本是没有品级的小官。他们的团伙随即散伙，晋江船主杨天生及洪升的船队，以及泉州人张弘、林福原先都曾经听命于李旦，但是在袁进李忠之下。这时，他们全都与袁进、李忠二人决裂，在麦大海的第二舰队开始扫荡广东沿海时，在澳门外海向麦大海投降。