有了天皇的授权，有了伊藤博文的财政支持，儿玉源太郎可以执行他的计划了。
从7月3日开始，由大久保春野少将指挥的日军第十二师团，从海路离开东北，在“自卫舰队”的护航下，前往京畿地区的伊势湾。同时儿玉源太郎也出发前往京都，直接指挥第十四师团。
所谓“自卫舰队”，就是以浪速舰和筑紫舰为核心，加上残存的警备舰队的一些炮舰，包括千代田形、富士山、迅鲸、清辉、砻城、凤翔、甲铁、龙骧、满珠、千珠等，这已经是日本海军仅剩的本钱了。为了避免中国赶尽杀绝，直接起名为“自卫舰队”，表示对邻国没有任何敌意。
从7月初到7月底，儿玉源太郎率领两个师团的兵力，软硬兼施，对京畿地区大肆清剿。这些地区的叛军虽然人数众多，但是零零散散，形不成规模，有时候叛军之间还会互相冲突。政府军因此可以分化瓦解，各个击破。
到了7月26日，神户，大阪，京都，名古屋等各地基本已经被平定，随后政府军开始向西南方向一路平推，仅仅半个月间，数千人被杀，十余万人溃散，整个中国地区（日本地名）已经恢复了秩序。
局势发展的速度之快，大大出乎丁云桐的预料，他一直紧密关注着，虽然为时尚早，但觉得日本内战结束的曙光已经出现。而且政府命令下达之后，下面一呼百应，军令下达之后，将士奋战，雷厉风行，说明政府的凝聚力还在，希望还在，日本的元气尚存。
这也引起了丁云桐的警惕，目前虽然可以冷眼旁观，但只要日本能渡过这个难关，恢复的速度一定会超乎想象，到时候说不定又是一个劲敌，因此下一次打击日本的时间要大大提前。同时，也要对将来殖民和吞并日本，做一些未雨绸缪的准备。
在几年前，丁云桐曾经让薛福成找了一批十五六岁的小孩，送到日本由胡震负责，学习日本的文化，语言和风俗，学习着如何融入日本社会。至于为什么要十五六岁，因为如果年龄太小的话，对中国情感还未完全建立，反而容易被日本人同化掉。
这个计划有着很深远的考虑，将来中国要殖民或控制日本，必须要有一批合适的代理人，这些伪装成日本人的小孩，只要有资金扶持，将来完全可以进入政界，成为中国在日本最好的卧底。
丁云桐觉得现在可以采取行动了，他命令薛福成选择一些表现优异突出的年轻人，尝试着送入日本政府机构，从基层的公务员做起。而且目前是内战年代，各种审核检查机制都很难执行，正好适合这些中国卧底鱼目混珠，洗白身份。
他们有中国的资源做后盾，只要他们的能力确实突出，未必不能快速升迁，将来成为日本政府的高级官员。
设想有一天，日本的内阁首相是中国卧底，那将是怎样的一种情景，还有什么样的卖国条约不能签呢？
同时，丁云桐还命令薛福成仔细搜集日本政府的情报，看看哪些人将来能被中国收买，甚至包括皇族内部，只要有一个亲王之类能成为“日奸”，那对于中国来说，利用价值就太大了。
现在的对日政策，应该进入暗中耕耘的时期，至少表面上，中国只是一个旁观者。而在缅甸方面，英国已经发现有了竞争者，其政策必然会有改变，双方会进入了一个对峙时期，
既然南方暂时不能动手脚，丁云桐的目光开始转向其他各个方向。首先是西方，早在他穿越之初，就不断派遣一些官员出使中亚，因此对中亚诸国的情况已经有所了解。
丁云桐觊觎中亚地区，首先是由于这里日照充足，是极好的棉花种植区，能提供大量的廉价棉花，对纺织业的发展极为有利。
其次，这里是通向海湾地区的陆地走廊，中国要走向中东和欧洲，这里是必由之路。
从俄罗斯乌拉尔山脉往南，是辽阔的哈萨克斯坦草原，聚居着大玉兹、中玉兹、小玉兹三个部落，从18世纪开始到现在，三个部落已经陆陆续续被迫并入了俄国，但始终还保持着一定的地方自治。
往南，在咸海，锡尔河，费尔干纳盆地，则是布哈拉，浩罕，希瓦三大汗国，一度侵占新疆的阿古柏集团，就是来自浩罕国。
三个汗国都是穆斯林国家，其中浩罕国已经于1876年被俄国吞并，但是浩罕的贵族一直想复国，而底层的民众忍受着俄国的残酷剥削，也充满了反抗情绪。
布哈拉国是成吉思汗的后裔所建立，此时和希瓦国一样，都已经沦为了俄罗斯的保护国，对俄国的专横霸道敢怒而不敢言。
再往南越过卡拉库姆沙漠，则是土库曼斯坦部落武装，这里拥有世界上技术最优异，作战能力最强的骑兵。从19世纪70年代末到80年代初，土库曼轻骑兵曾经打得哥萨克溃不成军，其单兵能力之强远远超过任何欧洲强国。
但是俄国以强大的资源和国力为后盾，逐步蚕食，最终占领重镇阿什哈巴德，迫使土库曼各部落臣服。
俄国对整个中亚的控制极其残暴，只要土著居民稍微表现出一点不满情绪，马上便会遭到血腥镇压。若是某地发现一具被打死的俄罗斯人的尸体，附近的村落便会被烧光。更加可怕的是经济压榨。由于俄国当局的殖民政策，在费尔干纳地区的捐税竟增加了15倍之多。
而且俄国在这里大肆建立棉花种植区，连希瓦等附属国也不能例外，导致其耕地大量减少，粮食产量剧减，饿死了许多贫苦百姓。
在宗教上，中亚穆斯林各民族皆被歧视为信仰“异教”的“异族”。沙俄殖民当局肆意摧残他们的民族文化，封闭他们的学校，强行推行“俄罗斯化”政策。
整个中亚对俄罗斯充满了民族仇恨，丁云桐认为将来中国与俄国发生战争，中国军队将成为整个中亚的“解放者”，各个民族，各个部落都会夹道欢迎。
但现在，中国还不具备与俄国决战的实力，必须等工业化初步成功，近卫军实现飞跃性的扩充之后，才会考虑与俄国直接对抗。
这个情况非常类似缅甸，桌子下面可以相互踢脚，但台面上还不能撕破脸皮。
丁云桐传来黄遵宪，命令他率领一个代表团，携带大批的财物和武器弹药，以商务的名义，前往布哈拉首都撒马尔罕，去扶植事先物色好的代理人。
他觉得现在可以建立对中亚的实质影响力了。
然后，丁云桐又考虑起西藏和蒙古，之前他曾分别派遣袁旭和张荫恒前往这两个地方。事实上这两地现在还处于一种地方割据的状态，在向外大规模扩张之前，无疑应该先解决国内诸侯。
在和英国，俄国冲突之前，必须已经彻底解决掉国内问题，不能给他们以牵制自己的筹码，时间已经不多了，丁云桐下定决心，要同时向这两个方向发起进攻。