至于民政方面，值得高兴的事也是层出不穷，其中更有两件，都是朱厚熜认为功在当代，利在千秋的大喜事。
一是嘉靖二十七年春节前年，首批冬运漕粮税银安然抵京，没有翻一条船，没有死一个人。朱厚熜高兴之余，下旨永久停止春秋季的漕运改为冬运，彻底废除了“春秋两季兑运漕粮”的祖制。
明成祖朱棣迁都北京之后，江南钱粮赋税就要分春秋两季，通过京杭大运河解运北京，供京师和北边官军之用。但解运漕粮之时恰逢大运河春洪秋汛，每年总有十余条槽船、数以百计的漕军殁于水患，损失漕粮少则十几万石，多则二三十万石，从来都没有如数收缴过。自嘉靖二十四年起，朝廷抄没了薛林义、陈以勤一干逆党要犯的家，手头上有点余钱，朱厚熜与户部尚书马宪成、工部尚书林之诠商议，拨出专款整修漕河，于江淮上游修建多处蓄洪湖泊船闸，一为防汛，二为调节水系，于冬季枯水季节开闸放水，保证漕船航行之必需水位，前后花了两、三百万两银子，经过三年整治，已初见成效。去年冬季，工部侍郎兼河道总督、河道整修工程总管尤嘉缘大胆奏请朝廷改春秋兑运为冬运。漕运关系国家命脉，朱厚熜当时实在是捏了一把汗，后来考虑到冬季是商业运输的淡季，如果能将漕粮运输改在冬季，可不在春秋旺季与民船争道，更加有利于南北交通和经济发展，就咬咬牙，准了尤嘉缘的奏。
说真的，自从漕船自江南起航以来，朱厚熜就一直没有安心睡过一天觉，每天到东暖阁的第一件事就是索要前日河道两岸官府的报告，连招嫔妃侍寝都没了兴趣，直到几百条漕船安然抵达京师，将一百六十万石漕粮运到通州军粮库，将四百一十五万两税银交到户部太仓，他才长长地出了一口气。
这么一件功在当代，利在千秋的大喜事当然少不了要给内阁和户工两部一应有功人员加官进爵、封妻荫子，朱厚熜不但为尤嘉缘加了从二品南京工部尚书衔，还报请朝廷为他的孀母封了一品诰命。尤嘉缘十分感激朝廷的恩典，过完春假就匆匆辞谢帝阕，直奔河南，那里正在紧锣密鼓地开展黄河治理工程，离不开他这个大明王朝当代第一大水利专家。
黄河是中华民族的母亲河，华夏文明最早的发源地就在黄河流域。可能是因为后世子孙让她很失望，她这个做母亲的就要时不时发点脾气，教训一下自己的孩子，因此成为了历朝历代政府最头疼的一件事情，而这一点，在以京杭大运河为生命线的明朝尤为明显。
当运河到洪泽湖时，就会遇到从安徽流来的淮河，淮河在运河的清口与黄河交汇，一旦遇到黄河涨水，就会堵塞河道，使运河无法通行，这是第一道难关。再往北走，当运河到达徐州的茶城之时，利用了黄河的一段河道作为运河，水丰之时会淹没漕船；枯水季节漕船又会搁浅，无法顺利到达京城，这里是第二道难关，也是最危险的关口。此外，因黄河每年有大量泥沙淤积，使开封以东河段经常决口泛滥或改道，不但给沿岸百姓生命财产安全造成极大的威胁，而且经常阻断京杭大运河的正常通航，将京畿及北方重镇与江南财赋重地之间的主要交通运输阻断。由于明朝的京城事实上处于国防第一线，一旦南方的钱粮不能顺利解送京城，不但关系到京畿及北方重镇官军百姓的温饱问题，而且直接影响国防安全。
因此，朱厚熜一方面责令北直隶和山东等北方诸省大力开荒垦殖，兴修水利，引种高产水稻、番薯等作物增加粮食产量，减少北方诸省对南方的依赖，减轻漕运压力；另一方面，在治理漕河的同时，又让黄河上游各地官府衙门于农闲之时，组织民夫分段整修河道，加固河堤，并大力植树造林，减少泥沙流入黄河。但是，这些都不是一朝一夕就能见到成效的措施，关键还是要尽快解决下游河沙淤积的问题。
朱厚熜隐约记得历史上黄河治沙一直采取加宽河道的作法，但成效不佳，后来明朝万历年间著名的水利专家潘季驯反其道而行，采取了收缩河道的作法，反倒把黄河给治好了，但这其中的道理何在，他却不清楚。在尤嘉缘辞别帝阙，奔赴黄河河南之时，他试着把这个想法跟尤嘉缘谈了一下，尤嘉缘皱着眉头想了半天，突然猛地一巴掌拍在大腿上，高声说妙啊！河道紧缩之后，水的流速势必加快，河水中裹带的大量泥沙也就不容易沉积下来了，会被直接冲到海里去；而且，原本泛滥的河道经过几年的淤积，肯定能得数万亩良田。皇上，你这“束水冲沙”的绝妙之法是从哪里来的？真是让人匪夷所思又茅塞顿开！说完之后，尤嘉缘才意识到自己在君前失仪，犯下了诛灭九族的大罪，吓得脸色都白了，慌忙跪在地上，重重地给朱厚熜磕了三个响头，口称微臣罪该万死，罪该万死。朱厚熜当然不好跟他说这是在你之后几十年出现的一位水利专家的治黄方法，可是我只知其然而不知其所以然，于是就故弄玄虚地拈须微笑，说尤部堂，法子朕是告诉你了，能不能把黄河给朕治住就看你的了，干好了这件差事，别说是加官进爵、封妻荫子，朕准许黄河两岸百姓给你建生祠，永享香火祭祀。尤嘉缘感动得声泪俱下，说吾皇圣明，黄河若不得大治，臣请皇上诛臣九族以报浩荡天恩。从东暖阁出来之后，尤嘉缘连家也不回，就出京城直奔治黄工地而去。
第二件大喜事是五月份内阁接到江南诸省和山东莱州知府胡宗宪奏报，江南诸省引种红薯，山东莱州引种玉米和红薯都喜获丰收，亩产虽然比不上广东、福建等地，但也远远高出谷黍麦豆等其他农作物的产量。
国以民为本，民以食为天，朱厚熜一直认为，中国的老百姓最是善良老实逆来顺受，只要不是被逼得活不下去，不起来反抗就会饿死，他们绝对不会聚众造反。到了明朝之后，他就一直想解决老百姓的温饱问题。可惜他不是农业科学家，不敢奢求能培育出高产水稻和小麦，只好把解决这一重大问题的希望寄托在了他所来的那个时空广泛栽种的三种重要农作物玉米、红薯和土豆之上。
玉米已经传到中国的南方一带，朱厚熜赶紧命人在江南诸省引种并逐步推广到北方。红薯和土豆却还没有传到中国，他就绘影画图，让汪直留心在东南亚一带寻找这两种“社稷重宝”。皇天不负苦心人，更不会负有心人，果然被汪直找到了灾荒之年救活了无数百姓，被老百姓亲切地称为“救命谷”的番薯。
为了稳妥起见，朱厚熜先让督办海市钦差大臣高拱在福建、广东一带小面积试种，没想到嘉靖二十五年头茬引种就大获丰收。朱厚熜大为高兴，特赐名曰“红薯”，一方面责令福建、广东、广西等省大面积推广种植，另一方面又命高拱在奉调回京的路途上，给应天府和浙江、湖广等省留下了大批红薯，在江南诸省试种，由福建、广东派出有经验的农民做技术员，向江南诸省百姓传授种植经验。此外，嘉靖二十五年秋，山东莱州遭了水灾，当地丧尽天良的官员隐瞒灾情不报，迟至次年三月份的会试大比才被新科进士杨继盛揭露了出来，其时已经误了春耕，朱厚熜将有在江南和北直隶两地组织百姓引种玉米经验的胡宗宪从顺天府大兴知县任上擢升为山东正四品莱州知府，即刻赴任，督促当地百姓引种玉米和红薯，尽快渡过饥荒之年。本是死马当活马医，反正要朝廷发赈救济灾民，就权当是种了一块试验田，没想到运气真是不错，头一茬就大获丰收。
不过，从各省报告的情况看，老百姓种植玉米和红薯的积极性也不都是很高，象应天府、浙江两省因为大部分稻田改种桑棉，老百姓就愿意多种产量高的番薯来当作搭配谷物的口粮；而素来有“湖广熟，天下足”美称的湖广等省田亩甚多，老百姓就要讲究个饮食习惯挑剔个食物口感，只是个别田地少、生活艰难的群众愿意种植。这也在情理之中，朱厚熜赶紧命内阁给各省下急递，绝对不允许他们用粗暴的行政干预迫使老百姓种植番薯，另外还让福建、广东的农民技术员移师河南、陕西、山西等黄河流域诸省和四川、广西等省，继续推广种植，准备用逐步推进的方法把番薯的种植区域扩展到全国。
贪心不足的朱厚熜此刻又在心里泛起了嘀咕：为什么西班牙那些万恶的殖民者还不把马铃薯也传到东南亚、传到中国来呢？那玩意适应性强，产量高，又不需要很肥沃的土地，能够生长在很恶劣的环境，在中国的大部分山区都能种植，在朕原来的那个时空，要找出没有种植马铃薯的省份都很难。要是能一次性地将这三大高产农作物在全国范围内全面推广，大明老百姓的吃饭问题就基本解决了！
你们如果再不把它传到东南亚的话，就别怪朕不客气了，朕说什么也要派人到美洲去一趟，为了马铃薯，朕不惜跟你们在美洲大打出手，顺便还能把受苦受难的拉美阶级兄弟解放了！
美洲还盛产黄金、白银，你们在东南亚买我们大明丝绸、瓷器和茶叶的白银大概都是从那里运来的，我们大明的海运能力也不弱，就不麻烦你们当运输大队长了……
美洲还有可可、咖啡……
哦，还有烟草……
好想抽根烟……