从性格来看，即便当年王猛追随桓温南下，但二人也未必能取得多大成就，桓温终究过于纠结。
抛开身上贴的标签，苻坚是个名符其实的好人，而桓温也不算坏，但问题就在于此，既好得不彻底，又坏得不彻底，且时常在好坏之间摇摆，难以定性，所以终究成不了慕容恪那样的举世良臣，也当不上石勒一类的傲世枭雄。
然而他做的努力却并不比慕容恪少，也不比石勒逊色到哪里去，只是性格决定命运，使他难有大的突破。
简文帝司马昱登极之后，曾几次三番邀请桓温入朝辅政，出任丞相，但桓温担心被别人说是包藏祸心，于是为了顾全可怜的名声，执意拒绝任命，坚持驻扎在基地姑孰。
当然桓温的威望并不会因此打折扣，掌管举**权，又有累年的战功，东晋的文武官员无人能挑战其权威，甚至他的智囊郗超也因为有这样的后台，而成了百官追捧的对象。
时任高级咨询官的谢安就曾力邀首都东区卫戍司令官王坦之，一起前往拜访郗超，但因为求见的人太多，等到天色很晚了，仍然轮不到接见。王坦之本就不想做这种没有节操的事，于是非常生气，打算拔腿就走，谢安为了避免自己见郗超，过于尴尬，赶忙拦住王坦之，说道：“你就不能为了保命再多忍一忍！”
他二人是儿女亲家，谢安的女儿嫁给了王坦之的儿子王国宝，起初结姻当然因为对方的家世背景，但经此之后，王坦之对谢安越发瞧不起，二人也渐行渐远。
虽不想落人口实，但桓温倒也不是一点努力也不做，为防止司马奕卷土重来，于371年底再度出击，贬他为海西县公。
司马奕被吓怕了，唯恐大难临头，一味饮酒，沉湎酒色，生下儿子也不敢养育，即行掐死，世人都对他十分怜悯，桓温得知后也十分动容，不再赶尽杀绝。
372年6月，被贬的司马奕一度还成了反对派打出的旗号，逃亡的庾氏家族庾希及弟弟庾邈，联合青州督导官武沈的儿子武遵，集结武装部队深夜攻入京口，庾希对大家宣称，接到司马奕密令，要诛杀桓温。
镇守京口的晋陵郡长、大忠臣卞壸的儿子卞眈翻墙逃走，投奔曲阿，然后征集附近各县武装部队二千人攻击庾希，庾希战败紧闭京口城门自守。
这种小打小闹并不稀奇，桓温只派武海郡长周少孙前往讨伐，没几天就攻陷京口，并生擒庾希和庾邈，以及他们的党羽，全部诛杀。
经过接连不断的变故，司马昱身心俱疲，紧急召见桓温来京，商讨身后之事。
但接连收到四道诏书，桓温却仍旧不肯动身，天真地想以退为进，坐等司马昱临终禅位给自己，那样也不失忠良之名，省得有人说三道四。
然而建康城中可不只有司马昱，王谢家族就一直在旁垂涎权柄，他们固然不会夺取皇位，但东晋的权臣实际上向来都比皇帝更有力量。
7月28日，司马昱自觉大限已到，却仍不见桓温来朝，只得写下遗诏说：“最高指挥官桓温可依照姬旦当摄政王的前例，处理公务，孩子能辅佐就辅佐，不能辅佐，就取而代之。”
王坦之手拿诏书进宫，并在司马昱面前撕毁，司马昱有气无力地问：“天下是意料之外得到的东西，你何必不满意？”
司马昱是王坦之的堂妹夫，王坦之因此才敢这么肆无忌惮，当面反驳说：“天下是宣帝元帝的天下，陛下怎么可以专断独行。”
司马昱歉然说道：“那依你看，应该怎么办？”
王坦之于是当场把遗诏改写成：“家国大事完全秉承最高指挥官的意思行事，依照诸葛亮和王导的先例。”
司马昱已是将死之人，对这些也不那么在乎了，点了点头，很快就永远地闭上了双眼，享年53岁。
文武官员都心情疑惧，不敢立继承人，甚至有人说要等桓温来决定，王彪之说：“天子逝世，太子即位，最高指挥官怎么会有异议？如果先行请示，恐怕反而会受到他的责备。”
大家最终议定，由太子司马昌明即位，大赦天下，司马昌明即孝武帝。
褚蒜子认为司马昌明还小，又在为父服丧期间，不能说话，准备下令桓温依照姬旦出任摄政王的前例，接管政务，诏书已经写好了，王彪之却说：“这是一件非常大事，最高指挥官一定辞让，反而使朝廷的运转功能完全停顿，先帝灵柩的安葬日期也会拖延搁置，不敢接受这项命令，恭敬封还。”
褚蒜子这才意识到风向的变化，于是听从王彪之的安排。
桓温得知司马昌明已经即位，顿时悔恨不已，写信给弟弟桓冲抱怨说：“遗诏只让我当诸葛亮、王导罢了，真是岂有此理。”但仔细一品味，便疑心是王谢在背后捣鬼。
但木已成舟，桓温也无计可施，若要执意掌权，除非发动政变，而那是他死都不会做的事情，所以桓温时代终结。
几天后，新皇帝司马昌明让谢安征召桓温入京辅政，桓温再度拒绝，而且这次是真心拒绝，此时入京已没有半点好处了，徒添烦恼。
王谢家族这招釜底抽薪，如同当头一棒，让桓温毫无还手之力，而究其根源，桓温其实自做自受，怪不得任何人，心里想吃，嘴上却说不吃，就差那么一点点。
373年2月，桓温已避无可避，按照规定也该当向新皇帝请安了，司马昌明下诏让政府文官部长谢安和高级咨询官王坦之前往新亭迎接。
当时京师谣言说桓温要杀谢安和王坦之，桓温所到之处，文武百官全都跪倒两旁，静观其变，桓温就在森严戒备之下，接见各级官员。
谢安已今非昔比，既已掌管权力中枢，也便不再像以前那样满脸的谄媚，而且料定桓温不可能对自己狠下杀手，开始肆无忌惮地嘲讽桓温：“我曾听说封国国君有恩德于民时，应防止四方入侵，如此看来，明公似乎用不着在墙后埋伏人马。”
桓温早知他的为人，倒也不以为意，声称是部下忠心，自发如此，不得已罢了，于是让戒备解除，再和百官交谈。
为了洞察王谢的阴谋，在接见谢安和王坦之时，桓温特意让郗超躲在帷帐里窃听，不想忽然刮起了一阵风把帷帐一角掀起，郗超曝光人前，谢安放声笑道：“郗先生可真是入幕之宾啊！”
桓温顿觉尴尬，也不再留心朝廷，在建康待了半个月后，便重回到驻地姑孰，积郁成疾，不久便病倒了。
料想时日无多，桓温想让朝廷加九锡，也算了却毕生心愿。
加九锡本身没什么实质影响，而且桓温多年的功勋，受点表彰也无可厚非，褚蒜子甚至已让家袁宏起草了加九锡的诏书，但谢安却执意选择落井下石，压着诏书不放，一直到桓温的死讯传开。
7月14日，东晋最高指挥官、南郡公桓温在憾然离世，享年62岁。
(本章完)