因此刘重元在崇祯三年担任职方司主事之后，在历任尚书的支持下对职方司进行了大范围的改革和拓展。职方司原本只是掌管各省之地图、军制、城隍、镇戍、征讨等事；天下要冲险要，各地方官都要各画图本造册送职方司；同时，朝廷重大军事决策，皇帝倚赖兵部尚书，兵部尚书则商量于职方司。
刘重元到职方司之后，首先大力加强了军事情报工作，亲自率领职方司上下大小官吏出去搜集大明敌人的资料，探访从辽东和陕西前线回来的文官武将乃至商人难民，详加询问一切有用的情报并记录下来，然后就是没日没夜的筛选情报，然后分类整理归纳总结，为东虏、蒙古和各大流寇建立了庞大的资料库，随时备皇帝和兵部尚书以及其他相关官员咨询查阅。
这还只是基础性的资料库建设，在尝到了甜头之后，皇帝和兵部也大大加强了职方司的支持，拨款给职方司在宁远、皮岛和西安等地相继建立情报站，招募举人秀才军官商民各色人等为碟探，专司情报收集工作，到崇祯十一年职方司情报处已经将情报站扩展到开封、济南、江宁、武昌、成都、大同等十余座城市，拥有专职情报人员两千多人，每年经费高达三十余万两白银，使职方司成为大明六部最显赫最庞大的清吏司。
在强大的情报支持下，刘重元又成立了参谋处，专门分析敌军的动向，分析其用兵的方向、规模和目的，进而提出明军的应对方案，通常刘重元会提出两到三种方案，并列出各自的优点和缺点，供皇帝和兵部尚书参考。而往往之后敌军的动向印证了职方司判断的正确。
依靠着情报处和参谋处出色的工作，刘重元在朝野声名鹊起，随着对东虏战事和剿灭流寇战事的越演越烈，皇帝和兵部也越发倚重，原本早就应该升迁的刘重元也一次次耽误下来，八年时间一直担任职方司郎中一职，直到去年由杨嗣昌提议擢升兵部右侍郎衔仍管职方司，获得了皇帝和朝廷上下的一致赞同。
刘重元的两个最重要助手，职方司员外郎陈子壮和吕大器分别领情报处和参谋处，另有一名员外郎孙昌龄主管职方司原来的事务。原本职方司有六名郎中，到现在已经增加到了十一名，归属于情报处的有四人，两人分别负责后金情报和流寇情报的搜集，一人负责搜集来的情报的研判，一人负责情报整理归纳存档也就是情报库的维护；归属于参谋处的有三名郎中，一名负责监控后金动向并作出战略研判，一名负责监控流寇动向并作出战略研判，最后一名负责提出官军的应对战略部署。
孙昌龄也领导三名主事，仍然负责职方司原来负责的军制、城隍、镇戍、征讨等事务。还有一名主事是作为兵部驻山海关分司官员，主政山海关。
除此之外职方司下还有两名去年发来担任主事的丁丑科新科进士堵胤锡和揭重熙，刘重元安排他们俩在各处轮岗学习，经过一年多的历练和刘重元亲自着力培养，已经熟悉职方司整个工作流程，足以顶替即将调任的郎中。
职方司下属十几名官员，再加上车驾司郎中及相关郎中、两名司务厅司务，近二十名官员站在堂上恭听训话。刘重元首先出示了杨嗣昌的手书以及兵部大印，然后说道：“接到急报，东虏集结大军准备入寇，我判断将会走蓟州入塞侵犯京师，已经禀报本兵，本兵上朝亲自禀报陛下，请旨调关宁军、宣大军入卫以及京师戒严事。
为了让前方争取更多的应敌时间，本兵命令不等圣旨，提前以兵部的名义向蓟辽总督、顺天巡抚等有司发出预警。”本兵即是兵部尚书。
此言一出，众人大惊失色，都是在兵部实干过不是那些妄言“王师大兵一至，虏寇灰飞烟灭。”坐井观天的书生了，在兵部短则一年长则十数年，如何不知道大明面对东虏已是屡战屡败呢？
“侍郎，这是什么时候的事儿？”主管参谋处的员外郎吕大器惊问道。他与刘重元是崇祯元年的同科进士，而且名次更高，授职吏部稽勋主事，因自负其才且嫉恶如仇，更历考功主事、文选主事近八年而不获升迁，还是刘重元重其才且同年关系，所以帮忙调任兵部员外郎。
到了职方司看到刘重元刚开始搭建的这套总参谋部体系，吕大器这才知道人外有人天外有天，自己往日自负的那些才略不过是小聪明而已，而在融入了职方司之后，其博闻强识且方严敏察的能力也大大增强了参谋处。
“这个，待会儿我们再细谈，且先将警报发出去。”刘重元说着转向一旁的陈子壮，嘱咐道：“一事不烦二主，集生兄，就由你来写警报发往蓟辽总督衙门，顺天、山海关永平、昌平、密云、保定和通州巡抚衙门，还有东协中协西协监军太监，告其东虏出兵一事以及职方司的研判，着各督抚大员当以刘范董为戒，务须早做准备提高警惕，严防死守，不使东虏潜越关口进入京畿。”
刘范董即为前任蓟辽总督刘策字范董，崇祯二年东虏在黄台吉的亲自率领下从大安口入寇直薄京师城下，从而引发了己巳之变，第二年论罪，刘策被斩于市。
蓟辽总督，全称总督蓟辽保定等处军务兼理粮饷，按照《万历会典》节制顺天、保定、辽东三抚，蓟州、昌平、辽东、保定四镇。崇祯四年，将山海关和永平府从顺天府中析出设置了山永巡抚以便加强永平府一带的防御；崇祯九年，也就是上一次阿济格领军犯京师，朝廷又恢复一度被罢免的通州巡抚，以保护这个大运河漕粮的集散地；同年，又恢复了昌平巡抚，以保护京师的北大门；今年五月，朝廷又从顺天府中析出密云县设置密云巡抚，以便加强密云一带的边防，由廉洁豪雄的赵光抃出任巡抚。
这样一来，京师以北沿着长城，除了原来的山海关总兵、蓟州总兵、密云总兵、昌平总兵一线排开防御长城一线的屯堡防线之外，二线加设了天津总兵和通州总兵，如此依然不放心，又相继在长城一线加设了山永、昌平、密云三处巡抚。除此之外，依照惯例，如此战略要地，皇帝还专门派遣了监军太监，监军太监可不是一个人，蓟镇总监太监邓希诏麾下有东协中协和西协三个分监，各有直属军马。这样一来，蓟辽总督一处，除去辽东，仅仅是京畿一带，就有六巡抚以及六总兵，真的不可谓不重视，毕竟这里是京畿，护卫了大明京师重地。因此，兵部的告警必须通知到一个总督衙门、六个巡抚衙门以及邓希诏的蓟镇总监衙门。
陈子壮毫不推辞，推开会议书记官亲自铺开纸张，略加思索就一蹴而就。陈子壮，字集生，广东人，自幼聪颖，4岁能诵，16岁参加岁试，万历四十七年高中探花，授翰林院编修。无论是年纪、资历还是学问都长于刘重元。而且陈子壮人如其名，光明磊落胆气雄壮，天启五年曾于朝廷历陈宦官之祸，语极痛切，遂与阉党结怨。即被削职为民，其时同在朝中为官的陈父熙昌亦受牵连，横遭革贬，父子俩同日离京南归。
崇祯八年又因为得罪了宗室而被降罪关进诏狱，直到第二年才被放出来，原本灰心准备回乡寄情于山水的，但是在好友刘重元的劝谏下降职入兵部做一些实事。平日里，刘重元从来都是以兄事之。
接过陈子壮撰写的示警书略看了看，言简意赅毫无瑕疵，刘重元签上自己的名字然后郑重的盖上兵部尚书大印。之后，陈子壮以相同的格式分别写了给各巡抚和监军太监衙门的示警，一一签字盖章之后，刘重元立即命令经历司快马将其分发到蓟辽各督抚处，不得耽误。
将警报送出去之后，陈子壮这才详细的说起了这次的急报。职方司情报处设在宁远的情报站上个月就通过往来大明与后金之间的皮货商人了解到，后金八旗满蒙汉具在搜集粮草马料、修补兵刃衣甲，或有远征之迹象；之后又探到消息虏酋黄台吉曾有惩罚大明之语。直到前天也就是八月二十三，潜伏在后金沈阳的碟探获得可靠消息，黄台吉任命其弟多尔衮、其侄岳托分率左右大军准备进犯大明，立即将警讯想尽办法传回宁远，之后宁远情报站快马传送进京。
到达京师已经是天黑城门关闭了，不过还好，职方司为了不耽误军情，于崇祯七年奏请在德胜门、阜成门和朝阳门这北京城北西东三面的主要城门设置了常设吊篮，职方司设置在城门下日夜值班的吏员会根据各地来谍报的紧急程度决定是否将传递军情的军士吊送进城。职方司直属的军情当然以最快的速度被吊进城，而像这种加挂三颗鸡毛的鸡毛信是要直接送到刘重元手上的。
“昨晚我接到侍郎的通报之后，立即赶到朝阳门外坐镇，今早又接到了第二封紧急军情，此次东虏入寇规模浩大，据报东虏八旗每个牛录出甲兵三十人大致是在九千人以上，不着甲的仆从大概在一万人左右；蒙古八旗全部出动大约在一万五千人左右，汉军八旗大致也在一万五千多人，虽然翻山越岭不能携带红衣大炮，但是大将军炮、佛朗机炮等火器应当不会少。此外估计还会像前三次入塞有科尔沁、喀尔喀、察哈尔等蒙古仆从军数万人追随东虏入塞劫掠。
这样一来东虏总兵力估计在八万人左右，蓟州恐怕很难守住啊！”只剩下职方司的员外郎和郎中们，陈子壮也就不再遮遮掩掩，就着地图介绍其了最新的军情。
“蒙古鞑子不足虑，那群汉奸更是丧家之犬，唯一可虑的真东虏鞑子居然只有九千人？”去年的新科进士堵胤锡不由惊呼，他实在难以想象，令百万明军闻风丧胆，让大明皇帝文武百官忧心忡忡的东虏兵力如此之小！
事实就是如此的不可思议，对于明军和大明又是如此的怒其不争，堂堂大明二十多年来就是被举族不过五六万男丁的小小建州压着打。想到这里，刘重元不禁感叹同时也是想要教导一下新科进士们。