经过一段时间的学习，孩子们有了一定的基础，宗纬开始对12个组的孩子分专业教育。第一、二、三、四组为步兵专业；宗纬将第五组、第十一组确定为保卫专业，第十一组是女生；将第六组确定为情报专业；第七组为通讯专业；宗纬意识到信仰课程要加强，他将第八组、第九组、第十组直接确定为信仰专业，这第九组、第十组是滨字辈的年龄较小的男孩子；第十二组也是女生，确定为医学专业。
其课程参照了能够找到的国外教科书和相关案例，融汇了宗纬后世的相关知识。其中医学专业难些，目前只有沈郎中担当，教授中医知识。不过宗纬教授了他一些现代的战场护理、消毒办法，让他传授给大家。
依托上述专业少年，宗纬开始设置各个机构。
依托第一组到第四组，成立了参谋部，负责指挥作战。部长由序龙担任。
他在第五组和第六组的基础上分别设置保卫局和情报局，承担情报、通讯工作和保卫工作。目前由宗纬亲自掌握。后来加入的四个大些的孩子，石李津唐、石李津宋、石李津元、石李津明，人很聪明，分别成了两个局的骨干。
第五组的石李津唐、石李津宋担任保卫局副局长，那一组的其他同学成了骨干。宗纬经过反复考量，决定由花岩从工坊调出来担任局长。这人武艺高强，性格耿直坚强，适合牵头保卫工作。在保卫局下面单独设立了女子保卫队，由第十一组的女同学组成。保卫局的工作主要是保护宗纬，收集内部情报，肃清内奸。为了实现这个目标，满怀政治热情的副局长津唐、津宋在工坊和101班内部也发展了30个内部举报人。这些举报人密切监视周围，及时汇报内部的动向。宗纬听到这个消息有些发愣，他低估了这个时候人们的宗教和政治热情。
第六组的石李津元、石李津明担任情报局副局长，局长毫无争议地给了李来郭，这一组的其他工作也成了骨干。工作的重点是在附近地区建立情报站，广泛收集、整理情报，执行暗杀、绑架等职能。宗纬为他们确定了基本的工作规则，给了他们5000两银子的活动经费。
李来郭这家伙很有做情报工作的天赋，表面上在京津地区铺设金谷春酒的销售网络，带着几个孩子，几个月时间在京津地区发展了80多个情报人员，什么天津知府的马夫、运河边的驿卒都有，建立了京师站和天津站。他甚至将石家商行的两名小伙计都发展了进来，那边的消息宗纬这边第一时间都知道。这些人为了获取经济帮助，先入教，后成为情报人员。这个时候人的思想简单，生活困苦，很容易被光明宗教吸引。
按宗纬的指示，情报局组建了天津和京师两个分区，开始了小规模传教，将传教和发展情报员结合起来，在信徒中发展情报员，预计两年内各发展二千人。宗纬认为京师重地，动静不宜太大，发展信徒需要精干，不要公开传教和大规模发展情报员。
从后世的经验来看，胡萝卜加大棒是最有效的，宣传工作少不老。第八组的会吹唢呐、戏班世家的吴家兄弟对光明教很痴迷，悟性也高，唢呐吹得好，宗纬认为他们宣传工作也应该做得好。宗纬设立了组宣局，加强宗教宣传和组织工作。吴家兄弟担任副局长，局长则由大工匠郑老三担任，如今人家大名叫做郑忠诚，他有一个能把黑的硬说成白的的利嘴。第八、九、十三个组的少年军成了骨干。郑老三和吴家兄弟干的挺好，组织宣传队，唱歌、跳舞、演戏、说快板、讲评书，工作卓有成效。