送走了科尔沁和张献忠的使者，西安城慢慢平静了下来，商业却异常红火，唐军的交易税每月收入达到二百万两，江南的稻米，小麦，食盐，茶叶还在源源不断的运往唐军境内，同时陕西的牛羊也大量运往江南，还有许多淘汰的战马也大规模向东南贩运。
各地的商人源源不断的往返于两地，每个人都憋足了劲，运货，运货，只要能把货运到，无论是把江南的货物运到陕西，还是把陕西的牛羊运到江南，货物都能很快售空。
这段日子，唐军官方物质的屯积明显加快，不但大规模向商人收购各类物质，还亲自组织商队抢运，不过，当然不能打自己的旗号，唐军的高层明白，只要朝庭得到了刘芳亮等人的情报，肯定会将现在双方红火的贸易关闭，以后这些物品就要靠走私了。
刘芳亮率二千余唐军由西安，渭南，出潼关之后，变得小心起来，高迎祥部攻占凤阳后，声威大振，各地饥民不惜数百里，扶老携幼来投，义军的实力不断增加，但凤阳却非是久留之地，凤阳城中大户也不多，和朱家有关系的早已搬到了南京，或者北京，高迎祥在凤阳只休整了三天，转而向西，初攻庐州（今合肥），死伤千人不克，转攻舒城又不克。
崇祯八年正月二十三日，义军率军攻下巢县。越四日，又袭取庐江。明日又兵下无为州，杀知州张化枢。二月初一，高迎祥率军围攻潜山，克之。杀知县赵士彦。
二月初春，义军连下太湖、宿松，所过太和、霍山、六安、毫州悉被攻取。高迎祥部继攻下宿松后，又连克徐州及虞城、商丘、汝宁、真阳、新蔡，试图打开经河南北上靠近唐军的通道，取得唐军的援助，遇到官军阻击后，又转而南进，二月初四日，其分部攻下罗田，罗田界湖广、江北之交。罗田一下，义军打通了往湖广的门户。
但到此时，义军的好日子也就到头了，曹文诏代天子出征，为天下督师，赐尚方剑，令集诸路兵驻楚、豫适中之地。二月中旬，六安，汝宁等地被官军夺回，三月初曹文诏已将义军攻下的大半县城收回。
三月中旬，曹文诏在铜陵大会诸将，商议围剿农民军于安徽，湖广和河南三省交界处，曹文诏令陈奇榆，邓玘、尤翟文等驻武昌，防守张献忠；左良玉、汤九州控信阳，六安一带、尤世威、陈永福、徐来朝分驻鹗洲，黄岗，太湖一带，曹文诏亲率大军在安庆，铜陵向义军进逼，十数万义军被官军步步蚕食，义军只得收缩再收缩，只剩下数万精锐被围于霍山、罗西，麻城一带。
此时，杨嗣昌的提出的“四正六隅十面网”的计划可以说已经成功，剩下的就是收网阶段，曹文诏乐观的估计，只还需二个月时间，就可以将这股无法无天到敢挖皇帝祖坟的贼军一网打尽，崇祯接到捷报后心情好了起来。
令崇祯心情好转的还有另外一件事，由熊文灿招抚的郑芝龙和朝庭配合，经数月的海上交战，全歼了大海盗刘香的般队，大明沿海为之一清，不再受海盗骚扰。
郑芝龙原名郑一官，原先投靠过荷兰人，荷兰人为垄断对日贸易，指使一些中国船只在大明沿海掠夺，郑一官就是和荷兰人合作的海盗之一，后来，郑一官感觉在荷兰人手下没有发展，便离开荷兰人，投靠了当时的海盗盟主颜思齐。
郑一官在颜思齐死后，自立门户，从福建招来郑兴、郑明、杨耿、陈暉、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”，从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。
其它海商都在郑芝龙的海盗打击下损失掺重，不得不让出这条贸易线，郑芝龙就自己买船做起了两地贸易，但他的船队还小，不能独占，朝庭招抚后，郑芝龙向众人许诺不再抢劫，而向每一艘航线上的船只根据大小收取一万到三万两白银不等的保护费。每年仅此一项，郑芝龙收入就逼近千万两。
可是郑芝龙受明朝招抚后，原先与他一起出生入死的刘香一股势力心有不甘，拉到广东，继续其海上劫掠营生。刘香势力与荷兰人勾結，在一段时间內不但频频劫掠福建，广东沿海一带，对郑芝龙的般队也造成很大威胁
刘香势力在广东崛起后，台湾海峽又转向不平靜。郑芝龙的船队刘香虽然较少打劫，但他每月从各个船队身上的抽成却损失巨大，熊文灿调走后，新上任的福建巡抚邹维琏宣布恢复海禁，并力阻郑芝龙与在台湾的荷兰人私下通商。郑芝龙欲扫除刘香，而在此之前，原为郑芝龙旧部的李魁启和钟斌也先后叛离，但都遭到郑芝龙扫除，刘香成了他原先一起结伙的海寇中最后的对头，也是最难应付的一股势力。
崇祯五年十二月四日，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤八百到一千人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情況下，冲入敌阵，被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脫身，后来是部下拼死救出。刘香本人则向南逃逸而去。
崇祯六年七月，新任荷兰台湾长官普特曼斯为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，在刘香的帮助下，不宣而战，派出八艘战舰，对刚刚追剿刘香回到厦门沒有戒备的郑芝龙部和明朝官兵发动突袭。击沉、烧毁和弄沉港內郑芝龙和明朝官兵的二十几艘战船。这些船只是郑芝龙的精锐部队，也是当时中国最先进的海上武裝船队，船上配备完善，架有十六、二十到三十六门大炮。
厦门的官员在驻军遭到荷兰人痛击后，采取息事宁人态度，找人与荷兰人疏通，表示愿意通知厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近各岛的百姓送上二十五头牛、二十五只猪和一百只鸡，希望荷兰人不要再伤害百姓，使他们可以继续安心耕种。
同年九月，普特曼斯与刘香在台湾的大员汇合，准备再度进攻郑芝龙。
福建巡抚邹维琏檄调诸将，大集舟师，准备痛击荷兰侵略者，身任“五虎游击将军”的郑芝龙担任战斗前锋，实际负责运筹指挥这场战斗。郑芝龙舟渡漳州海澄，誓师出发。不久在澎湖的遭遇战中，焚毁荷船一艘，生擒荷将一名，溺死荷兵数百。
十月二十二日，由郑芝龙带领，明军一百五艘左右的帆船（其中五十艘为特大战船）在金门料罗湾追上荷兰大船九艘、刘香船五十多艘。郑芝龙报仇心切，奋勇当先，使用铁钩钩住敌船纵火焚烧战术，共焚毁荷兰快艇一艘，并捕获另一艘快艇。刘香临阵败逃，普特曼斯狼狈退回台湾。
经此一役，郑芝龙声势大振，普特曼斯只好放弃与刘香勾结，改与郑芝龙修好，转而表达今后想在台湾、而不是强势前往福建寻求对华贸易的意愿，由郑芝龙派船到台湾进行贸易。
郑芝龙为了和倭人贸易，也不愿长期树敌，因此在一位住在热兰遮城的同安商人林亨万居间协调下，双方同意进行贸易往来。于是福建商船开始驶抵台湾。东印度公司史料說：如果公司想存在下去，必须把一官这一根刺从公司脚下拔除。
九死一生的刘香不满荷兰人又与郑芝龙修好，在崇祯七年四月九日清晨天亮前，利用月亮被遮住，以部众六百多人袭击大员（今台南安平）的荷兰人城堡热兰遮城，并且已经用云梯爬上了城墙。被荷兰哨兵发觉，经开枪和炮轰后，刘香率部众逃散而去。数天后，这支海盗从高雄离开台湾，李旦之子李国助倒戈投降明军。
崇祯八年三月二十日，郑芝龙在广东田尾洋击溃刘香海上武装集团，刘香引火自尽；但在此役，郑芝龙的胞弟郑芝虎战死。
接到福建巡抚表奏朝廷：“芝龙果建奇功，俘其丑类，为海上十数年所未有。”崇祯龙颜大悦，加封郑芝龙为福建水师副将，等于将朝庭的水师实力尽付于郑芝龙之手，郑芝龙一跃成为南海的真正霸主。
海上的喜讯传来，崇祯更盼曹文诏胜利的消息，此时曹文诏已率二十多万大军，耗时五月之久，费饷近百万两银，崇祯已接到户部多次告急文书，四月初二，户部上书言，崇祯八年新饷，除蠲羌外，酌解部六百八十万石，岁出七百五十六万石，额少七十万余石。
崇祯无奈，只得频频从内帑中拿出银两发给曹文诏军饷，正月二十五日，拿出帑金二十万两助剿饷，二月出太仆寺金十万两输安徽，又留河南饷十万两。其湖广饷十九万两。四川留四万两，又盐课银二十万两贮于淮扬，防寇逸。
按杨嗣昌的计划，再有二个月就可以将高迎祥一网打尽，但此时崇祯连两个月也不想等了，大军每月都得耗银数十万两，多担搁一个月，朝庭的亏空就会多数十万两金银，这些都要他用内帑来填，后世许多人认为崇祯贪财，紧搂银子不放，有人还绘声绘色的说，崇祯死时，闯军从内库中取出数千万两内帑银。
其实稍有点头脑的人就知不可能，江山都没有了，皇帝要银子有什么用，许多投靠满清的大臣都把皇帝形容成白痴来显示自己投靠异族是多么的逼不得已，后世有许多研究历史的人竟然也相信如此说法，殊不知皇帝真是一个白痴，又怎能牢牢撑控国家政权十几年之久。
崇祯登极以来，他的内帑银每年只有减少，没有增加过，他从哥哥手中接过这个烂摊子，朝庭的财政每年都在亏空，大臣们都把目光放在皇帝的内帑上，好象能取之不尽，用之不绝，崇祯也确实是想成了一个忠兴之帝，登极头年就从内帑中拿出近百万两银子给袁崇焕，作为关宁士兵的欠饷，才稳定了当时的兵变，但现已是崇祯八年了，朝庭每年都有亏空，就是内帑真有一座金山也快空了，崇祯才分外急燥。
曹文诏每隔数天就接到崇祯催问官军的进展，口气也越来越急，曹文诏已明白了皇帝的心思，四月中，曹文诏放弃了稳步推进的做法，加快了攻击速度，怀宁，霍山相继被官军拿下，义军只能困于麻城，罗田两城。
曹文诏总算放下了心，若不是两城背靠大别山，易守难攻，官军早已攻下了，不过，在官军持续不断的打击下，曹文诏相信，再过十几天，官军就能将义军全部歼灭在此，到时提前一月完成计划，总算对起得皇上的隆恩。
刘芳亮的二千唐军进入河南后，一路上众人小心谨慎，避过了一队又一队的官兵，实在避不过，便强行冲入，官军遇到这队人马算是倒了大霉，两军隔的远远的就挨了数轮火枪，等到了近前，一半人马已丢了，唐军的手雷又如雨下，炸得官军人仰马翻，小队的人马被唐军干脆屠杀殆尽，遇到大队的官兵直接冲破后就迅速离开。
官军被打得晕头转向，常常在唐军冲破已方队列后还久久回不过神来，郝摇旗见到了这批武器的利害，越想把它们快速送到义军手中，偏偏欲速则不达，郝摇旗带着刘芳亮等人接连到了几个地方都扑了个空，郝摇旗先是到信阳，信阳早落到了官军手里，信阳重兵动集，左良玉、汤九州数万大军在此，众人差点被围，好在都是骑兵，反应较快，否则被数万大军围上，武器再利害恐怕也冲不出去，就是冲出去了也会死伤惨重。
众人又转向六安，六安又被左良玉的部下占领，好在六安官军不多，众人绕道后，直扑霍山，没想到又晚了一步，霍山已被官军攻下，义军已转到了麻城，这下郝摇旗也傻了眼，两城的西面和南面被官军围了个水泄不通，东面和北面又有大别山阻隔，除非众人能带着兵器翻过大别山，否则，就是插上翅膀也飞不过几十万官军的包围圈，将火器送到义军手中，郝摇旗刘芳亮等人只能每天在外面打转，希望能找到空隙冲进去。