且说燃灯了却仓颉之事后，便离开了，继续四处游历。
造字乃是大功德，仓颉的事情，很快就被神农知道，想到自己的丹葯之学得以流传，神农欣喜非常，就亲自跑到有熊部落，与仓颉说那编书一事。神农为人皇，地位无比尊贵，且编辑草纲，乃是利民大业，仓颉如何不允？当下立马答应将编写百草经，及诸多炼丹之法。
轩辕听是人皇到来，倒是不敢怠慢，连忙出来相见。
两人想聊一阵后，神农顿时发现轩辕才学惊人，治理之道更胜于他，当下不由得见猎心喜，隐隐约约的透露出想将人皇之位传给他的意向。轩辕自拜广成子为师后，学的就是战阵治理之道，且颇有野心，此时听到神农有传位于他的意向，欣喜非常，便不再隐藏，将自身的才华展露出来。
神农见轩辕才华越高，就越对他满意，眼里尽是赞赏之色。
且说神农一心负责草葯，那青丘山近日市场有巫门遗族作乱，听訞心系本族，便回了青丘山，原本听訞想带精卫回去，但精卫坚持要等神农，听訞想这人皇之所，不会有人来捣乱，精卫留在这里也很放心，也不在意，就独自走了回去。
听訞走了以后，精卫等了数日，不见神农回来，独自一人颇为孤单无聊，就打算出去游玩。
想精卫平时非常乖巧听话，要出去游玩，倒也没有太多人阻止，很快就有在两个成人的陪同下，往外跑去。日子久了，众人见精卫没有跑多远，也就放心了，没有在派人跟着她。这日，精卫独自一人来到海边，见到一叶小舟，觉得好玩，就跑了上去，玩耍起来。
且说精卫在海上玩耍之时，大海突然一阵翻腾滚涌，一条小龙飞了出来，对着精卫怒斥道：“哪里来的小孩，竟敢在龙宫之上游玩！”
“我叫精卫，父亲乃是当今人皇，我在海上游玩，你又是谁？”精卫虽然人小，但此时却显示出与她身形不符的胆量来。
“我乃东海龙宫三太子敖丙，你在龙宫之上游玩，分明是不将我水族放在眼里，如今还敢顶撞，莫非想死不成？”敖丙身为龙王三太子，平素多少有些眼高于顶，虽然活了数百年，但是心智并不怎么成熟，如今一个小孩子都敢顶撞他，让他十分震怒！
“哼，不能玩就不能玩，我到别处去！”精卫划着小舟，往其他地方游去。
“岂有此理！”敖丙闻言大怒，伸手引来吹来一股飓风，将小舟吹到半空之上，随后再出现一波大浪，将小舟吞没。待海上恢复了平静后，敖丙突然想起神农乃圣人之徒，如今他将人皇的女儿给淹死了，恐怕是闯下大祸，左右一看无人，也不敢停留，连忙钻进海里，只留下一叶小舟，上面躺着精卫的尸体。
日光降落，黑夜之中，一束光线从天而降，照在精卫的尸体之上。
外出寻找精卫的人，很快就依照这条光线，找到了精卫的尸身。见到人皇之女死去，纷纷大惊失色。这时，上天降下紫罡之气，又有浓厚灵气从四面八方涌来，不停的往精卫的身体涌去，精卫得了紫罡灵气，身形逐渐改变，最后化作一只半人高的鸟。
“精卫，到底是谁将你害成这样？”众人虽然被精卫的变化给惊呆了，但在这仙神满地飞的时代，看到一些神奇的事情，也不会吓得四散奔逃，精卫变成这个样子，众人还是敢来询问。
巨鸟看着众人，哀鸣几声，随即振动翅膀，到路上抓起一块巨石，往海里扔去。见众人不解其意，精卫继续抓一巨石，往海里扔去，众人劝精卫回去，精卫摇头表示不肯，只是飞到陆地，抓取石头就往海里扔去，就这样不停的重复着。
这时，那立于虚空之上的燃灯，缓缓的将乾坤顶收了起来，看着不停投石的精卫，说道：“天道无常，总不能事事如意，我来之时，你已被毁。那敖丙气数未尽，非我所能杀的。如今能做的，就只这般。且先委屈你一些时日，待敖丙被杀之时，我自会让你一家团聚，不在分离。”
…
再说神农归来之时，正好听到精卫已经死去的消息，听訞知道了此事以后，责怪神农没有将精卫照顾好，就赌气回了青丘山。
神农心中有愧，精卫之死，又让他有些心灰意冷，便召集众人，决定退位。众人连忙劝阻，神农止住众人，就开口道：“有熊部落的族长轩辕，有大才，人族大兴，如今土德见长，可让他来继任，正好符合我人族发展之道。”
众人听了，自然不同意。
但神农坚持退位，最后双方达成协议，让轩辕上来试试看，如果能让他们满意，就让轩辕即位。于是，轩辕便出现在众人的视野。随后不久，轩辕以极好的表现，赢得了所有人的认同，很快便成就正式即位了，神农将百草纲和丹葯之术传下来后，便离开了。
神农天天护着那精卫鸟，开始东奔西走…
再说轩辕即位后，总结神农氏炎帝时代的农业生产经验，祭祀天地百神，划野分州，计田设井，教民因时播种五谷蔬菜，驯养畜禽。轩辕和他的臣下，有很多发明创造。传说他命大挠制定天干地支，用来计算年月日，从此中国有了年月日的计算，后人称之为“黄帝历”或者“黄历。”
而后，轩辕又命容成制作盖天（浑天仪之类），观察天象；使羲和占日，常仪占月，臾区占星宿；命隶首作算数，制定度量衡之制，用来计量物之轻重、长短、多寡；命仓颉完善文字；命宁封为陶正，制作釜、甑、碗、碟，进一步完备人们的饮食器物；命赤将为木正，共鼓、挥作弓，夷牟作矢，雍父作杵、臼；
继承发扬伏羲所传的音乐之道，命伶伦定律吕，将竹管截成十二个长短不同的竹段，按照声音的高下清浊分为十二个音阶，制成各种乐器；命荣猨铸十二钟，以和五音；命元妃嫘祖教民养蚕制丝，供作衣料；伯余制作衣裳和鞋子。
轩辕自己作冕垂旒充纩，定玄衣黄裳，于是衮冕衣服之制兴。兴建筑宫室，以避寒暑。与岐伯、雷公探讨医葯之学，将神农所留之术发扬广大。命俞跗、岐伯、雷公察明堂，究息脉；巫彭、桐君处方饵，防治疾病。
至此，人族又一次飞跃，神农让位之事，顿时成一段佳话。
轩辕为帝，是土德，土为黄色，故名黄帝。但三皇五帝未齐，人族尚未圆满，劫难自然要来。
那在偏远之地的九黎部落的强者蚩尤，觉得部落的生活太过清苦，人族弱小能占得福地，心里实在不平衡，最后忍耐不住爆发了，率领九黎族，在东方大肆征讨！