就在尹峰派出的遣欧船队来到马六甲之前，一支荷兰小舰队攻击沙廉失败。荷兰在孟加拉湾的贸易无法与葡萄牙竞争，因此也派人来联系叶华舰队，鼓动他们攻打沙廉。
此刻，立志重新统一全缅甸的东吁王朝第四代国王阿那毕隆正在攻打伊洛瓦底江三角洲的沙廉。
同一时期，在缅甸沿海还有一个葡萄牙冒险家的乐园，是由和德.布里托一样的葡萄牙雇佣兵头子塞巴斯蒂昂.贡萨尔维斯.蒂博建立的。蒂博在 16 世纪90年代向缅甸诸侯之一阿拉干的统治者献殷勤(像德布里托一样)，开始取得孟加拉湾沿海的松迪布岛的控制权。因此，带博自己就许多问题同阿拉干宫廷进行谈判，直接和德.布里托展开了贸易竞争。此外，他也对默苏利特向和缅甸的贸易征收关税，利用他的小舰队袭击了默苏利泊特南船只，这惹恼了在这个港口经商的波斯商人，他们势力强大，与有影响的人物关系密切，在阿拉干和勃固有很大影响力。
缅甸东吁王朝的几代雄主都是穷兵黩武的人物，一代霸主莽应龙的孙子阿那毕隆（1606- 1628 年在位)再次完成了缅甸统一，沙廉成为由复兴的东吁王朝控制的统一的政治区域中的一块由西方人控制的地区。两个葡萄牙冒险家在缅甸沿海横行，这种行径自然是东吁王朝勇猛的国王们怎么也忍耐不住的。
葡萄牙老雇佣兵德.布里托利用三角洲的孟族人对东吁王朝的不满，强制他们信仰天主教，并组织了土著军队。缅甸东吁王朝统治者终于忍耐不住了，不愿再看到自己国土上有一个欧洲人的据点，在1608年年初，从勃固出发，国王阿那毕隆带领大约10 万人和大约150艘轻型战舰以及3000 艘马来帆船，围攻沙廉岛上的圣地亚哥城堡。菲利普.德.布里托带领大约三、四百名葡萄牙人，还有被葡萄牙人叫做梅斯蒂索人的欧亚混血儿数百人，以及大约五、六百名勃固的孟族人守在那里。
沙廉的葡萄牙人拼命向果阿、马六甲求援，问题是现在是东北季风时期，由果阿运兵过来太耗时间，而马六甲的葡萄牙兵只有120人，外加100多名日本侨民组成的辅助兵。因此马六甲的葡萄牙总督想到了一个主意，让中国人的船队去救援沙廉，随便让他们离开马六甲，也可以解除中国人船队对马六甲的威胁。
叶华船队在这一天内还接待了一名荷兰东印度公司的秘密使者。
荷兰使者是从刚刚成为东印度公司总部的巴达维亚来的。
叶华船队在马六甲发布了招揽通晓欧亚航海路线的水手的布告，此后又在马六甲滞留了几个月。此间，船队倒也没有闲着，分派出几艘船到南洋各地做生意，还为西婆罗洲的中华公司基地运送了一批武器。
李旦除了初到马六甲时上过岸，此后一直待在飞龙号船上。此时叶华主动把他叫了过来，因为荷兰人的使者是李锦，很早以前是和李旦相识的。李锦曾经帮助荷兰人来到澎湖，荷兰人因此和刚刚成立的中华公司大战一场。李锦因此和尹峰也是相识的，而且澎湖之战荷兰人战败后，他和尹峰一夜长谈，之后又返回到了荷兰人这里。
所以，此刻他代表荷兰东印度公司而来，完全是一副荷兰利益的代理人的模样。
叶华不擅长这种商业外交谈判，李旦和贝尔纳多则是此中高手。
一天一夜的谈判后，李旦揉着眼睛来到舱房外，对一直在值班的叶华说：“叶船长，荷兰人愿意提供武器，还有通晓航路的向导水手。条件是我们联合荷兰人打下沙廉后，必须把沙廉交给荷兰人控制。”
叶华笑了笑：“李大哥，你觉得我们应该帮哪个？红毛人还是佛郎机夷？”
李旦叹了一口气说：“以我个人之见，无论帮谁，对我们中华公司都没有太大好处。我们仅仅是得到几个向导水手，而这帮西洋人得到的是实在的利益。”
叶华冷笑道：“他们都把我们看做冤大头，在我看来，我们干脆把这里夺下，那才是实实在在的利益。”
叶华抬起手，指着不远处的马六甲城。从世界各地航来的大海舶停靠在马六甲海港一带，桅樯林立，由附近海岸驶来的小船在马六甲河穿梭往来，呈现出生机勃勃的繁荣景象。在马六甲国际市场上，各种商品琳琅满目；有来自远东的绸缎、生丝、陶瓷、珠玉、青铜器、腰刀等物品；有来自印度以西广阔地区的各种手工艺品和纺织品，如棉布、玻璃器皿、染料和药物等；有来自东南亚各地的香料、豆蔻、烟叶、象牙及各种农、海产品……
马六甲海峡是东西方海上交通的重要通道，位于马来半岛的马六甲扼其咽喉位置。
在十五世纪初，在郑和下西洋船队的扶持下，马六甲王国开始崛起，到十五世纪中后期，马六甲王国已成为东南亚最强盛的国家之一。马六甲王国的不断强大和它所处的独特的地理位置，促使马六甲港成为世界上各种商品的交易中心。曾于1512-1515年以商行书记的身份在葡属马六甲任职的托米．皮尔斯（Tome Pires）在他的名著《东方诸国记》（Suma Orintal）一书中说：“马六甲作为一个商人的城市，比世界上任何别的城市更为适宜；……马六甲位于世界的中心点，千里之隔的各个国家为了贸易，一定要来到马六甲。……谁是马六甲主宰，谁就扼住了威尼斯的咽喉”。
阿拉伯人称这地方叫做摩罗迦多，意思是集合各商贾的市场，因为各色各样的商贾，都常到这里，而当地官员们也积极为公正。
1511年5月2日，葡属印度果阿总督埃布尔奎（Afonso d’ Albuquerque）率领一支由800名葡兵和600名印度雇佣兵组成的殖民军，分乘19艘舰艇抵达马六甲，在8月15日攻下了马六甲城，马六甲自此沦为葡萄牙的殖民地。葡萄牙人终于如愿以偿控制了马六甲，在此后130年间扼东西方航道之要冲。
从1511至1641年易手于荷兰人的130年间，马六甲是葡萄牙殖民帝国在东方的重要据点，也是葡萄牙人控制漫长的东方航道的一个主要环节 和向东南亚扩张、贸易的基地，它与澳门有着密切相依的关系，扮演着不可或缺的重要角色。
马六甲成了世界商人云集的城市，皮尔斯在《东方诸国记》中告诉我们，在十五世纪末十六世纪初的马六甲市场上，人们约使用84种方言。《马来纪年》记载当时人口为19万人，其中大多为各国商人。埃布尔奎攻占马六甲时仍有 10万人，埃布尔奎回忆说：“我确实相信，如果还有另一个世界，或者在我们所知道的以外还有另一条航线的话，那未他们必然将寻找到马六甲来，因为这里，他们可以找到凡是世界上所能说得出的任何一种药材和香料。”
李旦看着那繁荣的港口，又看看屹立于马六甲东南方海滨的亚福沙（A Famosa）堡垒，眼光中不由地显露出了羡慕之情：“佛郎机人国小人少，却是很有眼光，这样的优越的地利都被他们占了。不过，我们从台湾出发前，尹船主告诫我们，现在还不是和佛郎机人动手的时候，这个地方我们还不能动啊！”
葡萄牙人能够在柔佛和亚齐的不断围攻下，在马六甲坚持100多年，除了葡萄牙殖民者对马六甲境内采取分而治之的政策和善于挑拨、利用柔佛与亚齐之间的矛盾以外，在很大程度上还依靠了坚固著称的亚福沙（A Famosa）堡垒。这个堡垒是在埃布尔奎占领马六甲后开始建筑的，当时埃布尔奎命令爪哇人到乡下去搜捕“逃犯”，用铁链锁在工地，强迫建筑炮台，并把原苏丹王室的1500名奴隶也投入建筑堡垒的苦役 。这个要塞堡寨墙厚8英尺，四周共筑有7个炮台，临海一面是巨浪翻滚的大海，在每个月的第十五天，水位很高，200吨船可沿着堡垒边进来 ，其他三面被马六甲河萦绕着。
要塞成为葡属马六甲的核心：城堡里有总督府、主教殿、国家政务会礼堂、慈善兄弟会礼堂、五个教堂和两个医院 。这个要塞被称为“第一个在东南亚的近代欧洲式的城堡” 。
马六甲要塞通常的驻军是300人，一般很少超过500人。在1606年荷兰和柔佛联合进攻马六甲时，只有80个葡萄牙人和几个日本雇佣兵 。甚至在初期，其中一个月下降至29人。守卫堡垒的葡萄牙士兵平均是在200人以下。在遭到围攻的时候，他们就依靠这个设计先进的堡垒，以及相比周围各国先进强大的火器，挺过受围攻的艰险时期，一直坚持到果阿的援军的到来。马六甲也是葡萄牙人主要的海军基地之一，有它自己的常驻舰队，以保持对马六甲海峡的制海权。为了袭击敌对船只或商船，葡萄牙人建立了“里马舰队”（Armada da Rima），它行动轻捷迅疾，对葡萄牙人有效地控制海峡起了重大作用。不过，此时由于荷兰人的骚扰，马六甲舰队正在南方苏门答腊巡航。
中华公司此次派遣前往欧洲的船队，拥有强大的欧式战舰飞龙号，还有中西结合式的新兴号，加上辅助船只，携带总共拥有200多门炮，拥有战斗人员1000多人，辅助作战的水手也有300-400人，如果结合本地中华商馆的人员对葡萄牙人的亚福沙城堡来一次奇袭，说不定是能够成功的。