秦泰把供词交给冯保，冯保看了后直接宣布所有人全部抓起。为了防止他们自杀或者逃走，所有人全部绑成粽子后，嘴巴里面塞上布条，分别关押起来。那个都指挥使特殊对待，被冯保押进去好一阵毒打。见都指挥使老实了一点之后，逼问都指挥使工厂是谁写的，什么时候写的。都指挥使被冯保打怕了，只好一五一十说出来，唯一的要求就是要求冯保放过他的家人。这个都指挥使也是一个功勋后人，冯保不希望在这个时候树立太多的敌人，所以答应了。冯保是一个有身份的人，都指挥使相信了冯保的保证。都指挥使说出了大批人名，这些人都参与了这次计划。只不过孟冲很聪明，不但没有亲自出面，而且几乎一点线索也没有留下。虽然不能直接针对孟冲，借这个机会铲除孟冲这么多亲信也是好事。冯保这一次不但不用担心自己脑袋了，而且间接清除一大批隐藏的敌人，绝对是有赚无赔。至于擅自调动东厂的人对付锦衣卫的罪名，因为有了都指挥使的口供，就变成了冯保意外得知这个阴谋后，来不及请示只好直接动手了。李贵妃好张居正一定会全力帮自己说话的，孟冲也担心冯保不管不顾地针对他，自然不敢煽风点火了。高拱因为这件事情牵连到了谭纶，也不敢在里面做文章。特别是高拱知道太子对于国家的重要性，更加不会帮着对方说话。
当都指挥使等人的供词誊抄数份后分别送往御书房给隆庆皇帝、李贵妃、张居正、谭纶、孟冲、高拱等人。李贵妃当场砸了一只名贵的花瓶，叫来太子哭着去找陈皇后。张居正看了之后什么话也没有说，只不过开始写辞官奏折了。孟冲看了之后，不停地在他的住处走来走去。高拱看了后整个人直挺挺地倒地不起，醒来之后大骂这些事乱臣贼子。谭纶看了后直接跳了起来，不顾形象地指天骂地近一个时辰。而后犹豫了一下后，谭纶也提笔写起了辞官奏折。这时候李贵妃也拉着两个儿子跪在陈皇后面前，要求废了太子、王爷和贵妃名分，放她们母子三人离开。吓得一向胆小的陈皇后，连忙派人去请隆庆皇帝来坤宁宫。
隆庆皇帝来不及安抚李贵妃母子，乾清宫总管太监跑过来告诉隆庆皇帝一件大事。不，应该说是好几起大事。首先是内阁次辅张居正张大人跪地请辞，而后是内阁行走、兵部侍郎谭纶谭大人也请辞，后面是内阁首辅高拱高大人的请罪奏折还有告病书，接下来是其他内阁阁员集体请罪书，再下来是六部九卿御史台联合要求严肃处理锦衣卫诬告之罪。对于锦衣卫信口开河随意诬陷官员、内侍、皇亲、皇室、太子的事情，大家十分愤怒。更有人借着机会要求隆庆皇帝撤销锦衣卫和东厂。隆庆皇帝当然不会答应了，没有了锦衣卫和东厂，隆庆皇帝就成为了瞎子聋子，没牙的老虎，谁还会怕皇帝？可是外面群情激奋，大有官员集体罢朝闹事的可能。
本来这种事情一旦发生的话，首先会有内阁阁员出面却说大家，然后内阁汇合皇帝、司礼监集体商量这解决。如今内阁首辅高拱气病了，内阁次辅张居正请辞，其他的内阁阁员集体请罪，谁来劝说大家？司礼监孟冲躲起来了，冯保在外面没有回来，御马监不敢随意调兵。本来可以动用锦衣卫和东厂镇压闹事的官员，可是现在锦衣卫被东厂控制起来，为了镇压锦衣卫，东厂的人也敢不过来。守卫皇|宫的士兵们也开始蠢蠢欲动，因为他们希望还李贵妃和太子一个清白，他们不相信李贵妃和太子真的会针对隆庆皇帝。要是这件事情是锦衣卫诬陷的话，他们要求隆庆皇帝为李贵妃和太子报仇。本来可以给隆庆皇帝出主意的李贵妃，现在抱着两个孩子跪在地上哭得像一个泪人一样。隆庆皇帝真的不知道怎么办才好了。隆庆皇帝终于明白了当初秦泰抬着先皇灵位和画像逼宫，他父皇嘉靖皇帝朱厚是什么心情了。无奈、无力、无助、没有人真心帮助、苦恼、伤心、失望等等。
这时候冯保来了，他从皇|宫的一个侧门化装回到宫里。不但回来了，而且冯保给隆庆皇帝带来一个处理麻烦的办法。这个办法是秦泰在得知事情的发展后，告诉冯保的。冯保得知之后第一时间赶回来，告诉隆庆皇帝和李贵妃。隆庆皇帝催着冯保，要他马上把办法说出来。
冯保的办法，不，应该说是秦泰的办法其实很简单。第一，隆庆皇帝亲自下旨，为李贵妃、太子、张居正等人证明。他们不但没有过错而且是冤枉的。不久之后隆庆皇帝会补偿他们的，一定会还他们一个清白。第二，命令内阁马上但其内阁的责任，劝说官员不要做出过激的事情。要是处理不好的话，真的要怪罪他们内阁了。第三，就此事组建联合调查小组，内阁、司礼监联合调查。内阁和司礼监推荐调查组负责人名单，直接对隆庆皇帝本人负责。无论结果怎么样，一定不隐瞒地公告天下。隆庆皇帝会给与最合理的处理，绝对不会偏帮任何人。在事情没有弄清楚之前，严禁大家随意闹事或者谣传，不然视同同谋罪处理。
内阁马上开始工作，这种事情他们驾轻就熟，不久之后他们半劝说半威慑着把大家劝走了。隆庆皇帝第一次感觉到他真的离不开内阁，内阁对付官员真的有一套。他们不但有威信而且有手段，该劝说的劝说，不听的吓唬，真的不听话的直接抓起来。内阁大臣们不是这些官员的老师、师公，就是他们的长辈或者前辈，内阁阁员们以师长的身份对官员们打骂，官员们不敢还手也不敢不答应。
不久之后病中的高拱也被抬着来皇|宫，一场小型会议就在内阁值事房会议室召开了。左边是高拱为首的内阁阁员，一共四个人其中最年轻的是内阁次辅张居正。坐在对面的是司礼监五位，司礼监掌印太监孟冲，下首是四大司礼监秉笔太监，冯保坐在孟冲身边，证明他是当之无愧的司礼监第一秉笔太监。中间上首坐着三个人，就是隆庆皇帝、李贵妃和太子。这十二个人是大明最有权势的人，几乎所有的军国大事都由他们决定。
这一次开会只有一个目的，就是组建一个调查小组，尽快处理这件案子。只不过这件案子不但牵涉太广，而且负责人很难选。内阁的意思是高拱和张居正、谭纶牵连在里面，所以不好出面调查。李春芳手里的事情太多，只能兼任一个名义上的负责人。司礼监里面也不好选，冯保不放心孟冲，孟冲担心冯保借机会针对自己，其他的人也不愿意插手。最后经过推来推去，决定隆庆皇帝亲自担任主要负责人，李贵妃和太子为襄赞，孟冲、冯保、李春芳等人参与。可是实际负责人是谁，谁来实际调查这件案子呢？
这时候太子突然提出一个建议，这件案子不是牵连到了秦泰吗？不如让善于查案破案的秦泰主要实际负责调查好了。再说如今秦泰是专门查案的破案官员吗？这是他分内的事情。太子的话马上得到李贵妃的支持，随后张居正和谭纶也支持，冯保也点头表示同意。隆庆皇帝本来想反对的，可是看到亏欠的李贵妃和太子，就顺着他们母子的意思答应了。孟冲想反对又担心冯保和张居正针对自己，更担心把秦泰逼急了真的查自己麻烦，所以选择了不说话。就这样这件通天的大案，就落到了秦泰的肩上，成为秦泰重新出来后正式接手的第一件案子。为了防止有人捣乱或者不配合，李贵妃建议隆庆皇帝把金龙令重新赐给秦泰。有了金龙令在手，秦泰就不用担心任何人不配合他了。李贵妃的意思很清楚，胆敢诬陷她和儿子谋朝篡位，就是她一生最大的仇人，一定要把这伙人全部抓出来。孟冲暗自担心，千万不要被秦泰等人找到任何线索，不然的话十个孟冲也不够李贵妃杀的。
秦泰的结案令大家不解，秦泰并没有借题发挥，更没有落井下石。而是轻描淡写地处理了几个锦衣卫，并没有针对其他人。事后张居正第一时间暗中托人给秦泰一封信，表示赞成秦泰的结论。如今大家群情激奋，实在不能再火上浇油了。作为内阁次辅的张居正，为了能够顺利接班，必须要稳定。虽然秦泰的事情给了张居正机会，但是张居正不能太过分，也不能太霸道。为了将来能够坐上内阁首辅的位子，为了坐得更久远些，张居正也觉得这次还是不要闹得太大为好。张居正已经看出隆庆皇帝已经到了崩溃边缘，逼得太厉害的话什么事情都有可能发生。如今张居正需要一个可以掌控的局面，而不是一个多变的势态。