发行了一千万两的国库券，手里有了银子，朱厚熜的底气硬了许多，便责令内阁并六部有司，详细磋商并着速办理当前最为急迫的五大要务：
一是犒赏在北京保卫战中浴血奋战、守土卫国的全军将士，优抚伤员，为阵亡将士举行国葬并恩恤遗属，有功之人叙功论赏；
二是增兵守卫大同、真定（今河北正定）、保定、涿州（今河北涿县）、易州（今河北易县）等地，加派军士民夫整修山西至北京沿途城池关隘，派大将重兵驻守，严防鞑靼军队得知江南叛乱的消息之后趁火打劫，再度南下入侵；
三是责令各地官吏组织山西、河北并直隶诸府难民返乡，发给赈济口粮和越冬衣被，以借贷或租赁的形式为他们提供明年春耕所必需的种粮和农具，帮助他们恢复生产，并给房屋遭到损毁的百姓加发修缮费用；
四是妥善安置并赈济自江南逃难的百姓，务必不使一人冻饿而死。
五是加紧征募士卒，编练军队，做好平叛的各项准备。
说到征募士卒，此前兵部已从山西、河北逃难至京师的难民之中招募了十万新兵，使京城各军总兵力达到了三十多万。却因各边镇有军报呈递朝廷，声称鞑靼诸部虽已退兵出关，但仍聚集塞上，虎视眈眈，意图求贡不成还要再度入寇剽掠，朱厚熜不敢调动九边诸军南下平叛，只能依靠如今京城现有兵马，这些军队教之号称有八十万之众的江南叛军似乎过少，便又责令兵部从江南逃难的难民之中招募十万精壮男丁，并颁下恩旨，每位从征男子除了可领到十两银子、五石米的安家费之外，还授给官田二十亩，用以恩养优抚家属；所授之田效法各卫所军屯制度，由官府提供种子、农具，每年收项留足士卒薪饷，所余之产按半额起课征税；若是士卒为国捐躯，则除了朝廷例行的抚恤之外，所授之田永归其家所有，不必缴纳赋税，三代之后准许自行买卖。
应募从征，可以挣得薪饷养家糊口，如今朝廷又额外赏赐二十亩土地，一家老小的生活便更有了着落，这道恩旨得到了那些背井离乡逃难到北方的难民的热烈响应，踊跃报名从军者围满了朝廷设在各地的招募点，不数日就超额完成了招募任务。兵部遵上谕，将这二十万新兵打乱编入京师营团军和各省卫所军。如今除了调至大同及京师至大同沿途关隘卫所的兵士之外，京畿各大军营已聚集了近四十万大军，正在加紧训练之中，一俟朝廷颁下征讨江南反贼的王命，就要浩浩荡荡杀奔江南诸省戡乱平叛，将那帮辜恩背主、逆天行事的藩王宗室、勋贵官员擒获，献俘阙下。
薛林义等众多谋逆的公侯勋贵是世代簪缨之家，历年所受朝廷赐给的子粒田甚多，又或买或抢占有了大量的民田，如今被抄没了家产，朝廷所获田地多达五十万顷，足够分配给新招募的二十万士卒，但各地官府在发赈之后，却没有能力为他们及返乡的百姓提供明年春耕所必需的种粮和耕牛、农具。新任顺天府大兴知县的胡宗宪上疏朝廷，奏请朝廷下诏号召各地商贾富户和豪绅地主借贷银钱或实物给百姓，由官府作保，分三年偿还，利息由地主与农户协商酌定，但依据《大明律》之规定，最高不得超过三分，违者依律治罪。朱厚熜与内阁及户部各位大臣商议，一致认为这是一个好办法，既能解决眼下的困难，借贷所得利息又能使那些中小地主和商人一样得到一些甜头，有助于安定民心，恢复生产，便立即批红照准，颁行天下参照执行。
胡宗宪的上疏令朱厚熜又想起了一件事：到了明朝之后，他着意打听过三大高产农作物玉米、马铃薯和番薯，得知只有名为“番麦”的玉米已经自南洋传到中国，在广东、福建一带种植。为了尽快推广玉米种植，解决全国老百姓，尤其是北方山区百姓的吃饭问题；也为了给日后抗倭有功的胡宗宪创造升官的政绩，他曾让吕芳于嘉靖二十二年年初派出密使，让时任浙江省杭州府余姚知县的胡宗宪在江南引种番麦。胡宗宪虽然觉得此事甚为蹊跷，但也不敢忤逆镇抚司上差之命，遂在全县范围内试种，当年便喜获丰收。该年秋，胡宗宪将精选的番麦进献朝廷，朱厚熜龙颜大悦，责令内阁明发邸报表彰其功，并将番麦赐名“玉米”，下令在江南诸省大规模引种。其后因他身为九五之尊的皇上，要操心的事情实在太多，加之自嘉靖二十三年年初起，朝野上下就接连不断地闹起了新政之争，更引发了鞑靼虏贼兴师犯境，边镇大将投敌叛国这样的惊天巨变，搅得他终日不得安宁，心烦意乱之下，竟把这件天大的事给忘记了，至于江南诸省是否遵从上谕引种玉米，更是不得而知！
想起了此事，朱厚熜赶紧派人找出胡宗宪去年进贡的玉米，赐给胡宗宪，命已有组织百姓种植玉米经验的他在大兴县试种。好在胡宗宪进贡的玉米数量并不很多，倒也不必担心因气候差异导致引种失败，造成大面积农田绝收的问题。不过，为了日后能大规模推广种植，朱厚熜特地派人又向徽商集团追加了一条新的“考验”条件：尽力收购已改名为“玉米”的番麦。
徽商集团并不晓得皇上葫芦里到底卖的是什么药，他们只知道今年年初之时，江南诸省的确遵从朝廷之命，强迫百姓种植了大量的番麦，但因为饮食习惯的问题，除了少部分缺衣少食的贫苦百姓之外，江南中平之家农户并不拿皇上亲自赐名的“玉米”当日常主食，而是用于喂猪，想必江南叛军对此的控制也不会很严，相对于收购稻米等战略物资来说，收购玉米要打通的关节和要承担的风险小上许多，于是欣然接受了皇上追加的条件。
由此，又令朱厚熜想起了目前更为迫切的一个问题：粮食生产。
俗话说民以食为天，自古以来，北方就是缺粮之地，无法实现粮食的自给自足，尤其是自从明成祖朱棣迁都北京起，这个矛盾就更加突出，京城数万宫人、官吏和九边诸镇近百万将士所需粮食大部分都要靠南直隶、浙江、湖广等江南各产粮大省接济。江南叛乱之后，号称大明王朝“生命线”的漕运断绝，几个产粮大省每年数以千万石计的漕粮便没有指望了。虽眼下靠着历年所积下的军储，还能勉强支撑一年半载，但若是短时间内不能克复江南，只一个粮食问题就足以动摇朝廷的统治，甚至有亡国之虞！
考虑到目前绝对不能公开表示对于能否很快平定江南叛乱的担忧，朱厚熜以 “以粮为纲”为题，召集内阁，六部九卿及顺天府等衙门官员参加朝会，专题讨论粮食生产问题。
工部尚书林之诠率先提出了一个庞大的计划：综合治理黄河。
黄河是中华民族的母亲河，华夏文明最早的发源地就在黄河流域。可能是因为后世子孙让她很失望，她这个做母亲的时不时就要发点脾气，教训一下自己的孩子，因此黄河水患就成了历朝历代政府最头疼的一件事情。而这一点，在以京杭大运河为生命线的明朝尤为明显——因黄河每年有大量泥沙淤积，使开封以东河段经常决口泛滥或改道，不但给沿岸百姓生命财产安全造成极大的威胁，而且经常阻断京杭大运河的正常通航，将京畿及北方重镇与江南财赋重地之间的主要交通运输阻断，导致各种南方物资，尤其是粮食不能及时调运北方。
朱厚熜自去年年初起，便在下旨命工部分段治理漕河的同时，命西北诸省在黄河上游各地分段整修河道，加固河堤，并大力植树造林，减少泥沙流入黄河，但这些都不是一朝一夕能见成效的措施。因此，工部奏请朝廷恩准，利用大量江南流民涌入北方之际，采用“以工代赈”的方式，征调三十万民夫，彻底整修黄河下游地区。
林之诠表示，历史上黄河治沙一直采取加宽河道的作法，但成效不佳，工部各位水利专家经过严密的考察论证，认为河道紧缩之后，水的流速势必加快，河水中裹带的大量泥沙也就不容易沉积下来了，会被直接冲到海里去，因此，可反其道而行之，采取紧缩河道的方法，解决下游河沙淤积造成水患的致命问题。而且，原本泛滥的河道经过几年的淤积，可得数十万亩良田，每年所产粮食可达上百万石，当可缓解北方地区对南方产粮区的依赖。
尽管朱厚熜并不懂水利，但也明白这倒是一个两全其美、一劳永逸的办法，却不知道朝廷有没有这个能力兴起如此庞大的工程，便将征询的目光投向了刚刚伤愈复出的户部尚书马宪成。
马宪成当然明白皇上为何要看自己，扳着指头为皇上盘算了朝廷的家底之后，认为工部所奏请综合治理黄河一策功在当代，利在千秋，但工程浩大且旷日持久，已远远超出了朝廷目前财力物力所能承受的范围，因此，这一方略可成万世之功，却不能解一时之难，只能留待他日国家承平、富足之时再做论处，眼下朝廷还需另寻济时救难之策以解燃眉之急。
如同当头泼下了一盆冰水，心头刚刚泛起了一点希望的朱厚熜又皱起了眉头……