在三桂的极力要求强调下，他的登基大典搞得极为简单，将其中很多繁琐的礼节都略去了。虽然有几位老臣认为这样不符合祖宗礼法，但在三桂的一言九鼎下，他们的声音简直可以忽略不计。不过在国号和年号的问题上，文武百官还是讨论了良久。有的认为为了体现新政的新意，应该取消大明的国号而采取一个新的国号。再说三桂也不是朱氏子孙，采取新的国号将与原来的明朝有很明显的区别。而三桂也可以作为新朝的开国之主来号令激励天下。但这种提法也遭到了不少老臣的反对，他们认为虽然三桂不是朱氏子孙，但毕竟也算是皇亲国戚，继续沿用大明的国号能够更体现出三桂对大明的忠心。而继续沿用大明的国号也能够起到稳定人心的作用，使天下不至于产生动荡。
这两帮人马在这个问题上争论不休，到了最后纷纷吵了起来，甚至险些缠斗在一起。一直闹到了三桂面前，结果被三桂大手一挥，气宇轩昂的道：“五湖四海，大江南北，不论民族，都乃是我中华儿女。先前的秦、汉、晋、唐、宋、元、明等国号早已不适应如今的国情。而今蒙古、满洲、朝鲜俱都属于我中华的天下，因此再沿用大明的国号明显不合适。而另立新的国号也难以体现出华夏大一统的趋势。因此从今往后，我堂堂的中国再也不采用国号、年号这一传统，而是统一称之为中华帝国。至于年号，为了能够和整个世界接轨，统一采用公元历年，也就是从今年开始，沿用世界纪年公元1659年。以后为了清晰明确，不再采用先前的年号之分。而本王将作为中华帝国的首任皇帝出席登基仪式！”
这两帮争论的人们都被三桂的一番话给震懵了，没想到三桂不但没有采取任何一方的意见，反而推出了自己的一套理论。不过他们心中都清楚，这是三桂为了体现出自己有别于先朝所搞得独特举动，不但为了标新立异，也为了使自己这个皇帝与众不同，就像当年的秦始皇一样，独创出皇帝这个词汇。而今三桂也玩儿了这一手，创立出中华帝国这一新的词汇。不过几千年来虽然国号更替不断，但国家始终都是中国而不假。如今统一采用中华帝国，也更能体现出大一统的趋势来，如此也能证明三桂的这一举动并非是轻易的决定，而是经过深思熟虑的。至于年号一事，既然连国号都已没有了，年号当然也没有存在的必要。只不过这些人认为三桂和西方世界接轨，采用公元纪年1659年有些不妥。我中华帝国乃是泱泱大国，岂能效仿西方诸小国？应该重新从元年开始计算年份，不过在三桂的强力主张下，这个提议只是稍微提了一下便被三桂所否决。
就这样，在公元1659年9月，三桂出席了登基大典，正式成为中华帝国的首任皇帝。并从即日起昭告天下，宣示大明王朝不复存在，从今往后将是中华帝国的天下，而年份也正式从公元1659年开始计算。
接下来，三桂开始大宴群臣，并逐一进行论功行赏。由于多年来朝政一直为三桂所把持，所有重要的职务本身就由他所看重的人选及亲信所担任，因此此次只是根据他自己的意愿将军队的势力做了一番新的规划。其中全国共拥有骑兵、步兵及水兵一百万人，除去南洋舰队和北洋舰队各十万人，还有八十万人的马步兵。被三桂在全国分为八大军区，设立蒙古军区，以哈衣侬为元帅，统兵十万负责蒙古、新疆及满洲的军务。设立广东军区，以许俊封为元帅，统兵十万负责广东、南海、福建的军务。设立荆楚军区，以王大力为元帅，统兵十万负责湖南及湖北的军务。设立南京军区，以钱招进为元帅，统兵十万负责江苏、浙江及安徽的军务。设立鲁豫军区，以赵梦林为元帅，统兵十万负责山东、河南及江西的军务。设立西南军区，以李福兴为元帅，统兵十万负责四川、宁夏及西藏的军务。设立西北军区，以李文杰为元帅，统兵十万负责陕西、山西及甘肃的军务。设立东北军区，以韩跃天为元帅，统兵十万负责河北、辽东及朝鲜的军务。除了这八大军区外，还有北洋舰队十万人，由毛文龙之女毛东珠为元帅，驻扎在辽东、天津及威海海域。负责北方的海防。南洋舰队十万人，由郑成功为元帅，驻扎在南海、上海及杭州，负责南方的海防。至此，整个中华帝国的陆、海防俱都被这一百万军队所牢牢镇守，整个天下呈现出千年难遇的和平景象。
三桂登基为帝后，首先册封自己的义子周天峰为禁卫军大统领，负责京城与皇宫的安全。接着又封皇长子吴间道为唐王，封皇次子吴间庙为宋王，封华莎郡主为明珠公主，封王妃长平公主为贤通皇后，并命二子一女亲自前往蓟州盘山白云庵中迎接皇后回宫。
但此时长平公主早已在白云庵中出家为尼，法号九难。对自己被册封为皇后一事只是淡淡的一笑，根本就没有将这虚名放在心上。只是叮嘱三人好生做人，日后无论是谁做了皇帝，都要善待天下的百姓。对于被册封为后一事则坚决不受，使得三人没有办法，只得无功而返。
至于退位的钟毓帝，三桂则封他为长乐王。并在他本人的要求下，特意在蓟州盘山之上为他修建了一座气势恢宏的长乐王府。使他能够在此安居乐业，并能与长平公主为邻，时时享受到家庭之乐。不过要在一座山上建造宏大的长乐王府并非一朝一日所能完成，在这段时日内三桂将自己原先居住的蓟王府腾给了钟毓帝居住。这座府邸原本就是崇祯帝身为信王之时的王府，钟毓帝很小的时候就一直在此居住。因此对这里倒并不陌生，相反还有一种异常的亲切感。因此钟毓帝很痛快的便答应暂时先住在这里。
可是天有不测风云，就在蓟州盘山之上的长乐王府即将完工的时候，一场突如其来的大火将整个蓟王府焚毁了个干干净净。硕大的府邸一夜之间便被夷为平地，成为了散落一地的焦瓦碎片。不但如此，就连紧挨着王府的其他人家也都未能幸免。
此次突如其来的大火共造成了一百余人遇难，其中就包括了刚刚退位不久的钟毓帝在内。消息传到宫廷，三桂皇帝龙颜大怒，命令工部、刑部立即对此事进行彻查。查明原因后速速上奏。
工部、刑部接到圣旨后不敢怠慢，立即组织大量的人力、物力对此次突如其来的大火进行严密查访。经过一个多月的仔细认真清查，终于得出了结果，事情的起因是当日深夜起了一阵怪风，将悬挂于王府内的风灯吹落，落地四溅的火星引燃了柴棚的木柴，从而将整个火势点燃，造成了这场巨大的灾难。这个结果一直上奏到三桂的面前，三桂见查明了事情的原因也就没有再说什么，只是再三强调京城的各府各院和各家各户今后要严密防范火灾的发生。并且对钟毓帝惨遭横祸一事表示出莫大的哀痛，要求朝廷按照皇帝的规格将其隆重安葬。随后此事也就不了了之了。不过明眼人都知道，这场突入其来的大火绝对出现的不是偶然，但如今都知道是三桂当政，况且钟毓帝这么多年来一直都是以残疾之身的傀儡身份出现在人们的面前，因此对于他的突然横死倒没有表示出多大的震惊。京城的百姓对此事也就仅仅谈论了几日就都过去了，而朝中的文武官员则对此事更是闭口不谈。
当身在蓟州盘山白云庵的九难师太闻知钟毓帝突然葬身于一场莫名其妙的大火中时，立即联想到这定是三桂耍的奸谋。目的当然是为了这么多年来钟毓帝迟迟不肯将帝位禅让给他而实行的报复行动。她虽然痛哭流涕，心中对三桂万分怨恨，但却并未采取任何行动。一方面她如今已经是方外之人，对外界的俗事不宜再出头露面。另一方面她也深深的知道，就算她找到京城、朝廷甚至皇宫之内，其所起的作用也是微乎其微。而今三桂已经成为名副其实的皇帝，要想动其分毫简直是谈何容易！更何况钟毓帝已经身死，就算再采取过激的举动也无法将其性命挽回。因此九难师太得知这个噩耗之后，只能把对三桂的仇恨深深记在心里。
公元1660年，三桂在即位半年之后，开始对中华帝国的各项制度实施全面的变革。
首先，他要求中华帝国作为东方地域最广、人口最多、实力最大的泱泱大国，应该拥有属于自己的国旗、国歌，军旗和军歌。一方面可以提升作为大国自身的形象，另一方面也可以增强国人的自豪感和凝聚力。这项提议虽然比较新颖别致，但众人都深觉有理，因此在朝堂之上一经提出，立即获得满朝文武的赞同。因此，这项圣旨便以法令的形式颁布，并在全国范围内征集建议。很快便收到来自全国各地各式各样的征集建议。三桂与一众朝臣经过多方筛选，仔细斟酌，经过足足几个月的精挑细选，最终确认了中华帝国的国旗、军旗，国歌和军歌。
国旗的颜色是通体红色，代表了中华帝国乃是由全国人民的代代鲜血铸就而成。正中间是一条金黄色的腾飞之龙，代表了中华帝国的最高统治者皇帝。四周则是五十六颗白色的五角星衬托在一起，代表了中华民族的五十六个民族。军旗与国旗的样式相仿，颜色也是通体红色，正中间是一条金黄色的腾飞之龙。只不过四周则是由十颗五角星衬托在一起，代表了中华帝国的八大军区和两只舰队。其中两颗五角星是海蓝色，代表了南洋舰队和北洋舰队。余下八颗五角星则是土绿色，代表了中华帝国的八大军区。这国旗和军旗一经确定，三桂立即拟了一道圣旨，命令全国所有的国家部门由即日起必须开始悬挂国旗。全国所有的军队由即日起必须开始悬挂军旗。
国歌是由一首充满大气、激昂弦律的《巍巍大中华》而成，军歌则是充满高昂、朝气韵律的《百万雄师》。这两首歌一经传唱，立即受到全**民的认可。因为它们无论歌词内容还是弦律音调，都体现出了一种难以言喻，令人热血沸腾的异样感觉。因此很快便流行与大江南北。而三桂又下了圣旨，规定今后但凡遇到重大场合，都必须首先演唱国歌，而军队则必须首先演唱军歌。
制定了国旗、军旗和国歌、军歌的标准之后，很快便受到全**民的热情拥戴，并得以在最短的时间内在全国范围内生效。这使得三桂大受鼓舞，决定按照原先自己制定的计划开始接下来的改革。