除了封王这件大事，洪天兄还干了很多事情。在永安，洪杨颁布了由冯云山在三年前就制定好的一部《太平天历》，这部历法中西结合，定一年为三百六十六天，分为十二个月和为期七天的礼拜，还保留了传统的二十四节气。
更为引人注目的是，洪杨在这里建立起了自己的一整套官僚制度。
洪天王年仅两岁的儿子洪天贵福被封为“幼主”，称“万岁”，以后的儿子则一律称为“殿下千岁”，女儿们称为“金”。军中高级将领称作“大人”；中级军官到兵头将尾的两司马，被统统称为“善人”；其子女，男的被称为“公子”、“将子”，女儿被称作“玉”、“雪”；女将领被称为“贞人”。各级头目的妻子被称作“贵”，并根据丈夫的具体职衔细分为“贵嫔”、“贵姒”、“贵姬”、“贵嫱”不等。
为了避洋上帝“爷火华”的讳，所有的王都不能称“王爷”，洪天兄自己也以身作则，不称“帝”、“圣”、“上”等，仅称“主”。
从这些森严的等级制度我们可以看到，号称“天下多男儿，皆是兄弟之辈；天下多女子，尽是姊妹之群”的天国，平等只是口号而已。
洪杨军的军制，是冯云山借鉴《周礼》设计出来的，这是作为读书人的南王强项。以五人为“伍”，设伍长；五“伍”设两司马；四个两司马编制设一卒长管辖……依次五五进位，再往上则是旅帅、师帅、军帅。一军辖五师，理论上有一万三千一百五十五人。
东王杨秀清、西王萧朝贵这两个“
不识得多字墨”老粗对此颇不以为然，认为这一军制并不实用，冯云山纯粹是在卖弄学问。
东西二王看重的是实实在在的军力扩充，洪杨军进城后迅速扩军，总人数达到37000左右，但精锐不足6000人。针对防地辽阔、敌军四集、己方兵力不敷的情况，主持军务的东王杨秀清采取了“守险不守陴”的战略，即将主力集中在城外几处战略要地，而只在城内部署少量人马。
洪杨军首先环城修筑“重墙、重濠”各三道，南起莫家村，北到高堆，并在州城外瞭望、团冠两岭夹蒙江修筑东、西两座炮台，在城南莫家村、长寿圩布置重兵，各要点间以壕沟、地道相连，互为犄角，构成永安内防线。
外围则以点防御为主，在多数地段仅控扼隘口、要冲，将有限的兵力集中使用，并在城南、北各布置了一个重兵防御的要点。城西北敌军离城不到10华里，压力较大，洪杨军在城西北5华里龙眼潭抢占有利高地构筑大炮台，以此为依托配置雄厚兵力，是为北路外围防线支撑点；城东龙寮岭山势险要，当面敌军战斗力不强，洪杨军仅以小分队扼要据守大塘村、窝池岭等处，距州城约15华里；城西据守六庙、竹枝、三叉、龙虎等村，防线距州城8华里；城西南水窦距城18华里，当两川交汇处，背后即为东平里平原，最易成为清军突破口，洪杨军部署了以秦日纲为首的近万重兵构筑多座营盘，以地道、地雷、濠沟等工事为依托，与内防线莫家村遥相呼应；城中则“不过二三千人”，洪秀全设
天王府于州署，东王杨秀清所居住的武圣宫则是事实上的总指挥部。
在后勤方面，进城当天就设立总圣库，制定严格纪律，将一切缴获归库，同时没收州库、富户、店铺，并派出小分队逐日到周围村落筹集粮食和其它物资，很快就积蓄了足以支撑半年的粮食储备；在盐、硝等关键物资上，洪杨军主要采取高价收购的方式，吸引当地民人、商人甚至清方壮勇出售。
洪杨军的布防摆脱了传统的线式防御、集重兵于城垣的模式，而采取了兵力集中，据险扼吭、守点控线、点线结合的防御模式，圆满解决了兵力不足与防线漫长的矛盾，这不仅是此后他们在永安坚守6个半月的基础，而且成为以后10多年里洪杨军守城的经典战术。
洪杨军的圣库制度使之在敌军围城的态势下，物资供应体系不至于迅速崩溃；其一系列制度建设措施，也起到了调动将士积极性和战斗热情的作用。
但洪杨军在集结永安过程中迅速放弃外围基地，收缩过快过猛，导致敌军数日后便兵临城下，心无旁骛地专心围攻；物资供应、尤其盐、硝等重要战略物资的供应虽经多方努力，但始终无一条稳定、持久的保障渠道，给战役发展带来不良预后；大量政府机构和官员的产生，使这支人数不多的武装开始出现官比兵多的苗头，并影响了一线战斗力；此外，许多据点都是战兵与老弱，甚至妇孺混编，即使最远、最重要的水窦要塞也不例外，这也使得部队的机动性、灵活性大打折扣。