四月二十五日（5月20日），清军攻占扬州后，当时大雨倾盆，多铎宣布在扬州城内进行了屠杀。清军攻破扬州城后进行了为期十天的大肆屠杀，史载：“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。”“初四日，天始霁。道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后来由城内僧人收殓的尸体就超过了八十万具。当时的幸存者王秀楚所著《扬州十日记》中记载屠杀共持续十日，故名“扬州十日”。
在屠城扬州的时候清军从一个富户进入另一个富户。清兵们先是抢银子，后来就无所不掠了。直到20日的白天，还没有人身伤害。但是夜幕降临之后，人们听到了砸门声、鞭子抽人声和受伤人发出的号叫声。
那个夜晚火势蔓延开来，但有些地方的火被雨浇灭了。到1645年5月21日，一份告示保证说，如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成50人或60人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使扑倒在地者也不能幸免。
嘉定三屠
顺治二年、南明弘光元年（1645年）在清军攻破嘉定后，清军将领李成栋三次下令对城中平民进行大屠杀。在屠城过程中，城中百姓或者悬梁自杀或者投井和跳河，被砍断手和脚的百姓在地上挣扎着，清军将一大部分逃生的百姓赶到河边，然后将他们赶进河中纷纷淹死，河里的水都不能流动了。清军没遇到一个汉人就强迫他们献出自己家中的宝物，如果给清军很多的东西的话就可以活命，如果给的不多或者清军不满意，直接把人杀掉。
昆山之屠
顺治二年、南明弘光元年（1645年）昆山县人民杀该县清委知县阎茂才，起兵反清。七月初六，清军破城，随即屠城，士民死难者达数万人。清军屠昆山的时候，有妇女千人藏匿在昆山顶上。有个小孩忍不住哭出声来，被清军发现，于是大肆屠杀这些妇女。“总计城中人被屠戮者十之四，沉河堕井投缳者十之二，被俘者十之二，以逸者十之一，藏匿幸免者十之一。”“杀戮一空，其逃出城门践溺死者，妇女、婴孩无算。昆山顶上僧寮中，匿妇女千人，小儿一声，搜戮殆尽，血流奔泻，如涧水暴下”。
嘉兴之屠
顺治二年、南明弘光元年（1645年）闰六月二十六日，浙江布政使司隶嘉兴府为反抗清军暴行，嘉兴民众揭竿而起，乡的明翰林学士屠象美、明兵科给事中李毓新主其事，降清的明嘉兴总兵陈梧反正任大将军指挥义师，前吏部郎中钱棅助饷。二十六日城陷，逃不出的居民除大批年轻妇女被清军掳掠和一些僧人幸免外，几乎全遭屠杀。按当时人口来推，可能约五十万余人遇难。
江阴八十一日
顺治二年、南明弘光元年（1645年）清朝颁布剃发令后，江阴人民举行了反清起义，进行反清斗争。清廷先后调动24万军队攻城，江阴人民浴血奋战，守城八十一天，击毙清三王十八将，清军死伤过十万。但终因力量悬殊，粮食罄尽，守城者全部壮烈牺牲。城破后遭到清军血腥屠杀，繁华的街市尽为废墟。全城只有五十三人幸免。
常熟之屠
顺治二年、南明弘光元年（1645年）八月到九月，清军先后占领苏州和南直隶常熟之后的纵兵焚烧杀掠。在常熟大屠杀中被屠杀的百姓无法计算，沿河沿岸都是人头。
四川大屠杀
从顺治三年（1646年）至康熙初期，满清开始侵入四川，在四川各地进行大屠杀。顺治四年（1647年）多尔衮、孝庄采取了彻底屠杀的办法作为报复，公开发布告示，宣称：民贼相混，玉石难分，或屠全城，或屠男而留女。把四川人杀光了以后，就把这些行为全部推给了张献忠，还编造出张献忠杀人六亿的谎言。根据历史学者的研究，四川被害者不下五百万人，而被张献忠杀害的至多只有十四万人，连同张献忠统制地区其它非正常死亡，最多只有三十到四十万人。更重要的是，在清军开始长达十几年的四川大屠杀前，张献忠已经死了。“蜀人受祸惨甚，死伤殆尽，千百不存一二”。直到顺治十六年（1659年），清军攻陷渝城（重庆）后，才算平复四川。清初时以”湖广填四川“来解决四川人口的缺口。
此外，明末清初四川人口的锐减，是多股势力混战的最终恶果，并不能够将所有责任推给张献忠。至于张献忠屠杀六万万人有奇一说，有文献显示事实上是四川当地的地主以及南明将领污蔑和嫁祸张献忠。
金华之屠
顺治三年、南明隆武二年（1646年）七月十六日，满清“贝勒”博洛在浙江金华府进行的一次大规模屠城。大约有五万人被屠杀。
明朝末年，时任兵部尚书的金华长山人朱大典毅然带兵回金华据城抗清。公元1646年农历六月廿四，清贝勒博洛率军攻婺，久攻未下，后叛徒导攻西门城墙（现新华街），新筑城墙被大炮轰塌，清军潮水般涌入，金华守军奋力拼搏，浴血巷战。
朱大典妻妾儿媳为不受辱，纷纷手牵孙儿投井自尽，朱大典与部属点燃火药库壮烈殉国，大典家20余口共赴国难。明军指挥部炸毁后，剩余守军仍坚贞不屈，节节抵抗，退集到最后的阵地———东市街。清军破西门后一路往东杀，南北城楼先后沦陷。东市街之东是高山头悬崖和义乌江。365年前的东市街上刀光剑影，血肉横飞，金华先民在这里谱写了悲壮的史诗，守军拒不投降，全部英勇战死。城陷后清军屠城，南明演义说城中被杀者十之**。李渔悲诗泣之：“婺城攻陷西南角，三日人头如雨落”；明史也记载了大典阖家殉难的壮烈。明军参将俞继音祖上为南宋监察御史、户部侍郎，继音战死后，其宗谱载：“继音，明末参将，同守婺城，见危致命，忠烈可表……顺治丙戌七月十六日卒”，这日正是金华城破明军全体阵亡之时，宗谱和金华县志记载完全相符。
泾县之屠
顺治三年、南明隆武二年（1646年）八月十七日，满清“提督”张天禄、“池州总兵”于永绶在南直隶泾县、徽州、绩溪县等地进行的一次大规模屠城。大约有五万人被屠杀。
赣州之屠
顺治三年、南明隆武二年（1646年）十月初四日，满清“江西提督”金声桓、“总兵”柯永盛在江西赣州府进行的一次大规模屠城。大约有二十万人被屠杀。
同安之屠
顺治四年（1647年）清军攻克福建厦门和同安县，然后屠城。福建同安县屠城死难5万余人，梵天寺住持无疑和尚收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭”，墓碑上则刻“万善同归所”。
平海之屠
顺治四年、南明永历元年（1647年）七月，清军在福建平海卫进行大规模屠城。被屠杀的无辜百姓具体人数不详。
南昌之屠
顺治五年（1648年）清军包围南昌。次年三月间，南昌城陷，清军屠城。八旗军把从南昌掠来的妇女分给各营，昼夜不停的**。这些女性”除所杀及道死、水死、自经死，而在营者亦十余万。食牛豕皆沸汤微集而已。饱食湿卧，自愿在营而死者，亦十七八。而先至之兵已各私载卤获连轲而下，所掠男女一并斤卖。其初有不愿死者，望城破或胜，庶几生还；至是知见掠转卖，长与乡里辞也，莫不悲号动天，奋身决赴。浮尸蔽江，天为厉霾。“。这些事情记载在《江变纪略》里，此书是满清政府查禁的重点，在乾隆四十四年被明令销毁，靠着手抄本流传下来。而在清军陷城前，一些出来投降的汉人，也遭到了”男子分杀之，女子分留之“的命运。
顺治六年（1649年）清军再次占领江西南昌，下令进行屠杀。
邵武之屠
顺治五年、南明永历二年（1648年）五月，满清“福建左路总兵”王之纲在福建邵武县进行屠城，被屠杀的无辜百姓人数不详。
湘潭之屠
顺治六年（1649年）正月二十一日清军攻入湖南湘潭和沅州（今芷江），南明督师何腾蛟被俘。清郑亲王济尔哈朗下令在湘潭屠城，湘潭城中百姓几乎全被杀光，城中不满百人。沅州也遭到纵兵杀掠。
同安之屠
顺治五年、南明永历二年（1648年）八月十六日，满清“靖南将军”陈泰、“浙闽总督”陈锦、“福建提督”赵国祚在福建同安县进行大屠杀，大约有五万人被屠杀。
南雄之屠
顺治六年（1649年）农历十二月二十九日，清军抵达南雄，年三十除夕晚上清军放火焚烧鼓楼，趁明军慌乱救火之际，攻入城内。对南雄县民大肆屠杀，“大清平、靖二藩克雄城，民尽屠戮，十存二三。”“家家燕子巢空林，伏尸如山莽充斥。....死者无头生被掳，有头还与无头伍。血泚焦土掩红颜，孤孩尚探娘怀乳。
信丰之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）三月初一日，满清“梅勒章京”胶商攻克广东信丰县，进行大规模屠城。
蒲城之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）四月初五日，满清“固山额真”李国翰攻克陕西蒲城县然后进行大规模屠城。大约有一万人被屠杀。
曹州之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）十月初四日，满清梅勒章京赖恼、沂州总兵佟养量、临清总兵宜永贵等攻克山东州曹州，进行屠城。被屠杀的无辜居民人数不详。
汾州之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）九月至十一月，满清“端重亲王”博洛、“和硕亲王”满达海等在山西汾州、太谷县、泌州、泽州等地进行规模屠城。大约有四十万人被屠杀。
大同之屠
顺治六年（1649年）清军在大同屠杀后，全城只剩下5个重案犯。满清派来的大同知府，上书顺治帝，称既然没有了苦主，就可以释放这5个人了。这份奏折，至今保存在第一历史档案馆。
广州大屠杀
顺治七年（1650年）清军攻广州，制造了庚寅之劫，”甲申更姓，七年讨殛。何辜生民，再遭六极。血溅天街，蝼蚁聚食。饥鸟啄肠，飞上城北。北风牛溲，堆积髑髅。或如宝塔，或如山邱。五行共尽，无智无愚，无贵无贱，同为一区。“尚可喜屠广州，孑遗无留；逸出城者，挤之海中。“死难十万至七十万人。
意大利籍耶酥会士卫匡国（Martin Martini，1614～1661）在《鞑靼战纪》中记述:“大屠杀从11月24日一直进行到12月5日。他们不论男女老幼一律残酷地杀死，他们不说别的，只说:‘杀!杀死这些反叛的蛮子!”
荷兰使臣约翰纽霍夫（John Nieuhoff）在其《在联合省的东印度公司出师中国鞑靼大汗皇帝朝廷》一书记述:“鞑靼全军入城之后，全城顿时是一片凄惨景象，每个士兵开始破坏，抢走一切可以到手的东西；妇女、儿童和老人哭声震天；从11月26日到12月15日，各处街道所听到的，全是拷打、杀戮反叛蛮子的声音；全城到处是哀号、屠杀、劫掠；凡有足够财力者，都不惜代价以赎命，然后逃脱这些惨无人道的屠夫之手。”
另有意见认为当时广州人口约四十万，而死难者约十万人或超过十万人。“清顺治六年十月，满清大军抵达广州，围困城池长达10个月，最终攻下城池，平南王尚可喜率清军攻陷广州之后，屠城十日，尸横遍地。广州城当时人口大约四十万，死难者约五分之一。”
潮州之屠
顺治十年（1653年）清军占领广东的潮州和南雄，清军之后进行下令屠杀，“纵兵屠掠，遗骸十余万”，“癸巳，郡城破，横尸遍野……收遗骸十余万，作普同塔于葫芦山”。揭阳县观音堂海德和尚等收尸聚焚于西湖山，将骨灰葬在西湖南岩。福建同安县屠城死难五万余人，梵天寺主持释无疑收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭“，墓碑上则刻“万善同归所”。南雄县民也遭到大肆屠杀，“大清平、靖二藩克雄城，民尽屠戮，十存二三。”“家家燕子巢空林，伏尸如山莽充斥……死者无头生被掳，有头还与无头伍。血泚焦土掩红颜，孤孩尚探娘怀乳。”
永昌之屠
顺治十六年、南明永历十三年（1659年）闰三月，满清“征南将军”赵布泰、“提督”线国安等在云南永昌府等地进行的一次大规模屠城。
另外由于清朝统治者的文字狱和历史篡改其中舟山、苏州、沅江、厦门、海宁等地大屠杀，史料记载很少。
满清控制全国后，为了封锁郑成功义军，下达禁海令，对沿海人民大肆屠杀，不愿意迁走的斩杀无赦，并乘机掠夺妇女财物。各地为剃发的分散屠杀：“去秋新令：不剃发者以违制论斩。令发后，吏诇不剃发者至军门，朝至朝斩，夕至夕斩。”
根据一些地方史志的记载，八旗军不仅对反抗者大肆杀戮，甚至连投靠满清的一些小官吏都不能幸免，妻子老母都被掠去充当**隶，然后拿到市场贩卖。明朝都督章钦臣的妻子金氏，不肯屈服于淫威，被用一千刀刮死。这件事被清代著名学者全祖望，冒着杀头危险记载下来。此外，满清军队还在这个各地进行了大规模屠杀。
明末时期中国人口在八千万到一亿五千万之间，而到了康熙五十年（1711年）中国人丁数仅两千四百六十四万余。也就是说这个时期中国的人口大量消失，多半是死于战乱、饥荒等原因。
清军惨无人道的大屠杀，从努尔哈赤屠杀辽东汉人到康熙平定三藩，历时将近一个世纪。英国使节马戛尔尼等人的记录：满清初期，他们表现得非常凶残。建国后的最初几年，整批整批的百姓遭到屠杀。强迫留辫子引起了骚乱，结果都被镇压在血泊之中。都是老爷的种族坐稳了江山，对奴隶的民族实行统治……。
屠杀明宗
明朝宗室在明末农民战争中，成为各地农民军屠戮的首要对象。从崇祯十四年至十七年，就有福王、唐王、崇王、岷王、代王、蜀王等十四个显贵王爷被农民军整家杀掉。至于郡王及将军之下，被杀的更是不计其数。
满清方面，出于政治需要，自入关到顺治二年夏王以前，对明朝宗室人员以诱降、“恩养“为主。清军攻克南京后至顺治八年这一段时间，满清开始对明宗室展开屠杀。自顺治八年至康熙早期，清廷又施以杀抚并用。早在皇太极入口侵掠时代，后金军抓住明宗室王爷一般都弄死，比如德王和鲁王。由山海关入京后，多尔衮开始以招抚为诱饵，在诛杀崇祯帝直系血脉的同时，满清逮到的明宗室假装养起来。清军攻陷南京后，由于明宗室在南中国纷纷被人拥立起兵相抗，满清顿露狰狞面目，接二连三地罗织罪名，很快就把本来“恩养“在北京的明朝十几个王爷均残酷加以处死（包括指认曾经指认崇祯太子为“假太子“的晋王）。直至顺治亲政后，满清对明宗室控制才稍稍放缓，但彼时朱家血脉至近的“皇族“也没剩下多少了。