郑龙桢找过杨宁之后，第二日，自己的宝贝儿子便真的回到了家中，除了精神有些恍惚、脸色有些苍白、有几处淤青之外，竟是从以阴暗残酷著称天下的东厂大牢安然无恙走了出来，这让郑龙桢惊魂未定的惊喜之余，对杨宁充满了感激，但却怎么也想不通位高权重、名震天下的东厂年轻厂督会不要好处而轻易放过了自己儿子。
随着郑钰一案的审结，东厂所有的案件也全都被审理了一遍，除了那些需要时间求证的，东厂所有案件之中，可以确定其中一大半都存在冤假错案等情况，随之杨宁也又处理了一大批与这些冤案有涉的东厂人员。
在东厂人员的彻底清查中，整个东厂身家清白的几乎没有几个，尽管杨宁只是下令处理了那些为恶多端、性质恶劣的档头番子，但还是造成了东厂运转机构的支离破碎，有的部负责一省侦缉的人员几乎剩不下几个，一时整个东厂上上下下陷入了短暂的混乱之中。
不过幸好，这样混乱的状况并没有持续多久，因为刘守友从锦衣卫中选拔的年轻锦衣校尉和缇骑被迅速补充进东厂，并在向忠和张为年等人的努力下分配到位，且以原来由大内侍卫转进东厂的侍卫及从这批新进锦衣卫中提拔的武功高强、头脑灵活的年轻骨干为基础，形成了整个东厂新的架构，局面迅速稳定下来，新的队伍年轻而纯净、热血而高效，更在杨宁的亲自训话与鼓动下，人人都充满了建功立业的十足干劲。
在人员调整的同时，杨宁自然也同时进行了筹划已久的东厂组织机构和职能的彻底调整，他的原则便是“不改则已、改即大改”。
东厂仍分京城总部与内外十二分部，只是这十二分部不再以十二天干地支命名，而是采用了杨宁所起的新的名字，也不再称“部”，而称“司”，内四司分别称：青龙司、白虎司、朱雀司、玄武司；外八司则是按其负责区域分别称：直隶司、东北司、西北司、中原司、华东司、华南司、两广司、西南司。
十二司受东厂掌作全权掌控，每司一个负责人，称“司长”，内部分行动小队，为首者不再称为“役长”或“档头”，而称“队长”，其他人也不再称“番役”或“番子”，而称“队员”。
杨宁如此做自然也是颇具苦心的，他要从称呼上、观念上，彻底让天下百姓忘记东厂档头、番子的不光彩历史，从此展现在世人面前的，是一个上上下下、从组织机构到形象职能、焕然一新的东厂！
各司的负责人，几乎有一半是由与张为年一起进东厂的、武功高强、头脑灵活、对杨宁忠心耿耿的大内侍卫担任，其它一半也全都是由原来东厂里为人正直、能力高强的档头及从新进锦衣卫人员中层层选拔出来的优秀者担任；而各小队队长，也全都经过选拔与考核，任职者人品、头脑、能力全都非同凡俗。
内四司作为东厂的精锐侦缉力量，优先挑选锦衣卫人员进入、优先培养及训练。其中，青龙司与白虎司坐镇京城顺天府、作为大明北方区的东厂机动力量；而朱雀司与玄武司则坐镇南京应天府，作为大明整个南方区的精锐机动力量。
外八司的设置和负责区域，则是对应了朝廷当今两京十三布政使司的行政区划：
直隶司分南北两部分，分别负责北直隶与南直隶；
东北司设在山海关内永平府，司职山海关内外一切侦缉、情报事宜，重点在于对朵颜三卫、北元政权、东北女真部落地域、甚至远涉朝国的防卫与渗透、情报获取；
西北司司职山西、陕西一切侦缉、情报事宜，重点在于对北方土默特部、土哱罗部、以及更西北的瓦剌后裔诸部的防卫与渗透、情报获取；
中原司司职河南、湖广、江西、贵州一切侦缉、情报事宜；华东司司职山东全境及沿海一切侦缉、情报事宜；
华南司司职浙江、福建及两省沿海的一切侦缉、情报事宜，重点是对倭寇残余、其它所有海盗的防卫与渗透、情报获取等；
两广司司职广东、广西两省及南部沿海一切侦缉、情报事宜，重点也是来自南洋方向的外事等情报；
西南司司职四川、云南两省一切侦缉、情报事宜，重点是对于两省大大小小所有的少数民族势力的监视与情报获取。
通过人员的调整与补充，一个全新的东厂被杨宁牢牢控制在手中；而通过内外十二司的区域与职能划分，整个大明天下的内政与外事则全都清晰地掌控在杨宁的手中。这其中，除了中原司，其它各司都有涉外侦缉事务、而且都被杨宁确定为各司重点发展和侦缉的方向，自此，东厂的主要职能从“对内”开始向“对外”转变，成为大明朝廷保卫“国家安全”的精干力量、喉舌与利器！
东厂新任掌作自然是张为年，而原掌作、掌刑千户刑铁风，则调任锦衣卫北镇抚司指挥使一职，原北镇抚司指挥使黄锦因“贪贿营私、枉行不法”而遭到罢免，并移交三司彻查定罪。刑铁风上任后也是毫不手软，比杨宁先前在东厂的手段可要凌厉的多了，升迁罢黜、调入调出，不出几日，整个北镇抚司黄锦的势力便被清洗一空，上上下下牢牢地被掌握在了刑铁风手里，也等于是彻底掌握在了李太后手中，对于刑铁风的表现，李太后是非常的满意。
东厂锦衣卫变动的同时，朝中三司六部百官也经历了一轮新的变动调整。变动较大的，自然是张四维的吏部侍郎一职与张本直的户部尚书一职。
张本直是因为在户部尚书任上，幕后唆使户部原山东清吏司郎中王泮，贪墨黄河水灾赈灾和治理的银两，所贪数额巨大，情节恶劣，结果王泮家产被抄、人头落地，而张本直则也是落得个家产被抄没、充军荒凉之地的下场。
至于张四维，本来因为其背后勾结点苍派及卜昌亲戚旧部行刺杨宁的事情，李太后对他恨得咬牙切齿，杨宁也立定主意要彻底将张四维整垮、进而暗中取其性命。但因为没有确凿的证据、邓千乘又被小乐子击毙于开封黄河浅滩，李太后一时间却找不到罢免张四维的借口，她本想干脆下一道旨意，强行罢免了张四维，但却遭到了意想不到的阻力。
这个阻力竟来自于李太后的“娘家人”，国舅李高，也即李太后的亲弟弟、万历皇帝的亲娘舅，据说为了张四维之事，这李高亲自进宫求见了姐姐，万般恳求，甚至撒泼使赖，扰得李太后心烦不已，心下十分为难，为了杨宁，她绝不甘心轻易放过张四维这等欲取杨宁性命的人，但自己娘家的亲弟弟的请求又不能置之不理，更何况这李太后非常的孝顺、对娘家人感情也非常深厚，与父亲武清伯李伟一样，自小就非常疼爱她这个年幼的弟弟，既然李高如此费心求情，李太后若是断然不理，自己父亲那里也交待不过去，因此，李太后是百般为难。
杨宁得知此事之后，自然一下便想到这张四维肯定是知道行刺自己的事情败露，生怕李太后追究，自然是托关系、找门路，希望能逃过一劫，通过其儿子张文康，自然就找上了这国舅李高的门上。
据说这李高与张文康、冯邦宁等一干纨绔子弟十分臭味相投，平日在京城里是招呼一帮狐朋狗友，寻欢作乐、为所欲为，闹得整个京城是乌烟瘴气，人人敢怒而不敢言，因为这帮子纨绔子弟的后台实在是太硬了！
这李高为人听说是既爱财、又好色，这次张四维父子想必也是下了血本，才激着李高在其姐姐面前使出如此大力气，百般求情苦恼，甚至抬出父亲武清伯李伟来压李太后。杨宁思虑过后，当即进宫求见了李太后，表示出了暂时放过张四维的意思，他不想让李太后为难，君子报仇，十年不晚，这张四维总也要落到自己手里的，到时候再收拾也不迟，这次掌握证据不够，确实也不是最佳机会。
对于杨宁的宽容和理解，李太后自然是感动非常，若不是万历及其它伺候奴才在场，只怕她对杨宁便又要投怀送抱了。
虽然卖了李高的面子，但李太后总是个凌厉泼辣的心性，岂能如此轻易便放过张四维，因此，朝廷一道圣旨下来，原“京城顺天府吏部侍郎张四维”，很快便成了“南京应天府礼部侍郎张四维”，并即刻赴任。
这一下，张四维便从京师大朝廷的显要大员变成了南京小朝廷冷衙门的闲散官，正可谓是从天上掉到了地下，也算是暂时出了一口李太后的恶气！
随着张本直的丢官去职、张四维的被贬，高拱在朝中培植的最后两棵大树被砍倒，而一大批张本直、张四维一系的小鱼小虾也被张居正趁机清理干净，朝廷上上下下已经难以再觅高胡子的“身影”，这代表着高拱一系彻底退出了历史舞台！
经过这一系列朝廷内外人员的调整与变动，新的势力格局逐渐变得清晰起来。