在入侵木叶的一战中，大蛇丸的双手被三代火影拼死封印，无法结印使用忍术，身体也濒临崩溃，只能依靠药物缓解手臂腐烂的痛苦。他曾求助于曾经的同伴、当代医疗忍术最好的忍者纲手，以复活她的弟弟与爱人为条件，希望她给自己治疗，但纲手拒绝了。面对这个背叛木叶、杀死恩师的男人，她的眼里只有杀意。
两人间直接爆发了战斗，随后自来也赶到，曾经的木叶三忍，此刻已成宿敌。起初残疾的大蛇丸和晕血的纲手、被下药的自来也战了个旗鼓相当，但后来纲手克服了晕血的弱点，自来也也恢复了状态。尽管冒险通灵出暴躁的万蛇，但以一敌二，大蛇丸很快败走。此时他只剩一条路可走了，就是尽快进行转生仪式，获得新的身体。
大蛇丸原本将君麻吕视为自己的转生容器，作为大筒木后裔的辉夜一族幸存者，君麻吕拥有堪比千手一族的仙人体质，同时自愿献出身体，本是完美人选。可惜由于先天疾病，君麻吕活不了多久了，大蛇丸只好选择了宇智波佐助。现在他的身体已至极限，转生计划也不得不提前，于是派出音忍五人众，让他们立刻把佐助带来。
此时佐助刚刚见过鼬，复仇的欲望正盛，明知大蛇丸是想占有他的身体，他也在所不惜："现在的我和大蛇丸，都无法打败鼬。但如果把我的身体给大蛇丸，就能有足够的力量，这条命要多少给多少！"于是佐助主动跟着他们前往大蛇丸的据点。
但由于路上接连遭遇了木叶的特别上忍，以及鸣人、我爱罗小队的拦截，他们耽误了太长时间，大蛇丸残破的身体实在坚持不住了。结果等佐助姗姗来迟的时候，他已经转移到了临时选择的路人身上，转生术也进入了长达3年的冷却。好在大蛇丸不缺时间，为了美好的未来，他愿意等这三年。
三年过去了，大蛇丸把佐助视为下一个自己，自然是悉心培养，于此同时，也在关注着晓组织的动向。大蛇丸虽然曾是晓的成员，但从始至终都没有忠于过晓，甚至一直想灭了晓。依靠安插在蝎那里的双面间谍药师兜，他们将蝎引诱至天地桥，想要将其干掉，但大蛇丸万万没想到，就在数天前，蝎已经**掉了。直到兜发起偷袭，他们才发现，这个蝎是木叶忍者假扮的，而且来的人中还有九尾人柱力，鸣人。
大蛇丸饶有兴致的想测试一下鸣人的实力，看看三年来在自来也的教导下，他和佐助谁变得更强了。不过鸣人见到大蛇丸后怒不可遏，直接暴走，进入了四尾状态。四尾状态的鸣人已经没有了自我意识，连皮肤都被蒸发，已然是个小型九尾，之前自来也为了制服这个状态的鸣人，付出了不小的代价，而大蛇丸此时的状态并不好，虽然通过转生复原了双手，但忍术并没有恢复，通灵出的三重罗生门只能刚好偏移尾兽炮，草薙剑的攻击也无法刺破对方的外壳，临时过渡用的身体更是产生了排斥反应，大蛇丸只好撤退。
这时佐井出现在他面前，原来佐井是团藏的部下，此次与鸣人一同前来，是奉了团藏的密令，他带来了一份木叶暗部的详细资料作为见面礼，希望与大蛇丸联手再发动一次木叶入侵。大蛇丸没有明确表态，只是对兜说："把这些人做成暗杀名单。"这时鸣人等人跟踪过来，他们希望能够找到佐助。不过大蛇丸的据点复杂得像迷宫，他们只好先找到了佐井，在鸣人的嘴遁攻势下，团藏一手带大的佐井被感化，不但反手制服了兜，还帮他们找到了佐助。可惜佐助已经今非昔比，如果说以前还是天真的在友情与复仇间抉择，那么现在他已经彻底想通透了。他直接承认了与鸣人间的感情，并表示为了专注于复仇，今天就要斩断这羁绊。
九尾，十尾九只尾兽中查克拉能量最强大的尾兽。拥有十尾尾兽百分之五十左右的查克拉能量。在火影原创动漫中，九尾第一代人柱力为六道仙人，而后六道仙人的儿子阿修罗成为九尾人柱力。阿修罗之后，忍宗分裂成不同的家族，其中旋涡一族的族人继承了六道的查克拉，因此旋涡一族世代为九尾人柱力。每一代族人死亡之后，立即替换人柱力，将九尾一直囚禁到宇智波斑时代。
因此九尾既是九只尾兽中查克拉能量最多的一只，也是最痛恨人类的一只。因为九尾成长过程中，除了成长初期之外，根本就没有离开过人类，始终被人类所束缚。到了鸣人时代，鸣人出生的那一天。当带土将九尾放出来之后，九尾一看到人类就发动了最强的尾兽玉攻击。这个时候，继初代火影和二代火影之后的木叶第三位英雄就诞生了。
四代火影波风水门出场后，用旋涡一族最强封印术结合飞雷神之术将九尾的尾兽玉完全转移，再经过带土一战，方才回到九尾所在之处，对九尾展开封印。之后经过一系列苦战，九尾彻底的被封印，不过四代火影水门也丧生在了九尾的爪子之下。其实，关于九尾被封印的情节，很多人表示不理解。四代火影水门既然有能力将九尾的尾兽玉转移，那么一定有能力在九尾发动第二颗尾兽玉之前，在九尾的身上做好标记。然后用九尾的尾兽玉将九尾自己击成重伤，甚至彻底干掉分散成更小的查克拉都是有可能的。
但是波风水门却没有这么做，而是选择和妻子一块将九尾封印。主要有几个方面的原因。第一个原因是因为当时的木叶众人已经受到了九尾的侵袭，如果波风水门将尾兽玉引导向九尾，势必导致更大的毁灭。就算能够干掉九尾，木叶也因此毁了。然后，第二个原因就是动漫中讲的，带土入侵木叶，波风水门和带土一战，看到了带土身上的神奇能力。
因此波风水门已经预测到带土会再一次入侵木叶，当带土再一次入侵木叶的时候，如果木叶没有相应的抵挡措施，将会直接毁灭，无论偷袭还是运用武力，水门觉得带土应该都有这个能力。况且当时的第三次忍界大战刚刚结束，波风水门时刻感受到忍界的不安。为了保障忍界的安全，他选择将九尾封印入自己儿子体内，而不是干掉九尾
不过鸣人依旧是那个鸣人，不管佐助变成什么样，都要把他追回来。一个心如玄铁，一个天真烂漫，结果可想而知，鸣人等人面临了巨大危机。"该结束了！"说完，佐助做了一个麒麟的动作。
这时大蛇丸突然出现在他面前，抓住了他的手。
大蛇丸："别用那个术，佐助。"
兜："让木叶的这帮家伙活着，可以帮忙对付晓。"
佐助："真是个可笑的理由啊。"
不过佐助也没有多说什么，与他们一起离开了。而大蛇丸有着更重要的事要准备，那就是，夺取佐助的身体。
从十年前初次见识鼬的写轮眼，到三年前差点得到佐助的身体，大蛇丸等这一天已经很久了，宇智波的力量与大蛇丸的科技相结合，谁也不知道会产生多大的能量。
可惜事情并未如他所愿，此时的佐助已经不愿献出自己的身体了，"你已经没有什么可以教我的了，大蛇丸。你现在比我还要弱，所以我也没必要把身体给你了！"佐助认为，自己已经有了足够的力量，不需要依赖大蛇丸了，于是先发制人，突袭了大蛇丸的卧室。
的确，此时的大蛇丸油尽灯枯，佐助如日中天，不过老谋深算的大蛇丸又怎会料不到佐助的背叛？他直接化身为白磷大蛇，想要强行进行转生。虽然佐助轻易击碎了白磷大蛇，但蛇的毒液挥发到空气中，被佐助吸入，大蛇丸趁机将他吞噬。可是在转生仪式的最后阶段，大蛇丸体内的异空间里，佐助在即将被吞噬时，凭借bug一样的写轮眼，不讲道理的反噬了大蛇丸。
大蛇丸难以置信的说着："这不可能！"明明一切都在自己的计划内，结果却如此反转，在绝对的外挂面前，机关算尽仍旧无能为力。或许这里本该是大蛇丸的终点，习惯了背叛，最终却被人背叛；杀了自己的老师，最终也被徒弟杀死；为了科学，不顾一切，最终把自己送上绝路。
过岸本老师却没有让他退场，他的灵魂寄宿在留下的天之咒印中，分别是自己的两个徒弟佐助和红豆。佐助在之后与鼬的决战中，耗尽了全部查克拉，虚弱至极，被吞噬的大蛇丸趁机挣脱出来，直接使出了八岐之术。这应该是大蛇丸正面战斗力最强的一招了，可惜刚一登场，就遇上了须佐能乎。
不过即便如此，大蛇丸依然很自信，扬言要就此侵占佐助的身体，听到这话，鼬怒了，一剑刺向大蛇丸。大蛇丸冷笑着："这种程度的攻击就想干掉我吗？"不料话音未落，自己与整只八岐大蛇都被吸了进去，这是神器封印剑，十拳剑。鼬的须佐正是大蛇丸的克星。
尽管被封印前，大蛇丸还弄出了一个小蛇分身，但没溜多远，就被天照的余烬烧死，大蛇丸的此次复活没坚持过半集。
之后过了很久很久，200多集后，大蛇丸终**度复活。这段时间里，药师兜继承了他的一切，不但掌握了他毕生的研究成果，成为了第三个秽土转生的使用者，甚至还吸收了大蛇丸的遗体，进入仙地龙地洞，获得了连大蛇丸都没有开启的白蛇仙人模式。并且搜集到了包括宇智波斑在内众多顶级强者的遗体，制造了一支秽土转生大军，后与晓组织的幕后老大带土做交易，发动了第四次忍界大战。兜所做的这一切，恐怕换做大蛇丸本人也不过如此。
不过兜最终还是失败了，他用秽土转生复活了鼬，但鼬却通过别天神摆脱了控制，用伊邪那美将他击败，五万秽土转生大军顷刻间灰飞烟灭，鼬自己也因秽土转生解除而升天。
鼬离开后，佐助陷入了迷茫，究竟何为家族、何为村子、何为忍者？为什么鼬为了村子，不惜牺牲家族、牺牲自己？他想要弄清这些问题，来决定之后是摧毁木叶，替鼬报仇，还是继承鼬的意志，保护村子。而他想到的途径是直接问木叶村的创始人，初代火影千手柱间。
可是柱间不但已故，而且灵魂被尸鬼封尽封印，有能力解开封印，并使用秽土转生的人，佐助的认知里只有一个，那就是大蛇丸。作为亲身经历，佐助知道大蛇丸的灵魂寄宿在咒印里。恰好另一个天之咒印拥有者，红豆，就躺在这里，而融合了大蛇丸肉身的兜也在此地，条件都已具备。他从兜身上取得了大蛇丸的肉体，解开了红豆的咒印，让大蛇丸的灵魂与肉身结合，一举将其复活。
复活后的大蛇丸知晓了过往的一切，看着眼前的兜，他知道如果自己没死，自己的结果也是这样——穷尽一切努力后惨淡收场。大彻大悟中，他明白了火影故事里最重要的一个道理，"相信他人的力量"。
一个人的力量有限，即使借助于科学，即使获得了永恒的生命，也无法超越个人的极限，只有相信他人，为了目标共同努力，才能获得无穷无尽的力量，这可能就是大蛇丸找到的"真理"。
强悍如斑，想要独自改变世界，却被世界击败；智慧如鼬，想要独自背负黑暗，却让佐助陷入了更深的黑暗。鼬在秽土转生后明白了这个道理，开始相信佐助，并在升天前对他说："如果当初相信你的力量，而不是把你推开，或许宇智波的命运能够改变。"此时的大蛇丸也选择相信自己的徒弟佐助，尽自己所能的帮助他，想看看与他一起，能走多远。
于是在佐助的要求下，他按照卷轴上记载的尸鬼封尽解法，从漩涡一族的纳面堂找到了死神面具，召唤出死神，剖开他的肚子，释放了被封印其中的四位火影和自己双手的灵魂，并施展秽土转生，将他们复活。大蛇丸复活四位火影并不是为了木叶，而是为了回答佐助的问题，如果佐助不认同他们的答案，大蛇丸依然会跟着佐助摧毁木叶，依然是那个大反派，所以大蛇丸并非洗白，只是顿悟到新的境界了。
所幸佐助被初代说服，决定继承他哥的意志，保护木叶村，大蛇丸也得以加入主角的阵营，不但复活了四位火影，还救了濒死的纲手和当代五影，成为了第四次忍界大战中逆转战局，帮助联军取胜的英雄。
大战结束后，世界恢复了和平，由于大蛇丸在战时的杰出贡献，功过相抵，木叶方对他既往不咎，并把他作为珍贵的科技资源保护（软禁）起来，大蛇丸在村子的监视下，继续着他的研究。力量与永生，他都得到了，更进一步的追求，是创造出新的生命。
"创造生命"，听起来不难，但大蛇丸当然不屑用凡人的方式，而是要用科学，制造出完美的生命体。这个生命体将是大蛇丸美好理想的寄托，在诞生时就拥有完美的仙人模式，并按照自己的意志，在阳光下生活，他就是大蛇丸的儿子，博人的同伴，巳月。斑有多强，不是体现在他后期那一大堆的什么天碍震星啊须佐能乎啊轮墓边狱上，而是他刚出场时的那一段。面对五国联军，斑爷使用的忍术就两个，一个豪火灭却，一个豪火球。大段的体术，各式武器随拿随用，一骑当万无双割草。如果隐去宇智波斑的身份，把这段给层次低点的上忍，甚至中忍，都有可能给这个人一种错觉，既给哥一个写轮眼，我上我也行，毕竟这些都是最基础的体术，没有幻术精细，没有忍术绚烂，门槛相当低。但就是这种低门槛的体术，宇智波斑却以其大杀四方，不单单是靠写轮眼的洞察力，而是实实在在的天赋异禀和多年磨练，在战火和鲜血里淬炼出来的。
这一段里有个小细节我很喜欢，就是一个忍者朝正和人打着的斑扔了个带起爆符的苦无，当时斑正背对着他，这位忍者大概是想阴斑一把。然后呢，宇智波斑动作都没停，伸手一接，按照套路，接下去的发展一般是扔回苦无直取那个倒霉蛋的咽喉，这种手法经常总来凸现强者，在我国武侠剧仙侠剧等各种剧集中常有出现。斑确实把苦无扔回去了，但在扔之前，他把起爆符摘了下来，顺手"啪"地一贴，贴到了身边的一个忍者身上，然后一脚把人踢进人群里，然后才用苦无直取那个倒霉蛋的咽喉的。轻轻巧巧，伤害最大化，这是战场上锻炼出来的应变能力，而且是一个不排斥战斗，甚至可以说是享受战斗的人才会这样做，毕竟这种做法追求的对敌伤害最大化，而不是对己伤害最小化。在视觉效果上很有中国武术的感觉~
还记得斑爷一出场，立于高处往下打眼一望，说几个忍村都在嘛。说明木叶的发展也不是和平来的，各忍村刚成立的时候之间应该有过不少摩擦。柱间和斑应该也有过各自带队与之交战，也就是在这个时候，他和柱间真正的扬名忍界，所以能认出来服饰，但没两手，没法给他留下印象，比如土影老爷子，"咻"地飞起来，斑爷：哦，这是两天秤那小子。就这辈分，就这实力，就这么傲气！
斑爷还有一项能力很强，尤其是和主角比，那就是文化水平，鸣人嘴遁很是有名，但文化水平堪忧。斑爷，给我们的主角村起了木叶这个好名字，比起什么砂啊岩啊的，颇有意境，避免了火之国火之村火影这种尴尬的场面，尤其是放在国人角度：帝子降兮北渚，目眇眇兮愁予。袅袅兮秋风，洞庭波兮木叶下。是不是感觉很有意境，听起来就比其他村的LOW名字要高大上的多。
然后，我们需要讨论下斑爷和柱间之间的实力问题。千手之所以和宇智波多年争霸，就是因为两个天才——柱间和斑。这两个天才让本来略胜其他忍族的千手和宇智波变成忍界两极，之后互有胜负，这才会有这种景象。如果是单纯一边倒的情况，柱间也就不会选择和斑联手，也正是因为存在过互有输赢的情况下，才造成后期两人强强联手的结果。还有最重要的一点，斑和柱间所处于的实力等级是一个级别的，但是只有他们两才能做到逮谁打谁，逮谁骂谁。因为同样是影，但是，不是一个级别的。其他人都是弟弟~