木叶在上一场的战争中虽然损失了田井这一员大将，但却成功渡过了难关，而后没多久，自来也与水门就带着休整过的部队前来支援，而有了他们的支援，两国的战争的形势立即发生了转变，胜利的天平开始彻底向木叶倾斜。
战争形势稳定后，离开村子许久的日斩终于可以卸下肩上的重任，将军队统帅的职位交付到自来也的手中，而他则立刻赶回了村子，重新回到自己火影的职位上。
木叶虽然取得了战场的优势，但却没有急于将雷之国一次性击败，而是牢牢掌握这份优势，稳扎稳打，一步一步击退雷之国，打算靠着这份优势慢慢将雷之国拖垮。
而雷之国为了这次战争准备了这么多年，最终几乎投入了全国之力，自然也不愿意就这么认输，哪怕已经难逃战败，但他们还在苦苦坚持。
于是双方就这么陷入到了一场持久战中。
几日之后，木叶村外的一处密林中，魂叶一个人静静的站在一根树枝上，望着远处的木叶村，沉默不语。
片刻之后，一道破风声突然从魂叶的不远处传来，魂叶连忙转头望去，待到见到来人的面貌后，她才松了一口气。
来人身披长袍，脸上缠着厚厚的绷带，身上带有一股不怒自威的气势，而这人正是团藏，也就是整容后的朔茂。
"你来啦。"见到朔茂后，魂叶脸上勉强挤出一丝微笑，主动打招呼道。
"嗯，那事怎么样了？"朔茂在魂叶面前的一根树枝上定住身形，然后面色忐忑的看向魂叶。
"田井确实死了。"魂叶闭上眼睛，深吸了一口气，然后沉声说道。
"田井竟然就这么..."团藏闻言紧紧握起拳头，眼中流露出无尽的悲伤。
双方就这么沉默了片刻，似乎都在消化着田井已经死亡的事实，最终还是魂叶率先从悲伤中清醒过来，而后她伸手入怀，摸索出一个卷轴，然后递给了朔茂。
"这是？"见到魂叶递过来的卷轴，朔茂下意识接过，然后一脸疑惑的问道。
魂叶当即将她从雷之国手中夺回田井的眼睛的过程复述了一遍，而朔茂听说田井已经落得个尸骨无存的下场后，心中悲怒交加，忍不住握起拳头狠狠锤了一拳身边的树干。
"这颗眼睛就先交给你保管吧，以后有机会的话，就将它转交给止水，也好让他能够睹物思人。"魂叶拍了拍朔茂的肩膀，然后嘱咐道。
"那你呢，你还不回家吗？"朔茂深吸了几口气，暂时压下心中的悲愤，缓缓收起那卷封印着田井眼睛的卷轴，然后转头看向魂叶问道。
"时机还没到，我的事情还没有办完。"魂叶摇了摇头道。
听到魂叶的拒绝，朔茂眼中闪过一丝失望，但很快又隐去。
"对了，你要帮我注意一下卡卡西他们的小队，如果他们什么时候一起去战场上执行任务的话，你一定要记得通知我。"处理完田井的事情，魂叶立刻想起了接下来即将发生在卡卡西小队三人身上的悲剧，于是她连忙嘱咐朔茂要注意他们三人的行踪，而魂叶想要凭借自己的力量来阻止这次悲剧。
朔茂对此很是疑惑不解，连连追问魂叶原因，但魂叶也没有过多的解释，只是再三嘱咐朔茂要注意，然后便告别朔茂离去。
魂叶离去后，朔茂望着魂叶离去的方向沉思了许久，然后无奈的摇了摇头，也转身离去。
而当魂叶和朔茂都离去后，在远处的一根巨树的树根处，一个脸上带着螺旋面具，身披黑袍的神秘人缓缓从地下钻出，这个神秘人就这么静静的看着魂叶二人刚刚站立的地方，虽然面具遮盖住了他的脸上表情，但他身上一股暴躁的气息却难以掩饰，从他的身体表面散发而出。
许久之后，此人才缓缓压下身体中的暴躁气息，然后重新钻回地面，消失不见。
...
火之国和雷之国的战争一打就是两年，在这两年时间中，卡卡西成功晋级成为上忍，带土和琳也成为了中忍，而木叶与雷之国的战争也快要进入到了尾声。
除此之外，水门因为在战场上出色的表现，不但让黄色闪光名声响彻忍界，还成功替代了自来也成为了木叶军队的统帅，风头一时无两，成为了木叶中人气最高的忍者，不出意外，只待战争结束，他就会理所当然成为第四代火影。
就在木叶一切都看似向着好的方向发展的时候，木叶的深处，一直藏身在黑暗中的大蛇丸终于安耐不住寂寞，开始骚动起来。
大蛇丸经过这么多年的实验，基本已经研究出了转生之术，而得到了转生之术后，大蛇丸便开始将目光放到忍界中那些神秘而又强大的血继限界之上，不过要想去掠夺这些力量，他目前的木叶忍者身份却成为了他的阻碍，于是乎他便开始准备离开木叶。
而就在大蛇丸准备离开木叶的时候，不知是偶然还是刻意，他的实验情报恰好泄露了出去，于是日斩便带着暗部冲上了门，在一个阴暗潮湿的实验室内，将大蛇丸堵了一个正着。
一番对峙之后，老迈的日斩还是狠不下心就这么击杀自己的爱徒，于是在猿魔的苦口婆心相劝下，日斩还是眼睁睁的看着大蛇丸逃离了木叶。
而后得到大蛇丸叛逃消息的自来也立马追出了村子，千方百计试图拦下大蛇丸，甚至想通过武力将大蛇丸带回村子。
虽然自来也表面看似下定了决心，但实际上他却无论如何也下不去狠手，而大蛇丸经历过种种黑暗后，一颗心早已变得坚硬如铁，下手也比自来也果断很多。
如果不开启仙人模式的话，大蛇丸与自来也的实力要相差无几，但大蛇丸又比自来也能够下得去狠手，两相对比之下，自来也很快就落入下风，最终还是落败，被大蛇丸击成重伤。
自来也虽然心有万般不甘，但也只能眼睁睁的目睹着大蛇丸离去。
纲手因为心灵受伤，离开村子不愿意再回来，如今就连大蛇丸也叛离了村子，原本让自来也感到温馨的村子如今却变得陌生起来，心灰意冷之下，自来也再也无心留在村子，不等战争结束，就再次踏上了属于他自己的旅途。