1610年5月，大明帝国的首都北京，宣武门内东城隅，耶稣会中国传教会花了五百两银子买下的宅邸内，利玛窦神父已经身染重病，躺在床上无法视事了。
他的病是每天忙于工作积劳成疾累出来的，他的主要工作就是接待来访者，拜访各家高官文士。利玛窦每一天都安排得满满的，甚至连吃饭的时间也没有。他通常一天要收到二十来张帖子，遇到特殊的日子，例如在新年，一天要见一百多位客人。利玛窦还要遵照最起码的礼貌，进行回访。尽管这些社交活动让人十分劳累，还要有长时间的谈话，然而利玛窦发现这些往来对传教事业很有价值。所有来的人都因此而接触到了天主教。
利玛窦刚刚到达了明帝国的首都，实现了他长久的愿望后，以他敏锐的观察力发现了明帝国的正处于危机中。几年来人们一直在说服利玛窦:要想在中国传播天主教，最重要的是要获得皇上的赞同。有了这把保护伞，刚刚起步的教会就能躲开那些不友好的官员的干涉。传教事业一旦获得了皇帝的同意，就可能形成一个颁依天主教的运动。在对现实中的政治形势有了第一手的了解之后，利玛窦产生了修正传教策略的想法。利玛窦亲眼看到了皇上的真实情况:万历皇上不是一位有权威的帝王，而是一个腐败、懦弱的君主，是一个行将灭亡的帝国统治者。整个帝国被一群太监把持着，即将走入其死亡之路。
利玛窦的天主教传教工作从此开始转向重视文士阶层，从而影响到朝廷、地方官员和底层百姓。他的传教策略是成功的。在韶州的时候同会神父一度只剩他一个，到他死的时候，他已经在中国建立了四个耶稣会的传教点——教堂住院，拥有58个欧洲神父，将近2000名的信徒。信徒中最重要的都是进士、举人、生员以及现任官员，看起来人数很少，影响却很大。
现在，他即将告别自己一手创立的中国传教事业，去向上帝汇报工作情况了。
利玛窦强撑着身子起了床，在十字架面前坚持做了最后一次晚间祷告。他几日前服了京城名医开的一服药方，病情不但没好转，反而日益恶化。这时他预感到自己将寿终正寝，在刚刚被指定为中国传教会下一任会长的龙华民神父搀扶下躺到了床上。
利玛窦叹了一口气，用拉丁语对龙华民说：“我已经听到上帝的感召了，亲爱的尼可拉斯，我在中国的使命已经结束了。”利玛窦衰弱的眼神忽地又发出了明亮的光：“我好像听到巴拉达斯兄弟的声音了。尼可拉斯，请您去看看，是否是他来了？”
龙华民出生于意大利西西里地区的一个没落贵族家庭，1582年加入耶稣会。1597年前来中国传教，首先到达澳门，主持广东地方的教务。在传教方式上，他采取了与当时大多数来华传教士不同的道路。他主张公开走向社会，发展教徒，要求入教者必须抛弃传统的中国习俗，和利玛窦尊重中国风俗和缓进的传教方针是不一样的。但他对于利玛窦的尊重是发自内心的，中国传教会有今天的格局，全靠了利玛窦的努力。
他点点头，起身出门，没多久带着神父庞迪我、台湾主教巴拉达斯、中国籍修道士费藏玉、钟鸣仁等来到了利玛窦病榻前。
众人划着十字，利玛窦点头微笑，迫不及待地问台湾主教巴拉达斯：“你的那位爱好科学的主人，是否已经答应了我们在琉球开设教堂的请求？”
巴拉达斯恭敬地回答：“尹船主已经答应了我们在那霸港建教堂的请求。不过，同时，他也让荷兰人在台湾建立新教的教堂，让犹太人建造他们的会堂，还有佛教徒、道教徒、***教徒的庙宇，在台湾已经全面开禁。”
利玛窦往后躺倒在床上，叹了一口气：“看来，中国沿海的实际上的统治者，对于宗教并没有倾向性。那么，他只是喜欢我们带来的欧洲的科学，而不是我们的宗教？”
“看样子确实是这么回事。”巴拉达斯从怀中逃出一本书，递交给利玛窦，不过利玛窦已经没有力气看了，只是顺手翻了一下。
“尊敬的利基神父（利玛窦原名），这本书就是台湾永活字印刷的《几何原本》。”
利玛窦非常吃惊地说：“难道台湾已经翻印了《几何原本》？是徐保罗教友（徐光启）提供的手稿吗？”
巴拉达斯摇摇头：“不是，这是尹船主从日本回来后，从葡萄牙文本的《几何原本》翻译成中文的，翻译的内容并不全，只占原篇的二分之一左右。这个版本与您和徐保罗教友翻译的版本不同，侧重与数学原理和实例的练习，是用来在尹船主的学校中当做教材用的。”
利玛窦一惊，衰弱的身子忽地坐了起来，一边服侍的龙华民、庞迪我、钟鸣仁等赶紧拥上来扶住他。利玛窦把手中的台湾版《几何原本》翻到了前几章，匆忙看了一下，面露古怪之色。他把书交给龙华民，结果龙华民看了以后也是一脸迷惑。
徐光启翻译的《几何原本》前六卷把一些例题删除了，没有刊印：台湾版则把这些内容全恢复了，明显是用来作为课堂上的教学实践的。同时，，台湾版还有大量利玛窦、徐光启还没来得及翻译的后九卷内容。同时，尹峰得宜于当年良好的初高中数学教育，大量用希腊字母带入公式说明中，还直接把后世的计算符号盗用了一番。这本逻辑推理严密，由公理、公设、定义出发组成完备的体系的《几何原本》，在尹峰引入后世的希腊、拉丁字母符号和运算符号之后，就显得更加清晰有条理、易于理解了。
这简直把在场的利玛窦等人惊呆了。《几何原本》翻译成中文后，只引起了少部分士人的兴趣，很多人根本无法接受欧几里得严密的逻辑体系。《几何原本》所代表的逻辑推理方法，再加上科学实验，是世界近代科学产生和发展的重要前提。换言之，《几何原本》的意义不单单是数学方面的，更主要的乃是思想方法方面的。《几何原本》由公理、公设出发给出一整套定理体系的叙述方法，和中国古代数学著作的注重实用性的叙述方法相去甚远。
利玛窦曾经在给耶稣会总部写的信中，说当时整个中国只有两个人真正理解了《几何原本》的内容：徐光启和李之藻。
现在，台湾中华联合公司的大东家、总管尹峰成了第三个。实际上，尹峰只是一边看葡萄牙文版《几何原本》，一边回忆中学数学学过的内容，就这样马马虎虎翻译出来的；当然，也才参考了巴拉达斯神父和一些欧洲人的意见。
利玛窦叹了一口气：“太迟了，我真的应该去台湾看看这位神秘的船主大人的。尼可拉斯，您一定要去认识一下这位朋友。他现在控制着东亚的海洋，很可能会成为大人物，您应该去和他交朋友。哦，他有一位天主教徒妻子，对吧？”
巴拉达斯点点头：“是的，这位妻子来自马尼拉，是在圣方济各修道会受洗的。”
利玛窦似乎耗尽了精力，无力地躺下了，喘了一阵粗气后，他张开眼喃喃道：“巴拉达斯神父，一定要和尹峰船主成为朋友，他真是……”他的话没有说完，就似乎沉沉睡去了。
1610年5月9日，按照天主教习俗，利玛窦在病榻上领临终圣体，次日，领终傅圣事，5月11日（农历闰三月十九日)傍晚(约下午六七时)，耶稣会中国传教会驻北京的全体人员对这位“圣人”、“中国的圣.多默”逝世表示哀悼。中国籍修士画家钟鸣仁将利玛窦的遗容画了下来---这项工作在原先的历史时空中，是尤文辉做的，只是现在尤文辉被尹峰打发到欧洲去了，这活就落到了同样具有良好绘画天分的钟鸣仁头上。
李之藻这时生病在家，他派一个当差通知教会，不要为棺材担优，他个人愿意提供一切殡费。两天后，利玛窦遗体收硷入棺。棺材抬到教堂，举行弥撒之后，又抬回寓所，放在灵台上、供大家吊唁。
此刻，台湾港的尹峰还不知道；耶稣会中国传教会已经把台湾传教工作当做了在中国传教的重点地区之一。龙华民接任会长一职后，第一次外出就是选择了去台湾考察。
尹峰正在重新整顿军队：他已经把军衔制的实行在中华军内部全面推广了。由下士、中士、上士三级士官军衔开始，一直到校一级，基本是尹峰照搬盗用了后世军队的军衔名称。
同时，军校开始分级，作为台湾军校的总体结构之下，分出了士官学校、军官学校、炮兵技术学校、水军学校等等。同时，新兵训练体系也进行了改进，每一名士兵征募入伍后，无论是战斗兵还是通信员一类的辅助兵、后勤兵，都要经历一番严格的训练，然后从新兵训练成绩中划分档次，分别安排新兵进入部队基层。
新兵训练主要包括了军事礼仪、刺刀训练、指令训练、野战训练、内卫训练、射击掷弹训练、检阅、复习等8个大项，为期约两个月；然后新兵下到基层部队后，训练内容侧重武器训练、身体素质训练、守备训练、野战训练4个大项。
虽然还没有确切的情报，但是西班牙人对马尼拉的反攻，已经迫在眉睫了。