四是勘定厘金税率。湖北厘金创立之初，尽管胡林翼、官文制定税率为“约计货物可售钱一千者，酌定抽厘金十二文”，但各地方分局、大卡税率并不统一。据王家璧记载，王氏本人主管樊口水卡抽厘事务时，所定税率为米每石抽取二十文，煤炭每石抽取三文。不久王氏去职，由汪东园接管樊口水卡，汪氏甫一上任，即将税率提到米每石抽取五十文，煤炭每石二十文。王家璧所定税率依据的是户部颁布的泰州公局抽课章程，汪东园所依据的则是仙女庙章程，两者皆为雷以诫所创，这种混乱势必造成“商贾闻而裹足，后难继也”的局面，严重影响厘金收入。咸丰七年闰五月，牙厘总局统一全省各地厘金税率：米厘定为每石三十文，煤炭和其他各种货物按照成本，落地厘每串抽取十二文，出产厘每串征收六文，过江厘每串征收三文。门市厘的情况比较特殊，大致“按上、中、下三等，分别酌写业经缮造花户姓名，清册呈报在案，局中按月申报”以定数征收，如沙市局每月收取门面厘金一千六百六十四串五百文。厘金税率统一后，商贾们“物议渐平”，其后几年大致维持不变。直到咸丰十年，由于鄂东、皖西战事紧张，胡林翼遂将“厘金加两文”，每串抽取达十四文。可见湖北厘金税率，咸丰十年前约为千分之十二，其后为千分之十四。
五是减小厘金对底层人民生活的影响。为缓和社会矛盾，抽课章程对那些小本经营商贩的利益有所顾及：“若各处客货从偏僻小路而来，只须抽取落地厘金以示体恤，……零星货物并肩挑背负手艺小贩以及门摊概不抽厘”。但是，此条并未被严格遵行，针对小商小贩的各种陆路局卡仍大量存在，小手工业者被强制抽厘亦时有发生，如咸丰九年春，兴国州厘局委员邓从九下乡抽厘，“月馀归，持示一草单，……某店派钱日若干，而粑铺出钱一文、薙发铺出钱二文；又如铁匠为农夫打犁、锄者，则令农夫加手工二文”，这种局面直到同治七年着力裁减各地厘卡时，才有所改善。
六是抽收鸦片厘金。鸦片是危害人民身心健康的毒品，理当严禁。但因鸦片贸易获利极厚，太平军兴后，为获取军饷，各地政府纷纷开征鸦片厘金。相较其他百货厘金，湖北鸦片厘金的税率与抽厘机构设置均有其特殊性：咸丰九年以前，流入湖北的鸦片分为川土、南土、广土、公膏等不同种类，其中来自四川的川土“十居其八”，占了绝大部分。最初，湖北只设沙市和老河口两处局卡抽取鸦片厘金，税率为每百斤鸦片抽银三十两。针对川土占绝大多数的情况，咸丰七年五月，胡林翼又在宜昌平善坝设立局卡抽收川土厘，税率同为每百斤抽银三十两，规定川土在平善坝完厘后仍要在沙市完厘，这样川土的实际税率就成了每百斤抽银六十两。咸丰九年，来自国外的鸦片（被称为“洋药”）大量进入湖北，该年七月，湖北开征洋药厘税，税卡仍设于老河口、平善坝、沙市三处，“就原设厘局，另设一柜，另委妥员征收”，税率照部咨“百斤收税银三十两”。湖北的洋药厘金收入在英法联军逼近北京时大部被解充京饷，从咸丰九年十一月到十年六月，湖北先后解送洋药厘银六万两至户部银库。直到同治年间，药土厘金所得仍以解作京饷为主。
胡林翼将厘金收入多数用作军费，称：“厘金一局，一丝一粒无不归于军饷”。巨额的厘金收入为扩军创造了条件，胡林翼充分利用咸丰七、八、九这三年“饷足之时”，将湖北各部清军由二万余人扩充到六万余人。湖北厘金为湘军的壮大发展，为清王朝成功镇压太平天国提供了坚实的物质保障。故曾国藩大力称赞胡林翼：“兴办鄂厘，甲于天下。鄂省赖此富强，至今尚蒙其利”。
由于厘金直接损害商人的利益，导致反抗此起彼伏。胡林翼对此采取坚决镇压绝不姑息的态度。在他看来，商人的利益、自身的毁誉与镇压太平天国这个大局相比，是微不足道的。
对清廷而言，尽管厘金收数丰厚，但因之产生的两个问题却不得不重视：其一，随着时间的推移，各地厘金委员良莠不齐，借办厘之机私设局卡、假公济私之事层出不穷，以湖北为例，省城之外所设小卡竞达四百八十处之多，普通百姓、缙绅对此怨声载道。其二，厘金之设，原为筹措军费的应急之举，将如此大宗财源完全掌控于地方督抚之手（太平军兴前，湖北各项存留银不到二十万两，而咸丰九年仅厘金收入即接近一百五十万两），亦有违清廷财权高度集中于户部的“祖制”。
随着战局向有利于清朝的趋势发展，厘金作为临时税的存废问题成为朝野关注的焦点：咸丰十一年十月，御史陈廷经奏陈各地厘局重复抽收、侵渔百姓诸弊，请酌改章程，力除诸弊。同月，大理寺少卿潘祖荫上奏，称厘局官绅“百计谋干”，请“诚不能概行停止，然莫如汰除小捐，整顿大捐”。同治元年七月，协办大学士倭仁奏陈河南厘务“勒逼小户，吏绅中饱”诸事。
根据御史丁绍周奏，内阁奉上谕：“嗣后著各该督抚于捐厘委员概行裁革，统归地方官经理，并按月申报厘捐各款实数，由该管督抚按照例限报部”。此举带有分夺督抚财权的意味，各地督抚多加以抵制：湖北巡抚严树森力陈地方官不便经理厘金事八条，其中除列举地方官精力有限、胥吏贪鄙诸事外，核心仍是围绕“一旦地方官经理，过往钱粮征收中侵蚀挪用诸弊难免”，难免影响厘金收数；除严树森外，四川总督骆秉章、湖南巡抚毛鸿宾亦奏请仍按原章办理，清廷遂收回成命。直至清亡，各地厘金抽收仍维持委员设局之制。（未完待续）