锦衣卫是大明特有的组织，起初是独立出来，有皇帝一个人管理的组织。据所有有记录的历史资料记载，锦衣卫的产生有这么几种说法。第一，战争孤儿说。据说当时大量的人员流失，许多的孩子因为战乱和灾荒，成为了孤儿。善良又有爱心的马皇后，不忍看见这些孩子这么自生自灭，所以瞒着丈夫朱元璋收留了下来。当时朱元璋还没有当皇帝，也没有什么地盘。为了这些孩子，马皇后省吃俭用，所有的努力全部用在了这些孩子身上。孩子们也把马皇后当做自己的母亲一样看待，从而发下誓言要回报马皇后。建国初期一些将领已经和朱元璋貌合神离，甚至于有人企图推翻刚建立的大明朝，取而代之自己当皇帝。为了丈夫，为了天下不再动荡，马皇后召集了已经长大的孩子们，要他们秘密出动，杀了心存不轨的大臣。同时监视和看管一些不稳定的大臣，一旦这些人准备联手的话，就地把所有的危机扼杀在萌芽状态。马皇后死后，朱元璋才知道这个组织，并觉得这个组织很好，就这么保留了下来。
第二种说法是烈士后代说。据说朱元璋投身红巾军之后，利用他的个人魅力，召集了一大批的生死兄弟。当时大多数的兄弟都没有成家，抱着险中求富贵的心态参军。他们的想法很简单，要么成功了将来发大财享富贵，要么失败了人头落地，大不了十八年后再来过好了。朱元璋为了控制和讨好大家，联合新婚不久的妻子马秀英，为大家张罗婚事。凡是战事间隙，或者是有空的时候，都会有一两个老部下成亲。这些人有了老婆，就不会在离开朱元璋。朱元璋带着兄弟在前线杀敌，马秀英带着各位夫人们在后方为丈夫们搞后勤。随着一个个老部下战死，这些老部下的孩子们成为了没爹的孩子。一些孩子的娘为了生活离开了，一些孩子的娘在马秀英的介绍下又嫁给了丈夫的战友。孩子们渐渐聚集在一起，平时由马秀英照顾。朱元璋在有空的时候也教孩子们一些军事知识，在他看来这些孩子才是最可以信任的子弟兵。渐渐地孩子们长大了，一些人投身了战场，成为了一个个小将军。但是更多的孩子失踪了，外人并不知道他们去了哪里。其实朱元璋把他们安排在秘密战线上，有的成为了商人，在敌占区做情报收集工作。有的留在军队里，用各种身份作掩护，监视着一些朱元璋不相信的将领。有的索性成为老百姓，混在老百姓里打探老百姓对大明军队的看法。一点那有人煽动大家，或者说不利于朱元璋的话，他们就会神不知鬼不觉地动手。后来朱元璋建国之后，继续沿用这些人。并把他们的后代也训练起来，成为了朱元璋一个人控制的秘密武装力量。知道洪武皇帝朱元璋晚年，大家才知道有这么一个神秘的组织。当时锦衣卫已经十分完善，人员也已经壮大到可以自成一个军的地步。朱元璋就把他们划为一个卫所，他们的首领正式成为上得了台面的政府官员，指挥使级别不高，但是锦衣卫指挥使的实权绝对不容小视。
第三种战犯说。据说锦衣卫的前身就敢死队，也就是一群本来要死的犯人。当时军阀割据的时候，朱元璋也不过是一个南方的小股势力。他不但要对付北方的蒙古人，更要和陈友谅、张士诚等人抢地盘。当时由于战乱和饥荒，各地治安特别的不好，到处都是杀人放火，抢劫的事情几乎不间断。朱元璋的军队比较守规矩，不但不欺负老百姓，而且还经常帮助当地老百姓。朱元璋曾经下过命令，凡是手下士兵抢劫或者霸占老百姓财物者，就地格杀绝不容情。但是随着军队士兵人数增加，总有一些人敢于铤而走险。一些犯了事的士兵，还有一些地方地痞流氓被集中起来，一起杀头也是为了杀一儆百。这种事情在当时经常可以看见，每每发生后，地方就会平静一段时间，不过不久之后又会发生相同的事情。有一次朱元璋亲自监斩，杀的是一批因为喝醉了酒做了荒唐事的士兵。因为打赢了一场大战，士兵们喝多了酒，几个人竟然欺负了一个女孩子。老百姓把他们告到了朱元璋的妻子马秀英那里，马秀英毫不容情地把这些士兵抓了起来，并宣布马上执行死刑。朱元璋刚好回来，他并没有阻止妻子，他知道马秀英做的没有错。害群之马危害很大，会使大量的老百姓和自己离心离德，到时候后悔就晚了。为了表示自己对这件事情的重视，朱元璋亲自监斩。没想到一个将要被斩首的士兵，竟然求朱元璋答应他一个要求。这个士兵十八岁就跟着朱元璋了，在战场上生里死里奋斗了好多年。他要求朱元璋让他死在战场上，最后为大家做点事情。这个士兵这么一说，其他的士兵也说出同样的要求，就连一些也要被一起杀头的流氓也这么说。朱元璋抱着一种试试看的心态，把这些死刑犯编在一个敢死队里，让他们冲在最前面，并嘱咐其他的士兵，他们一旦想逃或者想背叛的话，马上就地格杀。一场战役下来这些死刑犯几乎死了一半，到那会死他们的功劳特别大，他们几乎都是抱着必死的决心杀敌的。发现这个好处的朱元璋暗中大喜，秘密去牢房试探大家。没想到绝大多数的罪犯都愿意上战场杀敌。这些人并不是孬种，都是因为一时的冲动才犯了事，这些人已经很后悔了。当他们听说一旦上了战场，只要敢于和敌人拼命，杀一个敌人免死罪，杀两个敌人免于坐牢，杀三个敌人直接免罪的时候，大家都坐了起来。当朱元璋答应大家，杀敌越多奖赏越大，甚至于为他们解决将来生活问题的时候，几乎所有的罪犯都站了起来。就此这些罪犯摇身一变成为了敢死队队员，冲在战争的最前沿。建国后朱元璋还是套用这个方法，将一些死刑犯和重犯集中起来，一起洗脑后加以训练，把他们变成终于他一个人的奴才。这些人由于以前有不良记录，所以不被外人重视，更不能过上安定的生活，为了能活下去只好为朱元璋卖命。渐渐地这些流氓、杀人犯、叛国者家属等人发挥了意想不到的效果，利用旁门左道还有一些上不了台面的手段，完成了一个又一个不可能完成的任务。朱元璋不但利用他们的特长，而且要他们毫无保留地把所有特长交给更多的人。渐渐地一个神秘又令人防不胜防的组织成立了。他们好像一双看不见的眼睛，时时刻刻监视着所有的人。更像人的影子一样，若隐若现地跟在大家身后。一次几个大臣在一起打麻将，一边打麻将，一边议论着朝政。打着打着少了一张白板，大家当时并不在意。没想到第二天上朝的时候，朱元璋当场拿出了这张失踪的白板，吓得这几个大臣差点没有当场心脏病发作。从此这几个大臣不但不敢私下议论朝政，而且连在一起打麻将也不敢了。可见这些锦衣卫的厉害之处，也可见他们的本事和细心。
自从永乐皇帝朱棣晚年之后，下令从锦衣卫分出一部分人，成立由亲信太监主管的东厂之后。锦衣卫的权力其实渐渐小了许多，不久之后成为了皇帝下属的亲信太监所控制的一个衙门。虽然锦衣卫牌子老，根基比较深，但是并没有东厂风光。因为锦衣卫指挥使要求见皇帝，也必须通过太监禀报，得到皇帝允许才可以觐见皇帝。可是主管东厂的本身就是太监，而且是皇帝最亲信的太监。他们出入皇帝身边并不需要禀报，当然比锦衣卫更得皇帝欢心。所以锦衣卫和东厂之间的矛盾不断，但是并没有发生大规模的事件。
这种平衡在嘉靖皇帝朱厚在位初年的时候被彻底打破了。但是嘉靖皇帝朱厚属于没有根基的皇帝，无论是司礼监掌印太监也好，还是东厂提督也好，都不是嘉靖皇帝朱厚的人。这些人并没有完全把嘉靖皇帝朱厚当做自己主子一样看待，至少没有完全献出他们的忠心。为此嘉靖皇帝朱厚只好分而化之，利用亲信吕芳控制太监。但是吕芳年纪和资历都不够，所以不能当司礼监掌印太监，也不能当东厂提督。再说了嘉靖皇帝朱厚离不开吕芳，他觉得身边的太监宫女都不可信。所以他只好把另外一个亲信陆炳安排出去当锦衣卫指挥使，并默许陆炳壮大锦衣卫的实力，必要时可以和东厂的人较量一下。在皇宫里利用吕芳牵制当时的司礼监掌印太监，在外面用陆炳制衡东厂提督太监，给了嘉靖皇帝朱厚稳定大局的机会。从现在看来，但是嘉靖皇帝朱厚这步棋走对了，而且走得很好。不到十年的时间，陆炳不但控制和壮大了锦衣卫，而且使任何人不敢小瞧锦衣卫。吕芳更是挤走了司礼监掌印太监，自己当上了大内总管。后方稳定了，嘉靖皇帝朱厚终于可以对付朝中的大臣了，凡是和嘉靖皇帝朱厚唱反调的，不听嘉靖皇帝朱厚招呼的，不是下了大狱就是被贬到了地方，更有一些人被迫告老还乡。嘉靖皇帝朱厚只用了十二年的时间，就从一个什么也不是的外来户，所谓的一纸命令登基当皇帝的幸运儿，成为了一个完全掌控一切的皇帝，不得不说他有一定的本事。当然其中陆炳和吕芳的功劳也是很大的，外人可能不知道，但是嘉靖皇帝朱厚本人很清楚。