皇权新旧交替的时候，最大的问题当然还是新领导班子之间的矛盾。
395年下半年，因为慕容垂刚死不久，后燕整体局势还算稳定，混乱在第二年正式爆发。
慕容垂的嫡长子慕容令，早在前秦时代就被王猛设计害死了，他和慕容宝都是已故段皇后的儿子，但慕容垂却更喜欢其他姬妾生的儿子，尤其以高阳王慕容隆和辽西王慕容农最得其欢心。
慕容宝刚被立为太子时，还有些自知之明，清楚自己的实力，一直谨小慎微，生怕落人口实，虽没有良好声誉，但官民们也挑不出什么毛病来，可是时间一长，慕容宝的位置已经稳固，渐渐现出原型，无论宫廷还是朝廷都对他非常失望。
小段皇后曾向慕容垂建议说：“太子如果生在太平盛世，足可以成为一个守成的君主，而今国家举步难艰，他恐怕不是济世之才，辽西王和高阳王两位亲王，都是陛下最贤能的儿子，最好在他们兄弟之中，遴选一人，把国家大业托付给他，赵王为人奸诈，且有背叛父兄的前科，和平时期或许仍能为国效力，但凡出现一丝混乱，必将成为国家的灾难，应该早日除掉。”
慕容垂倒真的听进去了，暗中开始谋划。
而慕容宝听闻这一消息，赶紧对慕容垂左右的侍从人员，进行好一番巴结拉拢，以致慕容垂听到的都是对慕容宝有利的评价，于是又认定这个太子聪明干练，所以当小段后再度提起此事，慕容垂半开玩笑地说：“爱妃你这是打算让我当姬诡诸啊。”
当年晋献公听信了妃妾骊姬的谗言，误杀太子姬申生。
小段后顿感悲愤不已，找到妹妹诉苦：“太子既无才，又无德，天下人都知道，我为了国家的前途，直言相谏，主上竟把我当成骊姬，我这是何苦！我看太子一定会丧失国家，而范阳王器宇不凡，如果燕国的福气还没有尽，莫非在范阳王身上。”
范阳王慕容德是小段后的妹夫。
慕容宝和慕容麟听到这些话，都对小段后怀恨在心，直到慕容宝登极称帝，慕容宝特意让慕容麟去当面挖苦她：“你常说主上守不住祖先的大业，现在守住守不住？你最好早日自裁，才能保住你们段家全族的性命！”
小段后怒道：“你们兄弟都敢逼杀继母，还谈什么守住守不住祖先大业！我岂是贪生怕死之人，只是忧虑国家不久就要灭亡！”说完撞墙自尽。
慕容麟吓得不轻，回去把经过报告给慕容宝，慕容宝虽也忍不住心跳加速，但毕竟是除掉了多年的仇敌。
几天后，慕容宝恨意又涌了上来，宣扬小段后阴谋废除嫡子正统，失去做母亲和皇后的立场，甚至不准备为她举行丧礼。
文武官员们多是见风使舵之人，纷纷表示赞成，只有立法院总立法长眭邃在金殿朝会时，提出了异议：“做儿子的，大义上不可废黜母亲，东汉王朝安思皇后阎氏，亲手把太子刘保贬成亲王，死后的牌位仍然进入皇家祭庙，共享香火，何况先皇后不过只是说了几句含糊不清的话，怎么能受此重罚。”
慕容麟私下里也劝慕容宝不要做得太绝了，慕容宝几经纠结才允许举行丧礼。
经过这么一闹，后燕朝野上下都对慕容宝心生怨恨，父亲刚死就开始找母亲的麻烦，就算是一个平民百姓，这么做都是丧尽天良的，更何况是君主。
但慕容宝却丝毫意识不到漫天的民愤，仍然我行我素，接下来更是为了一己私欲，而站到了所有士大夫的对立面。
6月，慕容宝下令划分知识分子、在职官员和离职仕绅的户籍，分别归入高阶层和低阶层，进行严格校正，并撤销军营包庇的户口，一律交还郡县政府。
如此一来，士大夫已享用多年的小利益遭到腰斩，怨恨之声不绝于耳。
这世上哪有那么多全心全意为人民服务，而不求自己半点好处的人，适当的收买才能换取全局稳定，这不是妥协，而是现实。
慕容宝轻描淡写间剥夺了大家的福利，给国库带来的收益或许不斐，但因此带来的问题却更大，士民离心离德，统治基础如果都崩塌了，再充盈的国库能什么益处。
逃到南方的平规，紧抓此次机会，再度集结残余党羽兵力，据守高唐反抗慕容家族。
慕容宝大手一挥，派高阳王慕容隆率军讨伐。
慕容隆曾在当地经营多年，百姓一向怀念他的恩惠，所以许多人不战而降，平规被迫放弃高唐，逃跑途中被擒获、斩首。
持续两朝的叛乱终于平息了，但更大规模的内乱却已悄悄展开。
慕容农在后燕初期，一副救世主的模样，但此刻也怂了，再无当年的风采，果然与什么人共事就有什么样的倾向。
平规之乱平息不久，慕容农率部数万人到并州接任并州州长，当地一向没有粮秣积蓄，本年降霜的日子又提前来临，庄稼受到极大损害，人民贫苦，无法供应这么多人的粮食，慕容农非但不表示体恤，反而派将领分别监视其他少数民族部落，竭力从民间搜刮军粮，于是汉人和其他民族，全都对他怨恨不已，许多人秘密前往北魏，请求归附。
兄弟间的矛盾和军民矛盾还不算，慕容宝在选立太子的问题也酿成灾难。
征北大将军、幽平二州州长、清河公慕容会，在弟兄群中，年纪最大，雄伟英俊，有器宇才能，慕容垂对这个孙子，十分喜爱，慕容宝率军讨伐北魏时，慕容垂还让慕容会负责管理太子宫，全权处理所有太子宫事务，对他的礼仪与太子完全相同。
之后慕容垂御驾亲征，又让慕容会镇守龙城，把国东北疆土全交给他，无论公爵府还是司令部、州政府，所有的官员都是第一流的人选，慕容垂甚至在病重时，还特别遗嘱慕容宝，一定要立慕容会为继承人。
但慕容宝却喜欢幼子、濮阳公慕容策，根本没有考虑过慕容会，可是慕容策本年只有11岁，慕容会却已是24岁的成年人了，各自的反应显然有着天壤之别。
长乐公慕容盛与慕容会同岁，不愿当他的臣下，于是和慕容麟一同劝告慕容宝封慕容策为太子，慕容宝再顺水推舟地于8月4日，正式下诏，立妃段氏为皇后，慕容策为皇太子，慕容会和慕容盛都晋封亲王。
慕容会对此大为怨恨，开始有意无意地与朝廷对抗。
9月，章武王慕容庙护送慕容垂和成哀皇后段元妃的灵柩到龙城的宣平陵安葬，慕容宝下诏给慕容庙，让他把高阳王慕容隆的幕僚官员，以及全部属家眷，全都接回中山，慕容会对这项诏书阳奉阴违，留下很多慕容隆的幕僚部属，不放他们回京，而且找到机会，就羞辱慕容宙这位叔祖父，丝毫不把司马宝的政令当回事。
所有这些明的暗的混乱因子，随着北魏的入侵，全都爆发出来，最终把后燕推到了覆灭的边缘。
(本章完)