吕宋岛的基层政权在省以下，虽然也有镇、村之分，当地土著可以出任副镇长（Zuez)或村长((caheza)。但是，传教士在村、镇权势很大，镇长，村长等远不是地方行政的主持人，事实上他们仅是奴仆，首先是教区牧师的，其次则是本省各级行政，军政和司法首长。
土著镇长、村长地位不高，他们受着书记官(一般是传教士的私人亲随)的制约。如未经传教士的许可执行上级行政首长(包括总督、省长)的指令，将会被传教士处以鞭挞100藤的惩罚。收缴赋税贵任之重大与他们薪奉之菲薄，形成了鲜明的对照。然而，镇长、村长作为西班牙传教士操纵菲律宾地方基层政权的工具，他们催税迫赋，作威作福，构成了西班牙地区基层统治的基础。
因此，尹峰的中国人文官每到达一地，废除当地村镇长官的职务，由公司派遣和指定的合作者担任，这项措施的实行，一般土著百姓并没有什么抵触情绪；西班牙人手下的那帮官员确实都不是好东西。中华公司对吕宋岛基层政权的统治是一竿子通到底的，直接由公司派出的人员下到村镇收税，不再假手土著中间人。同时，中国人推行并村计划，把分散的土著村庄迁居，集中居住在一些大村镇内；一方面便于管理，一方面打乱了各村寨的凝聚力，同时空出大片的土地可以供给中国人分地用。
日侨聚居的迪劳、圣米格尔等地的日本町，迪劳已经被外籍雇佣兵彻底抢空烧毁了，尹峰允许那些躲避国内宗教迫害而逃亡的日本人居住在圣米格尔。日本人对于强者一向是很顺服的，很快日本町就安稳下来了。他加禄人聚居的马拉特等地，由于本来就和中国人关系较好，也很快安定下来。
中国人对吕宋实施统治管理的最大阻力来自天主教会。因此，这些天中华公司军队四处搜捕，把吕宋各地几乎所有的传教士都被抓到了马尼拉。
“吕宋范围之内，现在大约还有100名各个天主教传教会的教士，其余的，很不幸在战场上去见了上帝。”尹峰看着大厅中老老少少的几十名传教士，一边冷笑一边用汉语说着，李丽华把他的话毫不带感情地翻译成西班牙语。
“所有反抗我们公司统治的传教士，除了在马尼拉地牢中的15人外，其余的人在我们中华公司军队的追捕下已经躲入深山沼泽，我们迟早会抓住他们的。诸位先生很不明智，在我的军队到达时组织反抗，导致许多无辜的土著人死亡，这个责任必须由你们承担。这其中，我们没有发现耶稣会的教士，耶稣会很好地与我们中华公司保持了合作……因此，我现在宣布，整个吕宋岛和棉兰老岛以北的地区，所有天主教传教事业全部划给耶稣会！”
尹峰这话一说完，下面一群教士就喊起来：“不！不！你没有这个权力！菲律宾传教区的划分是西班牙国王的权力！”
尹峰冷冷地说：“西班牙国王对菲律宾的统治权已经结束了。历代以来，吕宋诸岛的土著都是向我中华天朝上贡的夷人，我现在只是在恢复中国自古以来的权利。我现在再次宣布，整个中华公司控制的菲律宾地区，传教权归于耶稣会，他们的传教费用问题我不管，西班牙国王如果还想继续给他们发放薪水，我没有意见。”
尹峰带着军队打回吕宋时，吕宋总计有西班牙殖民者不到千余人，而传教士就有180人之多。实际上到1591年整个群岛已经有140名传教士，马尼拉主教区亦升格为大主教区。1594年，西班牙国王菲力普二世给各修会划定了传教区域，奥古斯丁会得到了吕宋岛的中南部，包括伊洛戈、邦板牙和彭嘉施兰的一部分地区；方济各会主要在内湖周围和比科尔半岛区域活动，多明我会被安排在吕宋岛北部卡加延山谷和彭加施兰另一部分地区传教；耶稣会则获准在比萨扬群岛的萨马、莱特和宿务等岛屿及棉兰老北部建立教区。
虽然各家修会存在着竞争关系，但菲律宾各个修会的传教士，几乎全都来自西班牙和墨西哥。他们长达2年的旅程费用(约700一950比索)是由西班牙王室承担的。传教士到菲后被分配到指定的教区，马尼拉殖民政府发给薪水或津贴，大主教年薪4125比索，主教年薪1838比索，而教士每年得100比索或100法内格（100法内格约等于90石大米)的补助，传教士们实际上是受薪的殖民地西班牙公务人员。
尹峰把他们当作西班牙官吏同等看待，当场宣布驱逐除耶稣会以外的所有传教士，而且还要先在比农多集中营接受甄别。
耶稣会的人实际上也很苦恼，平白扩大了传教区是好事，但是传教的费用从何而出？中国人占领了马尼拉，实际已经割断了耶稣会在吕宋地区的传教活动的资金来源。
荷枪实弹上好了刺刀的燧发枪指着这些传教士，不是所有人都有着为上帝献身觉悟的。很多人低头祈祷，有传教士问：“我们答应离开吕宋岛，您就会保证我们的生命安全吗？”
“当然。即使那些被关在地牢中，亲自参与了反抗活动的传教士也将不会被处死。唯一的例外是：参与了当年屠杀生理人行动的传教士，将接受我们无情地惩罚。”
一名菲律宾总督就曾指出:在菲律宾从主教到下级教会入员都是能干的商人，商人是不会为没有希望的事业买单的。所以，尹峰答应保证传教士的生命安全后，一直到把大部分传教士驱逐出吕宋，这段时间内实际上只有极少数传教士还在吕宋内地鼓动土著造反，其余的都已经屈服了。
尹峰在临走的时候，对沮丧的传教士们说：“你们可能还想着要回到这里，我希望下回看到你们是来谈判的，而不是带着军队在作战。那样，我就不能保证你们的生命安全了。”
李旦来到马尼拉，惊讶地看到马尼拉城里里外外已经全是华人的天下了。城门口换了牌匾，换上了中文字样，街道上也全部把西班牙文的路牌全部撤换了。
同时，已经有一座妈祖庙在城内建起，那飞檐拱顶的中国式屋顶，在一片西班牙式建筑中显得非常突兀。
马尼拉城换了主人还不到一个月，城里已经有人在做买卖了，很多货品是西班牙贵族和官僚家中抄家出来的世界各地的珍宝；也有外国商人在和华人交易丝绢和陶瓷，这些人都是日本人、新基督徒、葡萄牙人、荷兰人等消息灵通、和中华公司关系良好的商家。
大街上一个西班牙人也看不见，他们还在比农多集中营接受甄别，那些参与过三年前屠杀暴行的西班牙人被指证出来后，都被关押在马尼拉总督府的大牢内。
台湾“乐山楼”的周老板这一次速度奇快地在马尼拉城内开了一家“乐山楼”分店，刚刚开张营业，楼上也按照台湾港乐山楼本店模样，给尹峰专门留了一个包间。尹峰在此设宴招待李旦，李丽华和李旦抱头痛哭之类的情节自然是不必提了。
席间，陈衷纪忽然急匆匆把尹峰叫出了房间，似乎有什么急事。
包厢内只剩下李家兄妹俩，李旦看着李丽华成熟美丽的脸蛋，苦笑着问：“阿丽，你就愿意这样一直跟着尹峰吗？没名没份的，你甘心吗？”
李丽华红着脸低下头，轻声说：“不甘心又能如何？没有一个神父愿意在教堂里为我们祝福，……可我不管，只要他对我好，我就……上帝会保佑我的。”
尹峰一脸焦急地进来，对李旦说：“台湾来人了，福建官军在攻打澎湖。”
来人是曾棋和林晓派出的商情部人员---商情部实际就是挂羊头卖狗肉的国内情报部。
曾棋则是尹峰亲自写信请来的。既然曾家已经牢牢绑在了尹峰的战车上，已经致仕退休的曾棋五十多岁年纪了，却也打起精神来到了吕宋；这个使曾家下一代最能干的接班人曾岳丧命的地方。
“李大哥，我岳父此次来马尼拉，是为了在吕宋建立起完整的收税征赋、生产管理的体系，简而言之就是要建立起一套行政体系……”尹峰在特别给李旦安排的原总督卧室内，推心置腹地和李旦谈话。
李旦反应很快：“你是要在吕宋建国称王吗？”
尹峰苦笑：“我岳父也是这样问的。现在我们暂时还不需要称王建国，做这个事还太早。西班牙人一定会报复，从消息传到墨西哥和西班牙国内，然后征兵筹集军费，最起码要一年多时间。出兵到菲律宾，最快捷的路是由墨西哥横越过太平洋，但是需时6一7个月，而且要在风高浪急的洋面上航行，航程漫长艰苦，总之，我估计我们在吕宋有3年的时间做准备。我希望大哥能在吕宋协助我岳父管理政务，因为你在本地待了十多年，比较了解吕宋的风土人情……”
李旦点点头，他是当时中国非常稀缺的对世界地理概况有所了解的人，所以他赞同尹峰的推断：“我明白了，你的意思是让我留下来帮助曾棋曾老爷，巩固我们唐人在吕宋的统治地位。这个没问题，我只是想让你帮我做一件事……”
“别客气，李大哥，你我之间没必要这样客气吧？”尹峰心想：丽华算是我的人了，你是我的大舅子，就不必客气了吧？
“帮我找到李华宇，还有，万一遇到袁进、小李子他们，请手下留情，留他们一条活路；他们都是孤儿，我当年收留他们时，自己也是穷得叮当响，可以说他们和我一起吃过苦流过血。”
“李华宇失踪几年了，有人说他在暹罗国……其实当年水手叛乱时，他并未参与，只是知情不报而已，我根本没有责怪他。有机会找到他，我还要让他帮我做事。”尹峰对于袁进则是非常反感，把袁进最近一次派人在戏台上刺杀自己的事告诉了李旦。
李旦叹了口气，不再说什么了。
中华公司占据马尼拉后，成立了公司吕宋分部，另外搞了个吕宋镇守府的名号，实际是两块牌子一套班子。尹峰委任曾棋为吕宋分部大总管，赵铁暂时任吕宋镇将，率领本部步兵第一团镇守吕宋，同时兼领吕宋庄丁队统领；监军则是曾家的小幺曾瑞，安小四为军情部驻吕宋的头目。
李旦虽然名义上是中华公司的第一批大股东之一，但是他自己考虑到尹峰的亲信班子对他都不熟悉，所以他仅仅担任了公司吕宋分部的商务部掌柜。
从台湾基地留守人员得知官府出兵的消息到现在，已经过去一个月了；曾棋出海前来吕宋时，澎湖已经开战。曾棋搭乘的商船在海上航行了十天，谁也不知道现在这个时候，澎湖是否还在中华公司控制之下。
虽然公司管理层上下都知道，官府一定会乘台湾内部空虚的时候，给中华公司背后捅上一刀，但是没有预料到会这么快。飞豹号战舰虽然已经返回台湾，但是从吕宋到台湾，由于农历四月份的风向还是北风居多，因此飞豹号逆风行船，最快也得起航二十天之后才能到达台湾，谁也不知道它是否能及时赶到澎湖。
尹峰暂时安顿好吕宋事务，带领第三团的大部兵力坐船返回台湾。曾景山和李丽华也一起回台湾，他们随手把一些抄家得来的西洋珍异宝带回台湾，准备在国内买一个好价钱。
陆陆续续有福建各地商船来到吕宋，愕然发现马尼拉已经换了主子，而港口管事的居然是华人。中华联合公司占了马尼拉的消息很快震惊了那些分散的单打独斗的中国商人。商人联合起来，居然可以打败西洋番鬼，占据他们的地盘，这样的事是超出了很多中国商人想象力的。
同时，官府出兵澎湖的消息也传开了，参战的护卫队士兵愤怒了：他们有家人在台湾，让官兵上了台湾岛，谁知道会发生什么事？所有中华公司护卫队战士都要请求回台湾，要去好好教训一下背后动刀子的福建官府。