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高拱的一番口舌总算是没有白费，兵部不再执意要追究徐海叛军逃亡和聚众为匪的罪责，朱厚熜也不好过分强求他们，只得再度召见了陈东等人，先是为自己无法兑现先前赏赐的承诺而赔罪；接着便封授徐海为镇抚司千户、陈东、麻叶两人为副千户，其他各级头目分授百户以下官职，由徐海叙功举荐。
陈东等人情知自己犯下的罪行非同小可，自己猜度，能凭借今次义救百姓和万里报讯之功，得到朝廷的赦免已是天幸，根本没有奢求能给自己换来一官半职。此刻听到皇上赔罪，又御口亲封为镇抚司官职，等若恩准自己一干海寇集体加入皇上的亲兵锦衣卫，这是何等的信任与恩宠！那些纵横四海，向来自诩“天老大，爷爷老二”的海盗们都被震惊了，僵在那里，不知如何是好。一旁的高拱吓得面色惨白，不顾君前失仪，把喉咙都快咳破了，这才使得他们回过神来，赶紧跪地谢恩，矢志杀贼报国，不负浩荡天恩。朱厚熜大为欣喜，允诺“英雄莫问出处，只要能为国家建功立业，朕何吝封侯之赐！”
使大明王朝陷入了无比尴尬的境地，并且在朝野内外掀起一场空前激烈的争论的典恤荣王和招抚徐海这两件事情，在君臣的相互斗争、妥协下，总算是勉强找到不算圆满却能相互妥协的解决办法。兴师讨伐胆敢明犯大明天威的佛朗机人，以及追究那些畏惧佛朗机人兵势，驱逐大明海外侨胞的西番诸国的“从逆之罪”就正式摆上了朝廷的议事日程。
正所谓箭在弦上，不得不发，出兵平夷是毋庸质疑的。兵部遵上谕确定的总体战略中明确规定，远征军此次跨海远征，负有两大作战任务：一是歼灭佛朗机人和吕宋国联军，营救陷入夷人之手的海外侨胞，替身死异域的大明臣民百姓报仇雪恨；二是将佛朗机人驱逐出亚洲，重新确立大明王朝在亚洲的统治地位。
为了实现这一宏大的战略目标，朱厚熜已经驱赶着大明王朝勒紧裤腰带整饬武备、修造战船，做了多年的准备。尤其是废弛海禁几年来，通过锦衣卫和海商，布设起了遍布东南亚的海外情报网，并利用广大的身在异邦、心怀故国的大明海外侨胞，搜集到了大量关于佛朗机人和西番诸国的情报。据统计，佛朗机人驻守亚洲的兵力不过五千余人，连同从国内增援的三千人，不过区区八千余众，其中远征吕宋的有三千五百人，驻守马六甲城的有两千人，其余二千五百人分散驻扎在数十个西番小国的沿海战略要地，大部分充为佛朗机人商站的护卫，在个别已经屈服于他们兵威的国家如印度的古里等国，甚至建立了坚固军事据点。
因此，在歼灭佛朗机人和吕宋国联合舰队之后，大明远征军将会兵分两路，主力挥师南下，攻打佛朗机人设在马六甲的殖民基地，并帮助退守马来半岛中部的鏖内柔佛王朝复国，重建臣服于大明王朝的马六甲王国；一部折向西南，沿海岸线巡弋，逐一拔除佛朗机人设在其他西番诸国的军事据点，摧毁他们自殖民贸易网络。
东海舰队和海军陆战队总兵力接近五万人，除了留下一部近万人巡弋于山东至东南海域，防止倭寇死灰复燃之外，其余四万人全部投入此次跨海远征。抛开大明军队装备的优势不谈，只要东海舰队能在苏比克湾尽歼佛朗机人和吕宋国联军主力，以这样的兵力扫荡佛朗机人分散在沿海诸国的残余势力，应该说是绰绰有余，甚至有点牛刀杀鸡、以强凌弱。但是，兵部仍遵上谕，调禁军第一军、第二军各一个师从海路南下，驻扎宁波，准备在东海舰队歼灭佛朗机人舰队，取得绝对的制海权之后，投入第三阶段作战。
所谓第三阶段作战，那便是耀兵异域，扬大明之国威。说的直白一点，就是要严厉惩处那些胆敢伙同佛朗机人侵凌杀戮大明海外侨胞的吕宋、暹罗、安南等西番诸国；严正警告那些慑于佛朗机人兵威、心志动摇的大明藩属之国，巩固大明王朝经过明太祖朱元璋和明成祖朱棣两代开国雄主的不懈努力，建立起来的以中国为中心的东亚封贡体系。
元朝初年，凭借着蒙古铁骑天下无双的骑射本领，各大汗国在欧亚大陆纵横驰骋，许多曾经显赫一时的强大帝国如大宋、花刺子模等，或被亡国灭种，或俯首称臣。可是，威名赫赫的蒙古铁骑却在日本、安南、缅甸、占城、爪哇等几个当时还名不见经传的小国面前损兵折将、铩羽而归，不但被迫停下了征伐天下的脚步，还给自己埋下了衰败覆亡的巨大阴影。有鉴于此，明太祖朱元璋在钦定的《皇明祖训》中郑重告诫后世子孙：“四方诸夷皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供给，得其民不足以使令。若其不自揣量，来扰我边，则彼为不祥。彼既不为，而我兴兵轻犯，亦不祥也。吾恐后世子孙倚中国富强，贪一时战功，无故兴兵，杀伤人命，切记不可。但胡戎（指蒙古）与中国边镜密迩，累世战争，必选将练兵，时谨备之。”
《皇明祖训》上还载有明文：“今将不征诸国名列于后：
东北：朝鲜国；
正东偏北：日本国；
正南偏东：大琉球国，小琉球国；
西南：安南国、真腊国、暹罗国、占城国、苏门答腊国、西洋国、爪哇国、溢亨国、白花国、三佛齐国、渤泥国。”
之所以要将外国分为两类，一是保持睦邻友好交往的“不征之国”；二是需要提高警惕，谨慎防备的“敌国”，区别对待，确定不同的外交政策，是因为在朱元璋看来，中国是一个农耕为本的大国，幅员辽阔，人口众多，并不需要侵占更多的土地、俘获更多的劳动力；同时，工商业不发达，也不需要海外市场。而对外用兵不但要花钱，还要死人，打了胜仗“得其地不足以供给，得其民不足以使令”，等若没有什么好处；若是兵败，就更加划不来了。因此，这些国家只要愿做大明天朝上国的藩属，按期朝贡，就不能妄加刀兵。
对此，即便深感被束缚住了手脚，使他不能未雨绸缪地解决小日本和西方列强的后患，又不能高举正义大旗解放全世界被压迫的穷苦大众、维护世界和平的的朱厚熜，也不得不承认，朱元璋这个泥腿子拟定的外交政策，比其他朝代的那些雄心勃勃，恨不得把地球踩在脚下，把七大洲四大洋全都纳入帝国版图的开国皇帝进步多了。不过，对于日本，朱元璋亲加御批“虽朝实诈，暗通奸臣胡惟庸谋为不轨，故绝之”，却还是将其列入“不征之国”，就让朱厚熜觉得自己那个名义上的老祖宗实在是过于滥好人了。
《皇明祖训》上之所以只列出了十五不征之国，是因为明朝初年，朱元璋眼中的世界，也就是东亚和东南亚这么大的一块地盘，至于传说中的印度、波斯，似乎远在天边，大概也不会与中国兵戎相见。洪武之后的永乐年间，郑和七下西洋，引来了古里、阿丹、刺撒、木古都束等远在南亚、中东和东非的国家遣使来朝，一心要做“九州共主”的明成祖朱棣见到如此四夷宾服、万邦来朝的盛况，大为欢喜，也就不顾老爹朱元璋关于《皇明祖训》不许改易一字的遗训，又将那些国家列名其中，“十五不征之国”便成了如今的“三十不征之国”。
好在不论是“十五不征之国”，还是“三十不征之国”，前提都是“不为中国患”。那些被大明列为征伐对象的西番诸国，无不犯下了虐杀大明臣民百姓的滔天大罪。人命关天，杀人偿命便是亘古不移的至理，更何况惨死异域的人之中，还有不少藩王宗亲，虽说他们都是曾犯下谋逆大罪的去国罪人，毕竟是太祖血脉、天家枝叶，岂能容忍夷狄杀戮而置若罔闻？由翰林院恭撰、六部九卿集议、内阁学士斧正，再报经皇上御览定稿的讨夷檄文上说的明明白白：泱泱中华，礼仪之邦，历来奉行的是睦邻友好、薄来厚往的外交政策，怀仁义以化远人，厚恩赏以示羁縻，从不持强凌弱，妄加刀兵于异域番邦；但是，“天道好还，中国有必伸之理；人心效顺，匹夫无不报之仇！”胆敢明犯大明天威者，虽远必诛！
这篇义正辞严的讨夷檄文以及那些逃回国内的海外侨胞的血泪控诉，都被刊载于《民报》之上，公诸于众。《民报》原本就是翰林院和国子监联合开办，如今已与通政使司主办的邸报一样，俨然成为朝廷喉舌，遇有这等国之大事，自然谨遵圣谕，连篇累牍地刊登了不少达官显贵、士林名流撰写的悼亡或讨夷诗文，营造起了举国同悲、群情激愤的舆论氛围。在这种情势下，谁敢说皇上出兵惩诫西番诸国之举违反了明太祖朱元璋当年钦定《皇明祖训》？