崇祯二年十二月京师一战之后，虽然大明朝廷元气大伤，不过满洲八旗也是损失惨重，双方都无力继续发动攻势，反倒形成了一段时间以来的太平局面。
趁着这段太平时光，崇祯皇帝抖擞起精神，又是重建山海关防线、又是组织赈济春荒、又是更换朝廷庸懦官员，天天忙得不亦乐乎。
虽然崇祯皇帝因为年纪尚轻、经验尚浅，有些措施急功近利了一些，故而未必面面俱到。可皇帝表现出来的，毕竟是一副锐意进取的形象，比起前任的万历、天启两位皇帝，可谓是云泥之别了。
看到崇祯皇帝忙得不亦乐乎，内阁首辅周延儒也总要勉励几句，行过大礼之后，便说道：“皇上励精图治，一扫数代之阴霾，这是好的，却也要注意节劳啊！”
崇祯皇帝一面在奏章之上批阅文字，一面头也不抬地说道：“朕知道爱卿也是一番好意，可朕现在年纪还轻，若不乘着年纪办一点事情，等到了老了之后，又哪有精力呢？”
周延儒手里还揣着一份重要的奏章，却不知应当如何同皇帝提起，只能又接着敷衍客气两句。
温体仁入阁之后，便处心积虑要将周延儒从内阁首辅的宝座上拉下来，见这是一个让他在皇帝面前出丑的好机会，便上前半步禀告道：“看到万岁这般劳神，臣等实在是不愿意来搅扰圣上。可臣等无能，周首辅手里正有一件大事，臣等不能自专，只能请皇上定夺。”
温体仁这句话似乎是在说内阁三位大臣不中用，实际上却是但指周延儒这个内阁首辅没本事，结结实实给他上了一通眼药。
周延儒不是笨人，却也一时半刻说不出什么应对之辞，只能老老实实将姬庆文的奏章拿了出来，递到崇祯皇帝面前，说道：“皇上，臣等深负圣望，南京城中竟发生了白莲教作乱这种骇人听闻的惨案。”
崇祯皇帝一听到“南京”、“白莲教”、“作乱”这几个关键词，顿觉事情不妙，立即抢过周延儒手中的奏章，不耐烦地阅读起来。
崇祯皇帝越看脸色越是难看，不过片刻功夫便已绷不住情绪，大骂道：“好个熊明遇，居然这样玩忽职守，弄出这种不体面的事情来，搞得中外震动，该杀、该杀！”
徐光启同姬庆文关系密切，遇到这种事情，反而要从反方面说上几句：“皇上，现在内阁收到的只有姬庆文一个人的奏章，不能仅凭他的一面之词，便判断是非曲直。”
崇
祯皇帝却道：“万余白莲教匪在南京城中作乱是真的。官军被杀了个一败涂地也是真的。输了之后不想到怎么补救，反而寻人抵罪，这也是真的。是熊明遇这厮再怎么样掩饰也无法否认的。”
其实这也是周延儒、温体仁、徐光启三位内阁大臣的意见，只是他们碍于身份，没法当着另外两人的面说出来而已。
于是首辅周延儒拱手道：“皇上，出了这等大事，除了亡羊补牢之外，责罚相应的官员也是惯例。只是熊明遇，还有韩赞周、刘孔昭都是资历深厚的大臣，怎样处置，臣等不能自专。不过臣建议，可以先等一等、瞧一瞧，看看熊明遇的奏章上来，再作论处不迟。”
熊明遇乃是东林党人，而首辅周延儒虽也同东林党关系密切，却不是同党，在熊明遇已犯了圣怒的前提下，周延儒能替他说上这几句好话，已是十分难得的了。
崇祯皇帝听了这句话，思考了一下，说道：“熊明遇这厮，难道还有脸上什么奏章么？”
温体仁已然揣摩出了崇祯皇帝的心意，再加上他素来被东林党人排斥，便说道：“皇上，姬庆文大人的奏章之中写得已是十分明确了，他既然已经做了嫁祸给杨展的准备，那他所上的奏章，也不过是避重就轻、推卸责任而已，其实并不值得信赖。”
崇祯皇帝听温体仁也支持自己的意见，便不再犹豫，说道：“看来熊明遇的奏章也不用再看了，像这等昏官，朕看留着也没有什么用，索性杀了算了。”
周延儒听崇祯皇帝态度坚决，便也不敢再出言顶撞，只能诺诺连声表示同意。
倒是徐光启老成了许多，又同时同姬庆文和东林党友善，说话便也中立客观了不少，说道：“圣上，白莲教自古以来就屡次作乱，事情虽大却并不足为奇。可是白莲教起事多在穷乡僻壤之中，这次选在南京城内，倒也确实少见。因此这件事情颇为诡异，恐怕另有隐情，老臣劝皇上暂且留下熊明遇一条性命，待事情查明真相之时，再另行处置不迟。”
徐光启这话说得算是很厚道了，也确实被崇祯皇帝听到了心里。
于是崇祯帝又思索了一下，说道：“无论其中有何蹊跷，反正熊明遇的官位是保不住了。这样，立即革除熊明遇一切本兼官职，立即锁拿进京，听候勘问。”
替皇帝拟旨是内阁的本分，听了皇帝的意思，自然由周延儒执笔，写好了诏书，又让在一旁伺候的司礼监掌印太监盖上
了玉玺，便派人送到锦衣卫指挥使骆养性那里，让他再派得力的锦衣卫，立即出发去南京抓人。
骆养性不敢怠慢，得了圣旨之后，便点起十个得力的锦衣卫，凭旨意去南京捉拿熊明遇这位兵部尚书。
熊明遇似乎早有准备，锦衣卫过来的时候并没有表现出多少慌张的情绪，反而十分淡定地收拾起行李，又同家人属下告别，这才跟着几个锦衣卫启程北上。
这几个锦衣卫看在熊明遇品级不低、年纪又大的份上，倒也还算客气，既没有动刑、也没有上枷，只让他自己走路也就是了。
没料到熊明遇从南京出发，只走到山东地界，便又接到了皇帝的旨意。
崇祯的新旨意十分简单，立即赐死熊明遇。
原来是熊明遇写的那道奏章被崇祯皇帝看到之后，非但没有开脱半点责任，反而起到了反作用。
让崇祯皇帝只留下了一句：“胡言乱语，妄图蒙蔽圣听”的评语，便问了个“欺君之罪”。
熊明遇犯了钦定的欺君之罪，那就自然再也没有多少可以保奏和挽救的余地，只由东林党中几个有头脸的官员出面，给熊明遇留下最后一丝的尊严和体面，求皇帝只用一条白绫便结果了熊明遇的性命。
处置了熊明遇之后，崇祯皇帝余怒未消，又接连下了好几道旨意。
首先发落的就是南京守备太监韩赞周、南京守备提督勋贵刘孔昭两个军事主官。原本按照崇祯皇帝的刻薄性格，这两位仁兄也至少是要罢官免职的，然而看在他们两个人一个是信王潜邸故人、一个是开国元勋之后的份上，崇祯皇帝只罚了他们两个各两年的俸禄，并戴罪立功。
其次南京一切有司官员全部降级罚俸，留原职继续处置白莲教逆案，若再发生什么不体面的事情，便要新账老账一起清算。
最倒霉的还是司礼监提督太监沈良佐，他原不过是路过南京城而已，却只因带领这两千京营官军在身边，而处置突发的白莲教叛乱并不得利，也跟着被罚了一年的俸禄。
比沈良佐更加倒霉的，则是京师营的几位负责练兵的军官，这几人被崇祯皇帝以京师营面对乌合之众的白莲教匪便败下阵来，显然是日常训练不利为由，全部罚俸一年、廷杖二十——不但赔了钱，就连白白嫩嫩的屁股都被打了个皮开肉绽。
只有被熊明遇陷害的杨展，崇祯皇帝是只字未提，就仿佛这个人压根就不存在。